ریشه‌های ناکامیِ دولت ملیِ مدرن و نافرجامیِ روند دولت‌ـ‌ملت‌سازی در افغانستان را در عوامل زیر می‌توان به جست‌وجو گرفت:

عوامل سیاسی: عوامل سیاسی در ابعاد مختلف به عنوان یک چالش، پروسۀ شکل‌گیری دولت‌های مدرن و ملی را در دو سدۀ اخیر عقیم ساخته است. کسب قدرت سیاسی نه از طریق انتخاب مردم، بلکه از راه منازعه و جنگ بر سر قدرت، عامل منفی در دولت-ملت‌سازی و شکل‌دهی دولت ملیِ مدرن است. اسبتداد و مطلق‌العنانی زمام‌داران در تاریخ معاصرِ افغانستان، پیوسته راه را به تشکیل دولت‌های مدرن و ملی بسته است. در حالی که مشارکت سیاسی و کثرت‌پذیری از الزامات شکل‌گیریِ چنین دولتی شمرده می‌شود. در دوران شکل‌گیری دولت‌های مدرن ملی و تکوین ملت-دولت به‌خصوص در سدۀ بیستم، نظام سیاسی افغانستان در مسیر تمرکز قدرتِ خانواده‌گیِ قبیله‌محور و قوم‌گرا تداوم یافت.
همچنین ایجاد دولت ایدیولوژیک، یکی دیگر از عوامل بازدارنده در جهت تشکیل دولت مدرن ملی و تشکیل دولت-‌ملت است. افغانستان در چهار دهۀ اخیر شاهد دولت‌های ایدیولوژیکِ چپ و راستِ تمامیت‌خواه بود که قادر به شکل‌دهی دولت ملی مدرن نبودند.
عامل ساختاری: از سلطنت امیرعبدالرحمن‌خان تا امروز، ساختار نظام سیاسی متناسب با طرحِ یک دولت ملی و مدرن شکل نگرفت. در تمام این سال‌ها یا نظام سلطنتی قبیله‌یی حاکم بوده یا نظام‌های جمهوری ایدیولوژیک و توتالیتر؛ نظام‌هایی که مشروعیت را نه از مردم که از اِعمال زور با کودتاهای نظامی و یا با شورش مسلحانه و جنگ می‌گرفتند. چنین نظام‌هایی زمینه را برای تشکیل دولت‌های مدرن و ملی ناهموار می‌ساخت.

عوامل خارجی: عوامل خارجی یکی از عوامل قابل بحث در پروسۀ دولت-ملت‌سازی افغانستان است. سه موضوع مهم در این مورد قابل تذکر است:
الف: منازعۀ دیورند: توافق‌نامۀ دیورند میان وزیرخارجۀ هند بریتانیایی و امیرعبدالرحمن بر سرِ تعیین مرزهای شرقی و جنوبی افغانستان به امضا رسید. توافق‌نامۀ مذکور سپس از سوی شاهانی پس از امیرعبدالرحمن شامل: امیر حبیب‌الله، امیر امان‌الله، محمدنادرشاه و محمدظاهرشاه تا ۱۹۴۹ مورد تأیید قرار گرفت. اما پس از استقلال شبه‌قاره و تشکیل پاکستان، این معاهده و سایر معاهدات قبلی میان دولت برتانوی هند و افغانستان، از سوی پارلمان کشور ملغا اعلان شد.
سیاست دولت‌های افغانستان نسبت به این منازعه بر مبنای قومیت شکل گرفت؛ در حالی که ایجاد منافع مشترکِ ملی در یک کشورِ ناهمگون از لحاظ قومی و زبانی، از الزاماتِ دولت-ملت‌سازی است. اما زمام‌داران افغانستان دیورند را به عنوان مرز جدایی پشتون‌ها به دو کشور، غیرقابل پذیرش تلقی کردند و این تلقی، بازتاب‌دهندۀ منافع قومی سایر اقوام نبود.
در جامعۀ سیاسی و روشن‌فکری اقوام غیرپشتون، استمرار منازعۀ دیورند با رویکردِ معطوف به قومیت، ابزاری در جهت تضعیف موقعیتِ سیاسی و اجتماعی آنان ارزیابی می‌شود. اما حاملان و حامیان قومیِ این داعیه در درون و بیرون دولت‌های افغانستان، چنین ارزیابی و نگرانی را مساوی به خیانت ملی می‌پنداشتند.

ب: رقابت‌های استعماری و جنگ سرد: افغانستان پیوسته به عنوان منطقۀ رقابتِ قدرت‌های توسعه‌طلب به‌خصوص روس‌ها و انگلیس‌ها مورد توجه بود. پس سقوط دولت تزاری روسیه در سال ۱۹۱۷ این بازی همچنان ادامه یافت. اما در پایان جنگ دوم جهانی، ایالات متحدۀ امریکا جانشین بریتانیا شد و رقابت به شکل جنگ سرد میان دو بلوک سوسیالیستی و سرمایه‌داری تشدید یافت. رقابت‌های جنگ سرد، افغانستان را در دهۀ هشتاد به میدان جنگ گرم این رقابت‌ها مبدل کرد. این جنگ و بی‌ثباتی زادۀ آن، افغانستان را بیشتر از بیش متشتت و متفرق ساخت، شکاف‌های قومی و زبانی عمیق و گسترده شد و دخالت خارجی در این افتراق افزایش یافت.

