سحرگاه ششم جدی ۱۳۵۸ (۲۷دسمبر۱۹۷۹) پنج‌هزار تن از نیروهای فرقۀ ۱۰۳ کماندو به‌وسیلۀ صدها پرواز هوایی وارد فروگاه کابل و بگرام شدند. تا ظهر این روز، نیروهای زرهی فرقۀ ۱۰۸ که روز ۲۵ دسمبر با عبور از فراز آمو راه کابل را در پیش گرفته بودند، وارد حومۀ پایتخت شدند و با نیروهای کماندوی فرقۀ ۱۰۳ ارتباط برقرار ساختند. مشاورین شوروی در قطعات ارتش افغانستان، ورود این نیروها را انجام تمرینات نظامی وانمود می‌کردند. حفیظ‌الله امین، ظهر آن روز در کاخ تپۀ تاج‌بیگ میزبانِ اعضای دفتر سیاسیِ حزب دموکراتیک خلق بود. امین به اعضای بیروی سیاسی گفت: «سفیر شوروی به نماینده‌گی از رهبری دولت شوروی به او اطمینانِ محکم داده است که دولت شوروی به قدر ویتنام به افغانستان مساعدت تخنیکی، نظامی و مالی می‌رساند و کشور ما را در مقابل دخالت و مداخلۀ پاکستان و دیگر کشورهای منطقه تنها نمی‌گذارد.»
امین در حالی به اعضای دفتر سیاسی حزب دموکراتیکِ خلق از کمک‌های نظامی و مالیِ شوروی اطمینان می‌داد که آشپز روسی‌اش در آشپزخانه مصروف زهرآلودساختنِ غذای او بود و نیروهای شوروی در بیرون از کاخ، خود را برای انجام یک عملیاتِ نظامی غرض سرنگونی حکومتِ وی آماده می‌کردند. طرح مسموم کردنِ امین توسط دیپارتمنتِ هشتِ کی‌جی‌بی تحت رهبری شخص اندروپوف اتخاذ شده بود. این دیپارتمنت یکی از اعضای کی‌جی‌بی را به‌نام «تالیبوف» به عنوان آشپز وارد قصر امین ساخت. امین ظهر روز ۲۷ دسمبر ۱۹۷۹ (۶ جدی ۱۳۵۸) مسموم شد و پس از صرفِ نهار به بیهوشی و کوما رفت. خبر مسمومیتِ امین و اعضای دفتر سیاسی حزب، از سوی جانداد قوماندان گاردِ قصر به اطلاع جنرال ولایت، رییس شفاخانۀ چهارصد بستر ارتش، رسید. جنرال مذکور به‌عجله به سوی محل اقامت امین شتافت و سرطبیبِ شفاخانۀ چهارصد بستر را غرض انتقال پزشکانِ شوروی موظف ساخت. سرطبیب، دگروال «ویکتور کزنیچنکف» متخصص امراضِ داخلی را با یک متخصصِ بیماری‌های میکروبی و دگروال «اناتولی الکسی‌یف»سرطبیبِ گروه داکتران نظامیِ شوروی را در شفاخانۀ چهارصد بستر، به کاخ تپۀ تاج‌بیک آورد. ژنرل لیخافسکی می‌نویسید: «پزشکان از پله‌کان بالا آمدند. امین در یکی از اتاق‌ها با بدنِ نیمه‌برهنه به روی زمین افتاده بود. فک و چانه‌اش آویزان شده بود و چشمانش بی‌نور و سفید چیزی را نمی‌دیدند. نشانه‌یی از هوش در وجودش دیده نمی‌شد. سرهنگ کوزنیچنکف و سرهنگ الکسی‌یف با نجاتِ «رهبر کشور دوست» طرح‌های کی‌جی‌بی را برهم می‌زنند. و امین تا ساعت شش شام به خود آمد و با شگفت‌زده‌گی پرسید: «چرا در خانۀ ما چنین چیزی رخ داده است؟ چه کسی این کار را کرده است؟ تصادفی است یا کدام توطیه؟»
حفیظ‌الله امین زمانی به هوش آمد که عملیات نظامیِ نیروهای شوروی برای قتل او آغاز یافته بود. قوای مهاجم بعدازظهر ششم جدی (۲۷ دسمبر) در سه قطار به سوی مرکز شهر، تپه تاج‌بیک و پلچرخی حر کت کردند. آن‌ها نخست مرکز مخابرات را در شهر منفجر ساختند و به سوی قصر اقامت امین یورش بردند. این نیروها مؤظف بودند تا واحدهای ویژۀ کی‌جی‌بی را که قبلاً در کاخ تپۀ تاج‌بیک، دارالامان و سفارت شوروی جابه‌جا شده بودند، کمک کنند: «این جزوتام‌ها(یگان‌ها و واحدها) هیچ تفاوتی با یک جزوتام افغانی نداشتند. افراد آن که ملبس به یونیفورم افغانی بودند، اطراف قصر را مین‌گذاری کردند. آن‌ها سازمان‌دهی و چه‌گونه‌گی تبدیل پهره‌داری قصر امین را می‌دانستند. محافظین امین را به چهره می‌شناختند. از خصوصیات سیستم مخابراتی و تجهیزات جنگی‌شان نیز آگاه بودند. در پهلوی آن، ساختمان داخلی قصر و نقشۀ اتاق‌های داخل قصر را نیز می‌دانستند. قطعات مهاجم»الفا» را «نیکولای بریلیف» و «زینت « را «بویا رنیف» ازافسران کی‌جی‌بی فرمان‌دهی می‌کردند. این قطعات چند عراده ماشین جنگی و دستگاه «شلیکا» در اختیار داشتند.
