یکی از مغالطه‌های سیاسی و ایدئولوژیک در جامعۀ ما، قاتی کردن مفهوم «حکومت اسلامی» با «حکومت دینی» است. حکومت دینی در واقع نوع حکومتی بود که در اروپای قرون وسطی وجود داشت و روحانیون و کلیسا به نام حکومت خدایی، بی‌خیال بر گردۀ مردم سواری می‌کردند. در حکومت دینی کسی حق انتخاب فرمان‌روا، کارگزاران دولت، محاسبۀ کارکردها و نظارت بر اعمال آنان را ندارد. حکومت دینی کلیسایی از جانب آسمان (خدا) بدون دخالت مردم برگزیده می‌شد و تنها در برابر خدا مسوول بود که آن‌هم از چشم مردم غایب بود و به بشر جواب‌گو نبود. حکومت دینی کلیسایی نه‌تنها مدیریت سیاسی جامعه را در اختیار داشت، بلکه بر تمام ابعاد زنده‌گی انسانِ ساکنِ قلمرو خود فرمان می‌راند.
این‌جا بود که روشن‌فکران بر علیه نظام حاکم که از طرف روحانیون و امپراتور مشترکاً مدیریت می‌شد، شوریدند و شعارشان این بود «آخرین قیصر (امپراتور) باید با رودهای آخرین کشیش به دار آویخته شود!»، اما «حکومت اسلامی» که ما در تاریخ خود داریم، از نوع حکومت مدنی است که توسط مردم انتخاب می‌شود، مردم حق نظارت، انتقاد و محاسبه و حتا عزل حکام را دارند. در نوع حکومت اسلامی، هیچ‌کس نمی‌تواند ادعا کند که از جانب خدا انتخاب شده و کسی حق کنترل، محاسبه و عزل او را ندارد. نمونه‌های بارز آن، زمام‌داری خلفای راشدین و برخی دیگر از سلاطین مسلمان است که در برابر مردم جواب‌گو بودند.
روزی عمر (رض) بر فراز منبر خطاب به مردم گفت: اگر از راه خدا انحراف کنم، شما با من چه خواهید کرد؟ از جمع حاضران مردی (احتمالا سلمان فارسی) برخاست و گفت: اگر انحراف کنی، من با این شمشیر ترا راست خواهم کرد! چه فکر می‌کنید، آیا عمر به خشم می‌آید که یک تبعۀ عادی دولتش در برابر او جرأت و گستاخی کرده؟ هرگز، بلکه عمر در جواب گفت: سپاس خدا را که در امت محمد کسانی هستند که اگر عمر (خلیفه) منحرف شود، او را با شمشیر به راه می‌آورند.
«حکومت اسلامی» از نوع حکومت مدنی است که با «حکومت دینی» فرق زیاد دارد. حکومت اسلامی از بسیاری جهات با نظام دموکراسی نزدیک است و حتا برخی از دانشمندان اسلامی، جوهر و ماهیت دموکراسی را از صمیم اسلام می‌دانند. برخی از سکولارهای در جوامع اسلامی به خاطر این‌که حکومت اسلامی را نظام نابه‌کار معرفی کنند، دست به مغالطه می‌زننند و عمداً آن را حکومت دینی می‌خوانند تا تداعی کننده که نظام روحانیت و کلیسایی قرون وسطایی بوده و نفرت مردم را بر انگیزند.
درست است که برخی از حکومت‌ها -در ظاهر اسلامی- در بسا اوقات منجر به استبداد دینی و حاکمیت مطلقۀ برخی از خلفا و روحانیون به نام حکومت دینی شده و لباس قدسیت پوشیده است که نمونه‌های آن در گذشته فراوان وجود دارد، بلکه همین حالا نیز وجود دارد که به نام دین بر مردم حکومت می‌کنند و در برابر مردم جواب‌گو نیستند و به کسی اجازه نمی‌دهند که از آنان انتقاد کند و هر نوع انتقاد را بی‌حرمتی نسبت به اسلام و شکستن شیشۀ قدسیت دین می‌دانند که البته این استفادۀ ناروا از دین است و اسلام آن را به شدت رد می‌کند.