در حالی‌که انتقادها از تناقض گویی ارگ و دیگر نهادهای دولتی افزایش یافته است، برخی از آگاهان سیاسی برخورد رییس جمهور با نهادهای حکومتی را بسان برخورد یک دکان‌دار با مشتریانش می‌داند.
تناقض‌گویی میان ریاست جمهوری و نهادهای دولتی به صورت واضح قابل مشاهده است. به گونه مثال، هارون چخانسوری سخنگوی رییس جمهور، شمار بیجا شده‌های داخلی را در کشور ۹۵ هزار خانوداده خواند؛ اما وزارت مهاجرین این آمار را ۶۰ هزار خانواده عنوان کرده است.
در مورد دیگر شاه حسین مرتضوی معاون سخنگوی رییس جمهور چندی قبل گفته بود که قانون شناس نامه‌های برقی از طرف کابینه تایید شده، در حالی که حشمت رادفر مشاور رسانه‌یی ریاست اجرایی گفته بود که جنجال بر سر قانون شناس نامه‌ها جریان دارد.
این و صدها تناقض گویی دیگر میان ریاست جمهوری و سایر نهادهای دولتی وجود دارد.
اما، آگاهان باور دارند که فاصله میان وزیر و معین و رییس جمهور و معاونش نشان می‌دهد که نهادهای دولتی در نبود یک هماهنگی کامل به‌پیش می‌روند.
بشیر بیژن آگاه مسایل سیاسی در مصاحبه با روزنامه ماندگار می‌گوید: حکومت وحدت ملی شباهت با تعریف حکومت وحدت ملی ندارد و برخورد رییس جمهور با ماموران ارشد حکومت وحدت ملی، بسان برخورد دوکان‌دار با مشریانش است.
آقای بیژن دلیل اصلی تناقض گویی‌ها را در نهادهای دولتی را نبود یک برنامه منظم می‌داند.
این آگاه مسایل سیاسی خاطر نشان کرد که در حکومت افغانستان هر فردی که به سمتی می‌رسد، خود را وارث بلا قید و شرط همان جغرافیا می‌داند و به میل خود عمل می‌کند!
آقای بیژن یکی دیگر از عوامل تناقض گویی‌ها را میان نهادهای دولتی و ریاست جمهوری، تقسیم ناعادلانه قدرت میان دو تکت انتخاباتی می‌داند. چون هر دو طرف تلاش می‌کند تا از چوکی مربوط چیزی کسب کنند.
آقاق بیژن می‌گوید که در حکومت وحدت ملی از پاین تا بالا از بالا تا پاین هیچ دید واحد وجود ندارد، این باعث بحران اقتصادی سیاسی، اجتماعی، جنگ و گسترش گروه‌های دهشت افگن در کشور شده است. در حالی که یک طرف طالبان را دهشت افگن می‌داند طرف دیگر آن را برادر ناراضی عنوان می‌کند.
آقای بیژن رهبران حکومت وحدت ملی را به نداشتن یک دید روشن متهم کرده افزود که این رهبران سرنوشت ملت را به سوی نامعلوم حرکت داده‌اند. او افزود که رهبران حکومت وحدت ملی در کارهایی مصروف اند که بیشتر به خود، فامیل و تیم‌شان مربوط می‌شود.
آقای بیژن این گفته رییس جمهور را که در رده‌های بالای حکومتی و در کمیته تدارکات فساد وجود ندارد، مسخره آمیز خوانده افزود: اعمال رییس جمهور در ریاست جمهوری و گزینش افراد و انحصارگرایی او نشان می‌دهد که رییس جمهور در گفتار خود صادق نیست.
او گفت که حضور اطرافیان رییس جمهور در قراردادها و اتهام به اعضای خانواده او، از جمله پسر کاکای‌اش نشان می‌دهد که فساد از اطرافیان او سر چشمه گرفته است.
او گفت که رییس جمهور از تیوری چند کتاب که خوانده در محافل استفاده می‌کند؛ اما این وضعیت برای مردم تمسخرآمیز شده است. چون وضیعت مردم در حالت بحرانی قرار دارد.
هم‌چنان، عبدالاحمدعلی یزدان‌پرست، عضو شورای ولایتی کابل می‌گوید: مردم افغانستان در ابتدای تشکیل حکومت وحدت ملی امید به بهتر شدن اوضاع کشور نداشتند.
آقای یزدان پرست افزود: نهادهای حکومتی فاقد هماهنگی هستند، فاصله میان وزیر و معاون، رییس جمهور و معاون رییس و رییس اجرایی وجود دارد، بناً چگونه می‌توان امیدوار بود که میان ادارات هماهنگی به وجود بیاید و تناقض گویی وجود نداشته باشد!؟
به گفته او، در هیچ مورد تا هنوز مردم سخن صادقانه از رهبران حکومت وحدت ملی نشنیده‌اند و خواست‌هایی که حق مسلم مردم بود و به‌خاطر آن صدا بلند کردند، حکومت جوابی برای‌شان داده نتوانست.
در همین حال، خان محمد اسکندری نویسنده با انتقاد از نهادهای دولتی به عنوان زیر مجموعه‌های یک کشور می‌گوید: در افغانستان نهادهای دولتی به طور کل نظام‌مند، معیاری و هدف‌مند نیستند و در نظر راستای منافع ملی به شکل یک دست و همصدا عمل نمی‌کنند، در حالی که همواره در تناقض گویی و قانون شکنی از همدیگر سبقت گرفته اند.
آقای اسکندری علت این کار را نبود مدیریت سالم عنوان کرده می‌گوید: کسانی که در رأس نهادهای دولتی قرار دارند از شاخصه‌های تذکر رفته بر خور دار نیستند و هر کس بر مبنای روابط و شناسی که دارد مقرر گردیده است.
او علت سوم را تقسیم قدرت به جزیره‌های قومی، سمتی و مذهبی می‌داند و می‌افزاید که در جامعه‌یی که ما زندگی می کنیم، قدرت از فیلتر شایسته سالاری عبور می کند و مهار نمی گردد، بلکه از آدرس های قوم، سمت و حزب معرفی می گردد.