هجوم به کاخ امین به‌نام «یورش ۳۳۳» در شامگاه۲۷ دسمبر ۱۹۷۹ (ششم جدی۱۳۵۸) ساعت ۶ و ۲۵ دقیقه آغاز یافت.
به نوشته مؤلف توفان در افغانستان: «برای افراد و پرسونل کندک مسلمانان توضیح داده بودند که امین به انقلاب ثورخیانت کرده و به زد و بند با «سیا» پرداخته است. راستش این توضیحات را کمترکسی از سربازان و افسران می‌توانستند بپذیرند و از خود می‌پرسند پس چرا امین سپاهیان ما را دعوت کرده است، نه سپاهیان امریکایی را؟»
هنوز پزشکان شوروی امین را ترک نکرده بودند که آتش نیروهای شوروی کاخ رابه لرزه آورد. درحالی‌که امین و خانواده‌اش در اتاق‌های داخل کاخ نمیدانستند که مهاجمین چه کسانی هستند، نیروهای گارد محافظ او در محوطه و اطراف قصر با قوای شوروی به نبرد پرداختند. مقاومت نظامیان گارد امین به‌زودی درهم شکست و مهاجمین داخل ساختمان اصلی کاخ گردیدند.
یکی از نکات شگفت‌انگیز در داستان قتل حفیظ‌الله امین توسط نیروهای شوروی، باور و اعتماد عمیق امین در آخرین دقایق عمرش به شوروی بود. درحالی که محل اقامت و کار امین در کاخ تپۀ تاج بیک مورد هجوم و آتش نیروهای شوروی قرار گرفت، حفیظ‌الله امین اطلاع جانداد قوماندان گارد محافظ قصر خود را که آتشباری از طرف روس‌هاست، نپذیرفت. خانم امین سال‌ها بعد در مصاحبه با رادیو بی‌بی‌سی گفت: «امین صاحب به جانداد قوماندان گارد گفت ببین که فیر(شلیک) می‌کند؟ جانداد معلومات گرفت و آمد به امین صاحب گفت: این طور معلوم می‌شودکه فیر از طرف روس‌ها باشد. اما امین صاحب گفت: نه!»
امین حتا تا آخرین لحظاتِ حیاتش سخنی از بی‌اعتمادی و سوءظن در مورد شوروی به خانوادۀ خود نگفته بود. زیرا خانم امین و فرزندانش نیز باور نداشتند که حمله در آن شامگاه ۲۷ دسمبر به کاخ اقامت امین از سوی نیروهای شوروی باشد. آن‌ها گمان می‌کردند که نیروهای شوروی در دفاع از امین با کسانی می‌جنگند که به قصر یورش آورده‌اند. از این‌رو دختر امین به نظامیان شوروی که وارد اتاقی شدند که او با پدر و اعضای خانواده‌اش به سر می‌برد گفت چرا شلیک می‌کنید، امین این‌جاست. او به این تصور بود که شلیک نیروهای شوروی در داخل کاخ که وظیفۀ حمایت و حفاظت از جان پدرش را به دوش داشتند، به امین صدمه می‌رساند. دختر حفیظ‌الله امین نمی‌دانست که نیروهای شوروی موظف هستند پدرش را بکشند. همسر امین می‌گوید: «تا وقتی که مهمات داشتیم، هیچ‌کس نتوانست وارد کاخ شود. عدۀ زیادی از مهاجمین کشته شدند. ما نمی‌دانستیم که روس‌ها هستند. وقتی مهمات ما تمام شد، آن‌ها داخل کاخ شدند. به محض داخل شدن، با مسلسل به چهار طرف شلیک کردند. در اثر این شلیک‌ها به دخترانم ملالی و گلالی و پسرم خوازک گلوله اصابت کرد. در حالی که آن‌ها عکس امین را به دست داشتند، به سوی دخترم غتی رفتند. غتی به آن‌ها گفت چرا شلیک می‌کنید، امین صاحب این‌جاست. گفتند که امین کجاست؟ در این حال متوجه شدند که امین آن‌جا نشسته است. بر او شلیک کردند. بعد از آن، پسران و دخترانم زخمی شدند و وقتی دیدند کس دیگری باقی نمانده، خاموش شدند.»
حفیظ‌الله امین در حالی با آتش نیروهای شوروی کشته شد که نه تنها حمله از سوی آن‌ها را به محل اقامتش نپذیرفت، بلکه آن نیروهارا بدفاع از جانش فراخواند. داکترالکسی‌یف داکتر روسی معالج او که شاهد قتل امین در شامگاه ۲۷ دسمبر۱۹۷۹ بود، می‌گوید: «امین به یاور خود دستور داد به مشاورین نظامی شوروی زنگ بزند و آنان را خبر کند که به کاخ حمله شده است. و آن‌گاه گفت که شوروی‌ها کمک می‌کنند. یاور به امین گفت این شوروی‌ها اند که آتش‌باری می‌کنند. این سخنان، دبیرکل (امین) را از خود بی‌خود ساخت، خاکستردانی سیگار را گرفته به سوی یاور پراند و به خشم فریاد زد: «دروغ می‌گویی، این امکان ندارد.» پس خود کوشید با رییس ستاد کل و فرمانده قوای چهارم زرهدار تماس بگیرد. مگر ارتباطات قطع بود، پس از آن به آهسته‌گی غرید: «دیگر دانستم درست است.»
نیـروهای شوروی جسد امین را در قالینی پیچاندند و در زمین‌های بیرون از کاخ مدفون کردند.