وجود اختلافات گسترده میان رییس جمهوری و رییس اجرایی حکومت وحدت ملی سبب شده است که پروسه‌های کلان ملی به بن بست بخورد.
شهروندان کشور و آگاهان معتقد هستند وجود اختلافات شدید میان رهبران حکومت وحدت ملی سبب شده تا با گذشت نزدیک به دو سال از عمر این حکومت، وزارت دفاع، ریاست عمومی امنیت ملی و شمار زیادی از ولایات توسط سرپرستان اداره شود.
شهروندان می‌گویند که این اختلافات سبب کُندی خدمت‌رسانی نیز شده است.
اما، معاون سخنگوی ریاست جمهوری می‌گوید که رییس جمهور و رییس اجرایی در مورد پالیسی‌های کلان جنگ و صلح و چگونگی پیش برد امور مملکتی دیدگاه مشابه دارند.
سید ظفر هاشمی معاون سخنگوی رییس جمهور دیروز (دوشنبه ۱۹ بهمن) در نشست خبری گفت: حکومت وحدت ملی و ترکیبی که در افغانستان تجربه می‌شود، پدیدۀ تازه در افغانستان است و جای شک نیست هر فردی که در هر سطحی سلیقه‌های خاص خود را می‌داشته باشد.
به گفتۀ معاون سخنگوی رییس جمهور، این سلیقه‌ها در مورد چگونگی پیش‌برد امور، در کار و فعالیت یک اداره و هم‌چنان در مورد گماشتن افراد در سمت های مختلف می‌باشد.
آقای هاشمی می‌افزاید: خوشبختانه رییس جمهور و رییس اجرایی در مورد پالیسی‌های کلان جنگ و صلح و چگونگی پیش برد امور مملکتی دیدگاه مشابه دارند.
آقای هاشمی تأکید می‌کند: اگر هر دو رهبر حکومت وحدت ملی دیدگاه مشابه نمی‌داشتند و یا تضادهای شدید میان شان وجود می‌داشت، امروز ما شاهد حکومت وحدت ملی نمی‌بودیم.
بر بنیاد توافق‌نامۀ ایجاد حکومت وحدت ملی، هر دو رهبر در تمامی امور حکومتی از سهم پنجاه پنجاه برخوردار اند.