ج: نقش خارجی در تفرقۀ قومی: بریتانیا به عنوان قدرت استعماری رقیب با روسیۀ تزاری که شبه‌قارۀ هند را تا اواسط سدۀ بیستم در سلطه داشت، نقش بسیار منفی در تفرقه و تضعیفِ افغانستان پس از ورود به شبه‌قارۀ هند ایفا کرد. این تفرقه ‌تنها بر مبنای قومیت نبود، بلکه پیوسته میان شاهان و شهزاده‌گانِ دو قبیلۀ سدوزایی و محمدزایی و در داخل، میانِ هر کدام از سران مدعی قدرتِ هر دو قبیله جریان داشت. روسیۀ تزاری و سپس دولت بلشویکی یا اتحاد شوروی نیز با کارت قومی در افغانستان بازی کردند. حتا دولت شوروی، دو جناح خلق و پرچم را به‌صورت جداگانه مورد توجه و حمایت قرار داد. این دو جناح بیشتر با هویت و تعلقات قومی شناخته می‌شدند.
کشورهای همسایه نیز همچون قدرت‌های استعماری به تفرقۀ قومی و مذهبی در افغانستان دامن زدند.

منازعۀ درونی قدرت: منازعۀ قدرت تا دهۀ هفتاد قرن بیستم، منازعۀ قبیله‌یی و عشیره‌یی و منازعۀ خانوادگی شاه و شاهزاده‌گانِ قبیلۀ حاکم بود. نکتۀ مهم در منازعۀ قبیله‌یی قدرت، به محدودیتِ منازعه در یک قوم یعنی قوم پشتون و به دو قبیلۀ مشخصِ سدوزایی و محمدزایی و سپس جنگ درونی قدرت میان سرداران محمدزایی برمی‌گشت. اما در پایان دهۀ شصتِ سدۀ بیستم که سلطنت محمدظاهرشاه به دنبال منازعات قبیله‌یی قدرت با کودتای پسرکاکا و شوهرخواهرش محمدداوود برافتاد، منازعات قبیله‌یی قدرت جایش را به منازعات گروهی و قومی قدرت داد. در سال‌های حکومت حزب دموکراتیک خلق، منازعۀ قدرت با این رویکرد، تشدید شد. در سال‌های پس از فروپاشی حاکمیت این حزب، در دورۀ حکومت مجاهدین و حکومت طالبان، منازعۀ قومی قدرت ابعاد بیشتر یافت. منازعۀ قدرت در اشکال گوناگون، ناهمگونی و ناهمگرایی قومی و زبانی را پیچیده‌تر ساخت و به همان حد، شکل‌گیری دولت مدرن ملی را دور از دسترس قرار داد.

عامل فرهنگی: شامل سطح بسیار پایینِ سواد و آگاهی، تأثیرات دینی و مذهبی بر مبنای فهم و برداشت‌های متفاوت، رواج‌ها و سنت‌های قبیله‌یی و بومی در جامعه می‌شود. روحیه و فرهنگ ملی بنا بر عوامل مختلفی چون: بی‌سوادی اکثریت جامعه، ناآگاهی از مسایل ملی، ناهمگونی‌های قومی و زبانی، ناپیوسته‌گی‌های اجتماعی و زنده‌گی مجزا در روستاها و دره‌های نامرتبط با هم، حضور و سکونت بدنه‌های اصلی و یا اکثریت اقوام افغانستان در کشورهای همسایه و…، تکوین و عینیتِ خوب نداشته است. روحیه و فکر وحدت ملی در افغانستان به آگاهی عمومی و خودجوش مبدل نشد اگر گاهی از روحیۀ ملی و وحدت ملی در سطح افکار عمومی سخن می‌رود، تنها در زمان وقوع هجومِ خارجی به‌صورت عاطفی مورد بحث و توجه قرار می‌گیرد. استبدادپذیری، بی‌تفاوتی در برابر پدیده‌های خوب و بدِ سیاسی و اجتماعی، بخشی دیگر از شاخصه‌های فرهنگی جامعۀ افغانستان است. حضور و غلبۀ این فرهنگ در اذهان و افکار عامه، یکی از موانع در جهت تشکیل دولت-ملت و ایجاد جامعۀ شهروندی است.

تصویر ناروشن از ارزش‌ها و منافع مشترک ملی: ارزش‌های مشترک ملی، ارزش‌هایی فراتر از تمام ارزش‌هویت‌های قومی، قبیله‌یی، زبانی، دینی‌-مذهبی، سیاسی و اجتماعی شمرده می‌شود. اما ارزش‌ها و منافع مشترک ملی در افغانستان تعریف‌ناشده و توافق‌نایافته باقی مانده‌اند. تعدد گروه‌های قومی و زبانی، حیات مجزا و ناهمگونِ آن‌ها، ماندن در قیدوبستِ سنت‌های قبیله‌یی و قومی، مانعی در جهتِ معرفی و تثبیتِ ارزش و منافع ملیِ مشترک شمرده می‌شود.

