پس از کناره‌گیری محمدحنیف اتمر، مشاور شورای امنیت ملی غنی به‌تازه‌گی محمدسلیمان کاکر، معاون نخست این نهاد نیز کناره‌گیری کرده است.
در متن استعفای آقای کاکر آمده است که وی به دلیل «یک سلسله ملحوظات و مشکلات موجود» نمی‌تواند در این سمت باقی بماند.
آقای کاکر از افراد نزدیک به آقای اتمر دانسته می‌شود، شماری‌ دلیل استعفای وی را کناررفتن آقای اتمر از سمت مشاوریت شورای امنیت ملی می‌دانند.
آقای کاکر از حدود چهارسال به این‌سو به عنوان معاون شورای امنیت ملی افغانستان ایفای وظیفه می‌کرد.
این در حالی‌ست که محمدحنیف اتمر حدود ده‌روز قبل (۳ سنبله) از مشاوریت شورای امنیت ملی افغانستان استفعاء داد.
هرچند پس از کناره‌گیری او محمد اشرف غنی، حمدالله محب سفیر پیشین افغانستان در امریکا را به‌عنوان مشاور شورای امنیت خود منصوب کرد، اما گمانه‌زنی‌ها وجود دارد که گویا محمدحنیف اتمر به دلیل تنش‌های ایجادشده میان او و غنی از این سمت کنار رفته است.
محمدحنیف‌اتمر از چهره‌های برجستۀ نزدیک به آقای غنی بود که در انتخابات ۲۰۱۴ نقش مرکزی را برای به‌دست آوردن قدرت به تیم و تحول و تداوم بازی کرد. اما باور بر این است که با نفوذی که آقای اتمر در نهادهای امنیتی -استخباراتی دارد، ممکن پس از کنار رفتن او شماری زیاد از این افراد نیز جایگاه‌های خود را ترک کنند.
در چهارسال پسین، با توجه به جایگاه و نقش حنیف اتمر در حکومت وحدت ملی، بخشی از مردم وی را عامل همۀ نابسامانی‌ها، بحران سیاسی- امنیتی و درگیری‌ها در کشور عنوان می‌کنند. پس از حمله به جنازۀ محمدسالم ایزدیار که شمار زیادی از رهبران جهادی- سیاسی به‌ویژه سران جزب جمعیت اسلامی در آن ا شتراک داشتند، این جریان‌ها محمدحنیف اتمر را مسوول آن حمله می‌دانستد. در اعلامیه‌یی که در آن زمان از طرف این جریان نشر شد، آمده است، این حزب خواستار کناره‌گیری مشاور امنیت ملی و رییس امنیت ملی از سمت‌های‌شان گردید. آنان اتمر و استانکزی را رسماً به دست‌داشتن در سازمان‌دهی حملۀ تروریستی متهم کردند. اما این درخواست‌ها با واکنش رد محمداشرف غنی رییس حکومت وحدت ملی منجر شد. حنیف اتمر از نزدیک‌ترین چهره‌ها به محمداشرف‌غنی بود. با کناره‌گیری و یا برکناری او قدرت نیم‌بند آقای غنی در داخل نظام به شکنده‌گی کشانیده خواهد شد.
شماری باور دارند که پس از افزایش ناامنی‌ها در برخی از ولایت‌های کشور و و رگبار ارگ ریاست جمهور در روز اول عید، اشرف‌ غنی همۀ مسوولان امنیتی را فراخواند و خواستار استعفای دسته‌جمعی آنان شد.
وزیران دفاع، داخله و مشاور امنیت ملی پیشنهاد استعفای‌شان را به ریاست‌جمهوری فرستادند. اما رییس‌جمهور تنها استعفای حنیف اتمر را منظور کرد. برخی منابع گفته‌اند که رییس اجرایی حکومت وحدت ملی و سفارت امریکا در کابل، با استعفای وزیران دفاع و داخله مخالفت کرده است. حنیف اتمر دیگر علاقه‌یی به کار در حکومت نداشت. به انتخابات ریاست‌جمهوری که کم‌تر از ۸ ما دیگر فرصت باقی مانده است، اتمر در این مدت به کاروزار انتخاباتی خواهد پرداخت.
برخی تحلیل‌گران سیاسی باور دارند که ایالات متحدۀ امریکا به‌عنوان تأثیرگذارترین کشور در مسایل سیاسی افغانستان از حنیف اتمر در انتخابات ریاست جمهوری حمایت نخواهد کرد. زیرا، اتمر به‌دلیل تابعیت انگلیسی، به مهرۀ بریتانیا در افغانستان مشهور است. نزد کشورهای منطقه هم او مظنون است. باری رسانه‌های روسی حنیف اتمر و معصوم استانکزی را به انتقال تروریستان داعش به شمال متهم کردند. اما حامد کرزی تلاش دارد که دیدگاه کشورهای منطقه را به حنیف اتمر جلب کند.