پس از انتشار گزارش‌هایی از شکنجه زندانیان، ناتو تحویل آن‌ها را به برخی از زندان‌های افغانستان متوقف کرده و از دولت کابل خواست تا اتهامات در خصوص شکنجه و سوء استفاده زندانیان توسط نیروهای پولیس تحت حمایت امریکا را مورد بررسی قرار دهد.
به نوشته روزنامه گاردین، ممنوعیت و توقف تحویل زندانیان به زندان‌های تحت امر دولت افغانستان، نگرانی‌ها در خصوص اعمال قوانین مربوط به حقوق بشر در این زندان‌ها را که برای اولین بار در سال ۲۰۱۱ میلادی در گزارش سازمان ملل اعلام شد، بار دیگر در مرکز توجه قرار داده است.
در این گزارش به تجاوزها و سوء‌استفاده‌های گسترده چون کشیدن ناخن‌های بازداشت شده‌گان و آسیب رساندن به آلت تناسلی آن‌ها اشاره شده؛ اموری که باعث ترغیب نیروهای تحت امر ناتو در توقف چند ماهه تحویل زندانیان به بازداشتگاه‌ها و زندان‌های تحت کنترل دولت افغانستان شده است.
پس از بررسی و آموزش زندانبانان و نیروهای امنیتی افغان بار دیگر نقل و انتقال زندانیان از سر گرفته شد اما انتشار گزارش جدید از سوی سازمان ملل این موضوع را تایید کرده که هنوز مشکلات جدی در زندان‌های افغان وجود دارد و باید این نقل و انتقال متوقف شود.
بنابراین دولت انگلیس به نیروهای تحت امر این کشور در افغانستان دستور داد تا نقل و انتقال زندانیان به زندان‌های این کشور متوقف نشود.
در ایمیل ارسالی سال ۲۰۱۲ از سوی وزارت دفاع انگلیس که به جزئیات نشست میان دیپلمات‌های سفارت انگلیس در کابل و مقام‌های سازمان ملل در امور تجاوز به زندانیان در افغانستان اشاره شده، آمده است: گزارش‌ها حاکی از آن است که تجاوز و شکنجه همچنان دز زندان‌های تحت امر پولیس ملی افغان و اداره امنیت ملی افغانستان در تمام این کشور ادامه دارد.
جیمز گری بین، سخنگوی ایساف در پاسخ مکتوب به سوالات مطرح شده گفت: براساس نگرانی‌های موجود در رابطه با وضع زندانیان در زندان‌های افغانستان، ایساف تمام نقل و انتقالات زندانیان به این مراکز تحت امر دولت افغانستان را به حالت تعلیق درآورده است.
وی افزود: ایساف به صورت رسمی از وزارت داخلۀ افغانستان خواسته تا در این باره تحقیقاتی را انجام دهد. دولت کابل به انجام تعهدات و الزامات حقوق بشری متعهد شده و به دنبال راه‌هایی برای پایان دادن به این شکنجه‌هاست.
این در حالیست که دولت افغانستان اعلام کرده ادعاها درخصوص شکنجه و ضرب و شتم زندانیان بی‌پایه و اساس است و هیچ اخطار رسمی درباره تعلیق نقل و انتقال زندانیان توسط ناتو یا امریکا وجود ندارد.
شفیق الله طاهری، سخنگوی اداره امنیت ملی افغانستان گفت: ما این ادعا را رد می‌کنیم. ما هیچ شواهدی از امریکایی‌ها مبنی بر اعمال شکنجه علیه زندانیان در زندان‌های تحت امر دولت افغانستان دریافت نکرده‌ایم. کمیسیون حقوق بشر و دفاع افغانستان به زندان‌های کشور می‌روند و با زندانیان مصاحبه می‌کنند. زندانیان تحت شکنجه قرار نمی‌گیرند.