عامل زبانی: تنوع و تعددِ زبان در افغانستان یکی از چالش‌های بسیار مهم در ملت‌سازی و شکل‌گیری دولت-ملت است. تفاوت زبان، آدم‌ها را از هم جدا می‌کند. هرچند زبان یک امر اکتسابی است، اما زبان در افغانستان بیشتر با قومیت پیوند یافته و به عنوان یک عنصر تأثیرگذار در ملت‌سازی و تشکیل دولت-ملت نقش ایفا می‌کند.

عامل مذهبی: هرچند اکثریت مردم افغانستان مسلمان سنیِ حنفی‌مذهب اند، اما اقلیت شیعۀ دوازده امامی و شیعۀ اسماعلیه نیز بخشی از جامعۀ افغانستان را تشکیل می‌دهد. اختلاف تاریخی دو فرقۀ سنی و شیعه در ملت‌سازی و شکل‌گیری دولت-ملت در افغانستان در مقاطعِ مختلف نقش منفی بازی کرده است.

ساختار اجتماعی: جامعۀ افغانستان از اقوام و قبایلِ مختلف با زبان‌های متفاوت و حتا مذاهب متعدد تشکیل یافته است. اقوام و قبایل در این کشور دارای سنت‌ها و رواج‌های مختلف و متفاوت هستند. این ساختار در شرایط عقب‌مانده‌گی فکری و سطح بسیار پایین سواد و آگاهی، به تشتت و تفرقِ بیشترِ جامعه چه در سطح عام و چه در سطح خواص انجامیده است. زیرا سنت و فرهنگ قبیله‌یی اقوام در تقابل و تعارض با هم قرار می‌گیرند و مانع تکوین فرهنگ ملی می‌شوند. حتا ساختار اجتماعیِ شهرها به‌خصوص پایتخت نیز ساختاری قومی است. عمدتاً شهرها میان اقوام تقسیم شده است.
یکی از چالش‌های ناشی از ساختار قومی در افغانستان، بهره‌گیری رهبران و گروه‌های سیاسی از این ساختار است. قومی بودن سیاست در افغاستان، پیوسته این رهبران سیاسی را به استفادۀ ابزاری از قومیت می‌کشاند. آن‌ها سعی در تداوم قومی بودن سیاست می‌کنند تا به عنوان رهبر قومی از مردم استفاده کنند و قوم را منبع مشروعیت و قدرت بسازند. بنابراین، قومی شدنِ سیاست در افغانستان مانع و چالشی عمده در مسیر دولت-ملت‌سازی به شمار می‌آید.

عوامل اقتصادی: فقر اقتصادی و ناتوانی‌های عمیق در بنیاد اقتصادی، از موانع جدی دولت-ملت‌سازی در افغانستان است. فقر اقتصادی و کمبود منابع مالی، دولت‌های افغانستان را در وابسته‌گی دایمی به کمک‌های خارجی قرار داده؛ چنان‌که قطع این کمک‌ها پیوسته به فروپاشی دولت منجر می‌شود. امیرعبدالرحمن، حبیب‌الله خان و امان‌الله خان و نادرخان همه به کمک‌های بریتانیا وابسته بودند. ظاهرشاه و داوودخان نیز به کمک اتحاد شوروی وابسته بودند و نتیجۀ این وابسته‌گی، انجام دو کودتای نظامی سال ۱۹۷۳ و ۱۹۷۸ از سوی هواداران شوروی بود. این وضع از قرن نوزدهم تا حال ادامه دارد و دولت آقای غنی و عبدالله نیز شدیداً به کمک خارجی‌ها وابسته است.

موقعیت جغرافیایی: از بُعد خارجی افغانستان به عنوان کشوری حایل میان دو قدرتِ استعماریِ روسیۀ تزاری و سپس روسیۀ بلشویکی و استعمار بریتانیا و سپس ایالات متحدۀ امریکا، پیوسته در میدانِ بازی و رقابتِ آن‌ها قرار داشته. همراهیِ کشورهای متحدِ منطقه‌ییِ قدرت‌های رقیبِ بین‌المللی در بازی و رقابت بر سرِ افغانستان، در بی‌ثباتی سیاسیِ کشور نقش بارز داشته است. درحالی‌که ثبات سیاسی از عناصر اصلیِ دولت-ملت‌سازی محسوب می‌شود.
ساختار جغرافیایی افغانستان از بُعد داخلی نیز برای دولت-ملت‌سازی چالش‌زا و دشوارآفرین است. موقعیت کوهستانی و پراکنده‌گیِ جمعیتِ کشور در میان دره‌های کوهستان‌ها و زنده‌گی روستایی و جدا از هم، پدیدۀ تشکیل ملت را در افغانستان بیشتر از بیش غیرقابل دسترس می‌نمایاند.