دور دوم انتخابات ریاست جمهوری روز شنبه (۲۴ جوزا/ ۱۴ جون) با وجود تهدیدهای امنیتی در فضای نسبتاً امن برگزار شد. رای دهی که ساعت ۷ صبح آغاز شده بود، ساعت ۴ بعد از ظهر رسماً پایان یافت و به تعقیب آن شمارش آراء در محلات شروع گردید.
یوسف نورستانی، رییس کمیسیون انتخابات گفت: مشارکت در انتخابات دور دوم بیشتر از هفت میلیون برآورد می‌شود.
به گفتۀ او، زنان ۳۸ درصد و مردان ۶۲ درصد در انتخابات اشتراک کرده‎اند. هرچند مسوولان کمیسیون می‎گویند که این آمار تخمینی است و آن‎ها با توجه به حضور گستردۀ مردم در ولایات این آمار را ارایه کرده‎اند. اما ناظران این آمارِ کمیسیون انتخابات را اغراق‌آمیز خوانده‎اند.
مشارکت در دور اول انتخابات ۶ میلیون ۸ هزار نفر اعلام شده بود.
به نظر می‌رسد که کمبود برگه‌های رای‌دهی مشکل اصلی این دور انتخابات بود. در برخی از مراکز رای دهی در کابل، بغلان، مزارشریف، هرات و بامیان ورق‌های رای دهی کم شد. در شماری از این مناطق کمیسیون‌های انتخاباتی برگه‎های تازۀ رأی‌دهی فرستاد، اما در برخی مناطق دیگر مردم از رأی دادن محروم شدند.
احمد یوسف نورستانی، رییس کمیسیون انتخابات بعد از ظهر روز شنبه گفت: «فکر می‌کنیم این بار چون کارمندان با سرعت کار می‌کنند، ۶۰۰ ورقه رای دهی (اختصاص یافته به یک محل) تمام می‌شود. به همین خاطر ما آماده‌گی داشتیم و در جاهایی که مواد کم شده، ما فوراً مواد رساندیم.»
ادعاهای پراکنده در مورد تقلب در برخی از ولایت‌ها وجود داشته است. رییس کمیسیون مستقل انتخابات اطمینان داد که به تقلب‌های انتخاباتی رسیده‌گی می‌شود و هر کارمند کمیسیون انتخات که تقلب کرده باشد، به نهادهای عدلی و قضایی معرفی خواهد شد.
کمیسیون انتخابات گفته است که در سراسر افغانستان ۶۳۶۵ مرکز رای دهی ایجاد شده بود. این در حالی است که ۸۱۳ مرکز انتخاباتی به دلیل ناامنی و راه های صعب‌العبور مسدود شده بودند.
هرچند گزارش‌ها حاکی از حضور کمتر مردم به پای صندوق های رای نسبت به دور نخست انتخابات بود، ولی مردم اشتیاق خاصی به رای دادن داشتند.
بزرگترین نگرانی در مورد دور دوم انتخابات ناامنی بود. اما در روز انتخابات به جز برخوردهای پراکنده‌یی که بین طالبان و نیروهای امنیتی در برخی ولایت‌ها مانند، کنر، غزنی و هرات گزارش شد، حادثه بزرگ امنیتی به وقوع نپیوست.
ورود وسایط نقلیه به کابل پایتخت یک روز پیش از انتخابات ممنوع شد و در تمام جاده‌ها و چهارراه های شهر، پوسته‌های تلاشی ایجاد گردید. در دیگر شهرها نیز تدابیر مشابه امنیتی گرفته شده بود.
به‌رغم تدابیر شدید امنیتی، بامداد روز شنبه بیش از ده فیر راکت در منطقۀ خیرخانۀ کابل شلیک شد. این حملات به منظور جلوگیری از حضور گستردۀ مردم در پای صندوق‎های رأی دهی صورت گرفته است.
با این حال، محمد عمر داوودزی، وزیر داخله گفت هیچ رویداد امنیتی‌یی که انتخابات را مختل کند، رخ نداده است. آقای داوودزی گفت تا ساعت ۲ بعد از ظهر ۱۵۰ حمله در سراسر افغانستان صورت گرفته ولی این حملات تلفاتی نداشته است.
عمر داوودزی در نشست خبری مشترک با مسوولان کمیسیون گفت: طبیعی است که مشکلاتی وجود داشته است، اما نیروهای امنیتی از اکثر حملات احتمالی جلوگیری کردند. خوشبختانه حملاتی که سازمان داده شد، تلفات اندکی داشت. برگزاری این دو انتخابات اعتماد مردم به نیروهای امنیتی را جلب کرد.
رحمت‌الله نبیل رییس عمومی امنیت ملی گفته است که از هفده هم حمل تا اکنون ۴۷۳ برنامه عملیاتی گروه‌های شورشی تا اکنون خنثی شده است. در ده روز گذشته نیروهای شورشی بیشترین تلاش خود را کردند تا روند انتخابات را مختل کنند.
او گفت که تنها در ۲۴ ساعت گذشته ۶ شبکۀ خطرناک تروریستی را منهدم کردیم.
رای دهنده‌گان در شهر کابل بدون این که ترسی از ناامنی داشته باشند، به پای صندوق‌های رای رفتند و رای دادند. باشنده‌گان پایتخت از زحمت‌هایی که نیروهای امنیتی برای تامین امنیت انتخابات کشیدند، استقبال نمودند.
تاکید به شفافیت
داکتر عبدالله عبدالله و اشرف غنی احمدزی دو نامزد دور دوم انتخابات ریاست جمهوری از نخستین کسانی بودند که به پای صندوق های رای رفتند و رای دادند.
داکتر عبدالله که در لیسه استقلال رای داد، از کمیسیون انتخابات خواستار شفافیت انتخابات شد. او از مسوولان کمیسیون انتخابات خواست تا به آرای مردم احترام بگذارد. او در مورد تدابیر امنیتی گفت: «نیروهای امنیتی افغانستان با قبول قربانی امنیت رای دهنده‌گان را گرفتند. خواست ما از آن‌ها این است که در انتخابات مداخله نکنند.»
داکتر اشرف غنی احمدزی نیز بر شفافیت انتخابات تاکید کرد و گفت رییس‌جمهور آینده نباید با تقلب زمام امور را به دست گیرد. احمدزی گفت مردم با انگشتانی که پیش از این «ماشه تفنگ را کش می‌کردند، امروز رای می دهند.»
«فیفا» یا بنیاد انتخابات آزاد و عادلانه افغانستان که ۷۰ درصد مراکز رای دهی را نظارت کرده است، گفت با وجود کاستی‌هایی که در انتخابات ۲۴ جوزا وجود داشته، ولی روند به خوبی پیش رفته و اشتراک مردم نیز قناعت بخش بوده است.
مسوولان این نهاد ناظر گفتند تمام مشکلاتی که در دور اول وجود داشته مانند تقلب، مداخله زورمندان و مقام‌های دولتی، در دور دوم نیز گزارش‌هایی از این موارد وجود دارد.
پس از پایان شمارش آرا در محلات و مراکز رأی‌دهی، ناظران نامزدان ریاست‎جمهوری برگه‎های نتایج را به دست می‎آورند و این مسأله تا اندازۀ زیادی جلو تقلب را می‎گیرد.