در میان کمیسیون‌های انتخاباتی، بر سر نحوۀ کار و اجراآت‌شان اختلاف‌های شدیدی بروز کرده است. به‌تازه‌گی یکی از اعضای کمیسیون شکایات انتخاباتی، کمیسیون انتخابات را به عمل‌کرد دوگانه در خصوصِ انتخابات متهم کرد و جنجال‌های فعلی بر سر نتایج را ناشی از این عمل‌کرد دانست. از آن طرف، کمیسیون انتخابات نیز آرام ننشست و در واکنش به انتقادهای این عضو کمیسیونِ شکایات گفت که کمیسیون حاضر است از عمل‌کرد خود دفاع کند.
البته تنها کمیسیون شکایات انتخاباتی نیست که نسبت به عمل‌کرد کمیسیون انتخابات انتقاد دارد. نامزدهای پیشتاز، نهادهای ناظر بر روند انتخابات، جامعۀ مدنی و اقشار سیاسیِ کشور نیز عمل‌کرد کمیسیون انتخابات را غیرشفاف خوانده‌اند. انتقاد این طیف از جامعه تنها محدود به عمل‌کرد کمیسیون انتخابات هم نمی‌شود، بل در کل کمیسیون‌های انتخاباتی را عامل وضعیت مغشوشِ فعلی می‌دانند.
تیم اصلاحات و همگرایی به رهبری داکتر عبدالله معتقد است که ده‌ها شکایتِ این تیم در کمیسیون شکایات بدون آن‌که مورد ارزیابی قرار گیرند، ناپدید شده‌اند. ناپدید شدنِ شکایت‌ها می‌تواند به سلامتِ انتخابات به میزان زیادی صدمه وارد کند و از جانب دیگر، باعث بی‌اعتمادی تیم‌ها و در کل شهروندان به روند کاری این کمیسیون شود. وقتی شکایت‌های یک تیم به گفتۀ مسوولان آن «ناپدید» می‌شوند، نگرانی‌های زیادی به بار می‌آید. از مهم‌ترین این نگرانی‌ها می‌تواند عمل‌کرد سازمان‌یافتۀ برخی اعضای این کمیسیون به نفع افراد و یا تیم‌های دیگر باشد.
هیچ دلیلی وجود ندارد که کمیسیون شکایات انتخاباتی حتا وقتی شکایتی موجه نیست، آن را به زباله‌دانی بیندازد. کمیسیون بر اساس قانون و روش کاری خود، موظف است هر یک از شکایت‌ها را بررسی کند و نتیجۀ آن را در اختیار شکایت‌کننده قرار دهد، هرچند که ممکن است برخی شکایات غیرموجه و بدون اسناد و مدارک لازم باشند، ولی کمیسیون حق ندارد به‌دلایلی که خود در اختیار دارد، شکایت‌ها را نادیده بگیرد.
اگر کمیسیون واقعاً بر اساس قانون عمل ‌کند و به پرونده‌های انتخاباتی رسیده‌گی شود، بدون شک نیاز پیدا نخواهد شد که اعضای دو کمیسیون یک‌دیگر را به داشتن «مواضع دوگانه» متهم کنند. در همین حال، وقتی اعضای ارشد دو کمیسیون به کارکرد هم باور ندارند، چه‌گونه می‌توان انتظار داشت که نتیجۀ کارِ آن‌ها مورد قبول دیگران و به‌ویژه تیم‌های انتخاباتی قرار گیرد؟
کمیسیون شکایات انتخاباتی به‌ظاهر مکانیزمی را برای رسیده‌گی به شکایت‌های انتخاباتی ایجاد کرده که بتواند اعتماد طرف‌ها را نسبت به نتیجۀ بررسی‌های خود جلب کند. بررسی شکایت‌ها به گونۀ علنی هرچند به ظاهر نشان‌گر شفافیتِ کار کمیسیون شکایات می‌تواند باشد، ولی نسبت به همین روند انتقادهای زیادی بروز کرده است. برخی از صاحب‌نظران باور دارند که عمل‌کرد کمیسیون هرچند به ظاهر شفاف نشان داده می‌شود، ولی در حقیقت شفاف نیست. کمیسیون هنوز در مورد بسیاری از فیصله‌های خود نتوانسته قناعتِ طرف‌ها را با ارایۀ ادلۀ لازم حاصل کند.
