هدف اصلی کمیسیون‌های ایجاد شده توسط رییس‌جمهورعقیم ماندن خواست‌های مردم است که فرصت‌ها را می‌سوزاند و نیز این کمیسیون‌ها در موازی با نهادهای دولتی قرار دارند.
برخی از نماینده‌گان مجلس و آگاهان سیاسی به این باور اند که کمیسیون‌های ایجاد شده در کنار اینکه در تقابل با نهادهای دولتی قرار دارند، کاری موثری نیز انجام نمی‌دهند.
به گفته آنان: حکومت برای عقیم ماندن خواست‌های مردم و پی‌گیری نکردن حقایق دست به ایجاد کمیسیون‌هایی که در موازی با نهادهای دولتی قرار دارند، می‌زند.
این واکنش‌ها در پی ایجاد کمیسیون‌های مختلف که در طی یک و نیم سال حکومت وحدت ملی برای یافتن حقایق و رویدادهایی که رخ داده اند، ایجاد شده، ابراز می‌شود.
حکومت وحدت ملی در یک‌و نیم سال عمرش، بیش از ده کمیسیون ایجاد کرده است، از جمله کمیسیون‌های ایجاد شده، کمیسیون حقیقت‌یاب کندز، که پس از سقوط کندز ایجاد شد و با نشر یک گزارش پایان یافت؛ کمیسیون، اصلاح نظام انتخاباتی، کمیسیون بررسی رویداد جلریز میدان وردک، رویداد پل محمودخان، بررسی پروژه توتاپ یا تا و…. کمیسیون‌هایی اند که تاکنون ایجاد شده اند که یا پیشنهادات این کمیسیون‌ها از سوی حکومت پذیرفته نشده و یا هم اصلا کاری موثری انجام نداده اند.
چمن‌شاه اعتمادی عضو مجلس نماینده‌گان، کمیسیون‌های ایجاد شده توسط رییس‌جمهور را نهادهای موازی با نهادهای دولتی و وزارت‌خانه‌ها عنوان می‌کند.
او می‌گوید: هیچ نیازی به ایجاد کمیسیون موازی با نهادهای رسمی و وزارت‌خانه‌ها نیست، طور مثال چه نیازی است که با وجود وزارت داخله، دفاع و غیره یک اداره موازی دیگری ایجاد کنیم.
اعتمادی، هدف رییس‌جمهور از ایجاد کمیسیون‌ها را فرار از مسوولیت دانسته افزود: هرزمانیکه رییس‌جمهور می‌خواهد از بار مسوولیتی فرار کند، کمیسیون ایجاد می‌کند.
این عضو مجلس، ایجاد کمیسیون‌ها توسط حکومت را عقیم ماندن خواست‌های مردم و پی‌گیری نکردن قضایای اتفاق افتاده عنوان می‌کند و می‌گوید: کمیسیون‌ها فقط فرصت‌ها را می‌کشد و مردم را سرگرم می‌سازد.
اوی تصریح کرد: در حقیقت ایجاد کمیسیون به معنای سوزاندن فرصت‌هاست و تنها نتیجه آن مصارف گزافی است که بر دوش مردم افغانستان سنگینی می‌کند.
اعتمادی، کارکرد تمامی کمیسیون‌های ایجاد شده از سوی رییس‌جمهور، به منظور یافتن حقایق را در پرده از ابهام عنوان کرده گفت: هیچ از یک کمیسیون‌های ایجاد شده، کاری موثری تاکنون نداشته اند.
این عضو مجلس تاکید کرد: فرض کنیم که یکی از این کمیسیون‌ها به حقایقی دست یافته باشند، اما هیچ اقدامی و تصمیمی جدی برمبنای یافته‌های این کمیسیون انجام نشده است.
وی با انتقاد از حکومت گفت: کمیسیون اصلاح نظام انتخاباتی که شش ماه طول کشید در نهایت بسته‌های پیشنهادی آن از سوی حکومت مورد تایید قرار نگرفت و تاهنوز سرنوشت کمیته گزینش که ازسوی این کمیسیون ایجاد شد، معلوم نیست.
با این حال صدیق‌الله توحیدی معاون کمیسیون اصلاح نظام انتخاباتی می‌گوید: کارکرد کمیسیون‌های ایجاد شده در تقابل با وزارت‌خانه و نهادهای همیشه‌گی دولت قرار گرفته و استقلالیت این نهادها را زیر سوال می‌برد.
به باور توحیدی: کمیسیون‌هایی که برای یافتن حقایق ایجاد شده بودند، متاسفانه یافته‌های شان با رسانه‌ها شریک ساخته نشد و به همین دلیل کارکرد این کمیسیون‌ها همواره زیر سوال رفته است.
وی تصریح کرد: کمیسیون حقیقت یاب کندز فقط با نشر یک گزارش اکتفا کردند، کمیسیون حقیقت یاب رویداد پل محمود خان و پروژه توتاپ هم اگر به همین منوال به پیش برود نتیجه مثتب نخواهد داشت و قناعت مردم فراهم نخواهد شد.
به گفته توحیدی: کمترین کمیسیونی ایجاد شده توسط رییس‌جمهور کار موثری ارایه کردند، کمیسیون‌های ایجاد شده یا هیچ کاری موثری انجام نداند و یا هم کارشان با رسانه‌ها شریک ساخته نشد.
این عضو کمیسیون اصلاح نظامی انتخاباتی به این باور است که بعضی از کمیسیون‎های ایجاد شده کارهای موثری انجام دادند، اما پیشنهادات شان عملی نشد و مورد توجه و حمایت حکومت قرار نگرفت.
او کمیسیون اصلاح نظامی انتخاباتی را تنها کمیسیون فعال می‌داند که از سوی رییس‌جمهور ایجاد شده بود و موفق شد کمیته گزینش را ایجاد کند، اما پیشنهادات این کمیته از سوی رییس‌جمهور پذیرفته نشد و تاکنون آغاز کار این کمیته مشخص نیست.