شریف یفتلی، رییس ستاد مشترک ارتش هرگونه بدرفتاری با زندانیان در زندان بگرام را رد می‌کند و می‌گوید که تمامی امکانات، سهولت‌ها و خدمات بهداشتی در زندان بگرام با معیارهای بین‌المللی وجود دارند.
این گفته‌های آقای یفتلی، در واکنش به اظهارات روز گذشتۀ خانوادۀ خلیل‌الله فیروزی، یکی از سهم‌داران کابل بانک که گفته‌اند: از هفت‌ماه به این‌سو نتوانسته‌اند با آقای فیروزی در زندان بگرام دیدار نمایند و نیز برای انتقال یک عدد پیاز به او، سه‌صد دالر پرداخته‌اند.
اما آقای یفتلی این گفته‌ها را رد می‌کند و می‌گوید که این زندان از سوی بخش‌های کشفی و استخباراتی نظارت می‌شوند.
آقای یفتلی تاکید می‌کند که گویا در مقابل یک پیاز سه‌صد دالر گرفته می‌شود کاملأ جای ندارد؛ کاملأ این را رد می‌کنم. این مردود است؛ تمام کار و فعالیت منسوبینی که در آن‌جا خدمت‌گذاری می‌کنند از طرف بخش‌های کشفی، استخباراتی و امنیتی نظارت می‌شود.
اما، خان آغا رضایی، عضو هیات رهبری اتاق تجارت بین‌المللی می‌گوید که آقای فیروزی با تروریستان یک‌جا در زندان بگرام نگهداری می‌شود: « این‌ها در زندان‌هایی نگهداری شده‌اند که آن‌جا جای تروریستان و دهشت‌افگنان است».
انتقادها از وجود مشکلات در زندان بگرام، پس از پخش خبر درگذشت شیرخان فرنود، بنیان‌گذار کابل‌بانک، اوج گرفته‌اند. آقای فرنود، روز جمعه در این زندان درگذشت. وزارت دفاع گفته که او به‌دلیل حملۀ قلبی جان داده است، اما خانوادۀ فرنود می‌گوید که او هیچ مشکل قلبی نداشت.
بربنیاد قوانین کشور، مسوولیت تمامی زندان‌ها به‌دوش وزارت داخله است، اما مسوولان وزارت داخله می‌گویند که مسوولیت مدیریت زندان بگرام به‌گونۀ استثنایی به وزارت دفاع ملی سپرده شده است.
هم‌زمان با این، کمیسیون حقوق بشر نیز از وضعیت زندانیان در زندان بگرام انتقاد می‌کند.
بلال صدیقی، سخن‌گوی کمیسیون حقوق بشر گفت: زندان بگرام در رژیم خاصی اداره می‌شود. مشکلات وجود دارد؛ هم ازدحام هرروز بیشتر می‌شود، با معیارهای زندان ساخته نشده است، بیشتر با معیارهای یک توقیف‌خانه ساخته شده است.
زندان بگرام تا سال ۲۰۱۳ از سوی نیروهای خارجی اداره می‌شد، اما اکنون پنج‌سال می‌شود که این زندان از سوی حکومت افغانستان اداره می‌شود.