قرار بود پیش از بازشماری آرا توسط کمیسیون مستقل انتخابات، طرزالعمل تفتیش، بازشماری و ابطال آرای این کمیسیون اجرا شود. در این طرزالعمل چهار مرحله به گونۀ واضح آمده تا پیش از بازشماری آرا، اجرا شود.
جداسازی آرای معتبر از آرای نامعتبر، روشن‌شدن سرنوشت آرای ثبت‌شده در دستگاه‌های بایومتریک گم‌شده، تثبیت آرای محلات رأی‌دهی انتقال‌یافته و تعیین سقف آرای هر صندوق رأی‌دهی، شامل این چهار مرحله‌اند.
اما شماری از دسته‌های انتخاباتی و برخی از کمیشنران کمیسیون مستقل انتخابات خواهان بازشماری بی‌درنگ آرا شده‌اند.
نهادهای ناظر بر انتخابات می‌گویند، اجرانشدن طرزالعمل بازشماری آرا، شفافیت انتخابات را زیر پرسش می‌برد و اگر کمیسیون انتخابات چنین اقدامی کند، اعتبار روند انتخابات را صدمه می‌زند.
یوسف رشید، رییس بنیاد انتخابات آزادوعادلانۀ افغانستان یا فیفا می‌گوید، تلاش‌هایی که در حال حاضر برای حل تخنیکی روند انتخابات صورت می‌گیرد به شفافیت این روند هیچ‌کمکی نمی‌کند.
آقای رشید می‌گوید، راهکار سیاسی زمینه را برای نتیجۀ معتبر فراهم نمی‌سازد و قابل پذیرش همه طرف‌ها نیست.
به گفتۀ او، کمیسیون مستقل انتخابات باید در روشنایی طرزالعمل‌های این کمیسیون برای مشکلات راه‌حل پیدا کند و دسته‌های انتخاباتی نیز در کار این کمیسیون مداخله نکنند.
بنیاد انتخابات شفاف افغانستان یا تیفا با نشر خبرنامه‌یی از رفتن روندهای تخنیکی انتخابات به سوی سیاسی‌شدن ابراز نگرانی کرده و این کار را ضربۀ بزرگی بر پیکر دموکراسی نوپای افغانستان عنوان کرده است.
زبیر حبیب‌زاده، سخنگوی بنیاد انتخابات شفاف افغانستان می‌گوید، کمیسیون‌های انتخاباتی باید بر بنیاد قوانین انتخابات عمل کنند و مردم را نسبت به شفافیت روند انتخابات اطمینان دهند.
به گفتۀ آقای حبیب‌زاده، هر گونه مخالفت نسبت به طرزالعمل‌ها، قوانین و لوایح انتخابات، زمینۀ یک بحران جدید در روند انتخابات را فراهم می‌سازد.
داوودعلی نجفی، رییس پیشین دبیرخانۀ کمیسیون مستقل انتخابات اجرایی‌شدن طرزالعمل بازشماری و تفتیش آرا را تضمین‌کنندۀ شفافیت‌ انتخابات می‌داند، اما می‌گوید که شماری از حلقات در درون و بیرون کمیسیون مانع تأمین شفافیت می‌شوند.
این در حالی‌ست که کمیسیون انتخابات روند بازشماری و تفتیش آرای ۸۲۵۵ محل را روز (شنبه، ۱۸ عقرب/آبان) آغاز کرد، اما دسته‌های انتخاباتی ثبات‌وهمگرایی به رهبری عبدالله عبدالله، امنیت‌وعدالت به رهبری رحمت‌الله نبیل و صلح‌وعدالت اسلامی به رهبری گلبدین حکمتیار، بازشماری آرا را بدون درنظرگرفتن طرزالعمل خلاف قانون دانسته و تحریم کرده‌اند.
اما دستۀ انتخاباتی دولت‌ساز به رهبری اشرف غنی، تأکید می‌کند تأخیر در روند بازشماری آرا برای آنان قابل پذیرش نیست.
عبدالله عبدالله، رهبر دستۀ انتخاباتی ثبات‌وهمگرایی نیز در یک نشست اعتراضی گفت، در صورتی‌که بازشماری آرا متوقف نشود، انتخابات را تحریم و نتیجه را نمی‌پذیرد.