برخی آگاهان با ا شاره به کناره‌گیری مشاور شورای امنیت، می‌گویند که این پُست در قانون اساسی جایگاه خاصی ندارد. اما از این نهاد استفاده‌های غرض‌آلود صورت می‌گیرد.
آنان می‌گویند که کرسی شورای امنیت یک نهاد هماهنگ‌کننده و مشورت‌دهی است، اما در حکومت فعلی از این نهاد به‌شکل غرض‌آلودی استفاده شده‌است.
جاوید کوهستانی، آگاه سیاسی – نظامی در گفت‌وگو با روزنامه ماندگار می‌گوید که در قانون اساسی افغانستان، کرسی مشاوریت شورای امنیت به‌عنوان یک نهاد هماهنگ‌کننده و مشورتی است و جایگاه و تعریف قانونی ندارد. اما برعکس در افغانستان از نشانی این کرسی در امور داخلی کشور دخالت صورت می‌گیرد که خلاف قانون اساسی کشور است.
آقای کوهستانی، افزوده که از نشانی این کرسی اختلاف‌ها میان مردم و حکومت دامن زده شده و نفرت مردم را نسبت به حکومت افزایش داده‌است.
آقای کوهستانی هم‌چنان تصریح کرد: عامل اصلی تیره‌شدن رابطۀ حکومت با جنرال دوستم و احمد ضیا مسعود، حنیف اتمر مشاور شورای امنیت بود که سبب نقض ساختار حکومتی گردید.
او افزود: دست‌گیری نظام‌الدین قیصاری نیز از سوی شورای امنیت ملی طرح شده بود.
آقای کوهستانی، اقدام رییس حکومت وحدت ملی را مبنی به‌برکناری مشاور شورای امنیت ملی مثبت خوانده و گفت که امیدواریم پس از این وضعیت امنیتی در کشور تغییر کند.
این در حالی‌است که در متن استعفانامۀ مشاور شورای امنیت، آمده‌است که به‌دلیل اختلاف‌های شدیدی که با سیاست‌گذاری سطح رهبری حکومت دارد، از سمت‌اش کنار رفته است.
در این استعفانامه ذکرشده: «اختلاف‌هایی که با سیاست‌ها و روش‌های سطح رهبری دولت در عرصۀ حفظ و تحکیم وحدت و اجماع ملی، تأمین صلح و امنیت، مدیریت سیاسی و امور انتخابات، حکومت‌داری خوب و تحکیم روابط منطقه‌یی و بین‌المللی کشور در ماه‌های اخیر داشته‌ام و نتوانستم در حل آن به تفاهم برسیم، لازم می‌دانم از این وظیفه استعفا کنم».
در عین حال، اما احمد سعیدی، یکی دیگر از کارشناسان مسایل سیاسی در پیوند به برکناری مشاور شورای امنیتی ملی در صفحۀ فیسبوکش نگاشته است: «به باور من هدف نهایی این استعفا بخشی از تلاش‌های [حنیف اتمر] برای رسیدن به‌ریاست جمهوری در انتخابات سال ۱۳۹۸ است.
آقای سعیدی افزود که به‌نظر می‌رسد که از مدت چندی بدین‌سو اختلاف نظر جدی بر سر اصول و سیاست‌های دولت با رییس ‌جمهور نیز در میان بود‌ه‌است.
به گفتۀ او، از طرف دیگر آقای غنی علاقه ندارد که در ریاست جمهوری آینده رقیبی از قوم پشتون داشته باشد.
این آگاه مسایل سیاسی افزوده که در حلقه‌های حکومت وحدت ملی به‌خصوص در سکتور امنیتی قدرت و نفوذ آقای اتمر ازهر کس دیگر زیادتر و محکم‌تر است. بنابر این دور از امکان نیست که بعد از استعفای آقای اتمر، اشخاص و افراد دیگری نیز در این راه با او هم‌سفر شوند.
با این‌حال محمد اشرف غنی، رییس حکومت وحدت ملی دیروز هنگام معرفی حمدالله محب سفیر پیشین افغانستان در امریکا، به‌عنوان مشاور شورای امنیت ملی گفت: وظیفۀ مشاور شورای امنیت ملی، مدیریت و رابطۀ استراتژیک افغانستان با سازمان‌های بین‌المللی و دیگر کشورهاست.
آقای غنی افزود که در بخش امنیت، شورای امنیت ملی یک نهاد تسهیل‌کننده بوده و نقش مدیرت اجماع بین‌المللی و منطقه‌یی را ایفا می‌کند.