هرچنــد در طول یازده سال گذشته، ولایت بدخشان یکی از ولایات امن کشور به حساب ‌آمده؛ اما در دو سه سال پسین، دامنۀ ناامنی‌ها آرام‌آرام به این ولایت نیز کشیده شده است. آگاهان دلایل این ناامنی را هم‌جواری این ولایت با پاکستان خوانده و تذکر داده‌اند که تروریستان اکثراً از راه‌های صعب‌العبور چترال پاکستان وارد این ولایت می‌شوند. با این وصف، به‌تازه‌گی گزارش‌های رسیده از این ولایت نشان می‌دهند که طالبان در آن ولایت دو ولسوالی کران و منجان را از تصرف نیروهای دولتی خارج کرده اند. اما مقامات حکومتی در این‌باره گفته اند که طالبان تنها بخش‌هایی از این دو ولسوالی را در دست دارند و هنوز قادر به کنترل تمام ساحات نیستند. قبل بر این نیز ولسوالی وردوج ولایت بدخشان نیز دچار رویدادهایی شده بود.
یکی دیگر از دلایل ناامنی‌های بدخشان، قدرت بلاقید فرماندهان محلی خوانده شده و اکثر تحلیل‌گران به این باور اند که فرماندهان محلی برای باج‌گیری از حکومت مرکزی، به ایجاد ناامنی دست می‌زنند. اما جدای از این همه، مسالۀ دیگری هم در ناامنی‌های بدخشان مطرح است که اکثراً از دید منتقدان پنهان مانده است.
این گمان وجود دارد که در ناامنی‌های اخیر بدخشان، دست های دیگری دخیل است و به تحقیق روشن است که یکی از موانع اصلی فراراه برگزاری انتخابات شفاف ریاست‌جمهوری، مسالۀ ناامنی می‌باشد.
در انتخابات قبلی هم در ولایاتی که ناامن بودند، انتخابات برگزار نشد اما صندوق‌ها به سود نامزد مشخص در آن ولایات پُر شدند. با توجه به این تجربه، دریافته می‌شود که ناامن‌سازی بدخشان بی‌رابطه به انتخاباتِ پیش رو نیست و ممکن این ناامنی‌ها سبب به چالش مواجه کردن انتخابات در برخی از ساحات یا کل کشور شود.
این فرض به معنای آن نیست که حکومت عملاً طالبان را برای ناامنی به بدخشان گسیل داشته است؛ بلکه نقش حکومت در این ناامنی از ناحیۀ ضعف در اجرای مسوولیت است. زیرا به نظر نمی‌رسد که عبور از راه‌های خطرناک و صعب‌العبور چترال و رسیدن به بدخشان به این ساده‌گی ممکن باشد و از سوی دیگر، روشن است که ولسوالی‌های کران و منجان طالب‌خیز نیست؛ حتا مردم آن ولسوالی‌ها مخالف طالبان‌اند. خیزش مردمی در برابر طالبان ‌در پیوند با همین حادثۀ اخیر، خود می‌تواند شاهد این مدعا باشد. بنابراین، هیچ شاهد دیگری وجود ندارد تا مجرای رسیدن طالبان را به ما نشان دهد. در این‌جا، تنها مساله‌یی که باقی می‌ماند، کوتاهی ارگان‌های امنیتی در امر تأمین امنیت است. به این معنا که پاسخ‌گوی اصلی ناامنی‌های بدخشان ارگان‌های امنیتی، به ویژه وزارت داخلۀ کشور است.
از طرفی هم نا امن شماری از ولایت های دیگر مثل وردک و لوگر این گمان را تقویت می‌کند نا امن سازی به سیاستی برای برگزار نشدن انتخابات یا بدبرگزار شدن آن منتج شود.
از این‌رو، پاسخ این پرسش که چرا بدخشان ناامن شده است، تنها زمانی دریافته خواهد شد که این ناامنی‌ها تا روز انتخابات ادامه نیابد و پیش از این‌که انتخابات فرا برسد، زمینۀ یک انتخابات سالم و عاری از تقلب نه تنها در بدخشان که در بیشتر ولایت های کشور فراهم گردد.
حالا نامن شدن بدخشان این سوال را مطرح می‌کند که آیا برنامه انتقال جنگ از جنوب به شمال که چند سال قبل طراحی شده بود روی کار گرفته نشده است و آیا به راستی این ناامنی‌ها و سبز شدن سمارق وار گویا طالبان در بدخشان نشنان از برخی بازی‌های خطر ناک ندارد که بدون شک دادن پاسخ به این سوال‌ها ناممکن است و در این هم شک نیست که مردم افغانستان مسوول این همه اتفاق ها و رویدادها در چنین شرایطی فقط تیم حاکم را می‌دانند و هیچ بهانه‌یی را نمی‌شناسند.