هر پروندۀ انتخاباتی نیاز دارد که با شواهد و اسناد همراه باشد و نتیجۀ اعلام‌شده را اسناد و مدارک مشخص سازد و نه فیصله‌هایی از روی ظن و گمانِ برخی اعضای کمیسیون. وقتی کمیسیون شکایات، نتیجۀ بررسی‌های خود را به‌صورت شفاف در اختیار دیگران بگذارد، هیچ‌گونه نگرانی‌یی نمی‌تواند در خصوص عمل‌کرد آن ایجاد شود. فعلاً این کمیسیون نتوانسته رضایت عمومی را به‌دست آورد و به همین دلیل در میان اعضای آن‌هم چنددسته‌گی‌هایی به مشاهده می‌رسد.
از سوی دیگر، کمیسیون انتخابات نیز در کار خود نارسایی‌های فراوانی دارد. برخی ناظران نسبت به بی‌طرفی شماری از اعضای آن شک دارند. این شک زمانی تقویت شد که این شایعه بر سرِ زبان‌ها افتاد که از زبانِ یکی از اعضای ارشد این کمیسیون نقل شده که در روند شمارشِ آرا تقلب به نفعِ یکی از نامزدها صورت گرفته است. چنین فضایی می‌تواند به خلق بحران کمک کند؛ بحرانی که پیامدهایی خطرناک برای آیندۀ افغانستان خواهد داشت.
اعضای کمیسیون‌های انتخاباتی و تیم ارگ که به‌شدت در مهندسی آرا نقش دارند، این بار باید بدانند که با انتخابات و نتیجۀ آن نمی‌شود بازی کرد. مردم به‌شدت کار این کمیسیون‌ها را زیر نظر دارند و هر گونه اجحاف و بی‌قانونی از چشم مردم پنهان باقی نخواهد ماند.
نکتۀ دیگر که باید به آن اشاره شود، بحث دور دومِ انتخابات است. کمیسیون انتخابات مدعی است که باید تا زمان اعلام نتایج نهایی، منتظر ماند تا اگر آن‌وقت قطعی شد که انتخابات به دور دوم رفته، برای برگزاریِ آن آماده‌گی گرفت. کمیسیون اعلام کرده که قادر نیست انتخابات دور دوم را در زمان مشخصِ آن بر اساس قانون اساسی برگزاری کند، چون به گفتۀ مقام‌های این کمیسیون بر اثر آتش‌سوزی در یکی از گدام‌های این نهاد، مواد حساسِ انتخاباتی از بین رفته است و برای تهیۀ این مواد، نیاز به زمان بیشتری است.
مقام‌های کمیسیون می‌گویند که این حادثه بر اثر شلیک راکت از سوی مخالفانِ مسلح به‌وقوع پیوسته است. این حادثه به‌صورت آنی، اذهان را به زمان انتخابات سال ۱۳۸۸ می‌برد. آن زمان نیز در یکی از گدام‌های کمیسیون آتش‌سوزی صورت گرفت، آن‌هم در زمان بسیار حساسی که بحث رفتنِ انتخابات به دور دوم و انجام تقلباتِ گسترده از سوی یکی از نامزدها مطرح بود. چرا گدام‌های کمیسیون به هر صورت ممکن در مواقع بسیار حساس طعمۀ حریق می‌شوند؟ در این مورد آیا کدام قصد و عمدی در کار است؟
اگر حادثه‌یی یک بار اتفاق بیفتد، می‌توان باور کرد که قصد و عمدی در کار نبوده، ولی اگر همان حادثه در شرایط مشابه دوباره اتفاق بیفتد، چه‌گونه می‌شود در مورد آن قضاوت کرد؟
از سوی دیگر، کمیسیون انتخابات با چه صلاحیت و مجوز قانونی‌یی زمان انتخابات را می‌خواهد تغییر ‌دهد؟… اگر در این خصوص نهادی صلاحیت داشته باشد، آن نهاد شورای ملیِ کشور است و نه کمیسیون انتخابات؛ چون تأخیر در زمان برگزاری دور دوم انتخابات، عملاً مصادف با خلای قدرت در افغانستان می‌شود.
در مورد خلای قدرت سیاسی در کشور، برای کمیسیون انتخابات هیچ‌گونه صلاحیت قانونی در نظر گرفته نشده است. چنین وضعیتی، ظن و گمان‌های مختلفی را دامن می‌زند که اگر به‌دقت به آن پرداخته نشود، می‌تواند منجر به بروز مشکلاتِ دیگری در کشور شود.