هنوز بمباران هواپیماهای امریکایی به مواضع طالبان در افغانستان پایان نیافته بود که دولت «سید محمد خاتمی» در ایران، پیام‌های مثبتی برای دولت آیندۀ افغانستان به آن‌طرفِ مرز فرستاد. در آن روزها، دولت ایران تصمیم گرفته بود که برای حُسن‌نیت با افغانستانِ پساطالبان، گلبدین حکمتیار را از ایران اخراج کند. حکمتیار که در آن زمان، آزادانه در ایران زنده‌گی می‌کرد و تریبون آزاد در اختیار داشت، می‌توانست با استفاده از حضورش در تهران، برای دولت آیندۀ افغانستان دردسرساز شود اما ایران این مجال را به او نداد. سرانجام حکمتیار، ایران را ترک کرد و این خبر خوشی از طرف ایران برای دولت آیندۀ افغانستان بود که نشان می‌داد تهران قصد حمایت از مخالفان حاکمان آیندۀ کابل را ندارد. هم‌زمان با این، رهبر ایران به حملات و حضور امریکا در افغانستان واکنش نشان و آن را محکوم کرد. با این‌وجود، هیأت نماینده‌گان ایران به سرپرستی «محمدجواد ظریف» وزیر خارجۀ فعلی این کشور در کنفرانس «بُن» حضور یافت و حمایت خود را از توافقنامۀ این نشست در ششم دسمبر ۲۰۰۱ و ادارۀ موقت به رهبری حامد کرزی اعلام کرد. متعاقب آن، نماینده‌گان دولت خاتمی در کنفرانس «توکیو» در جنوری ۲۰۰۲ حضور یافتند و متعهد شدند که بیش از ۵۰۰ میلیون دالر برای بازسازی افغانستان کمک کنند. این آغاز حمایت‌های دولت ایران از دولت کرزی بود که پس از پایان ریاست جمهوری خاتمی، در دورۀ «محمود احمدی‌نژاد» نیز ادامه یافت. در زمان ریاست‌جمهوری حامد کرزی، مدیریت روابط تهران و کابل، یکی از دشوارترین کارهای دیپلماسی بین کشورها بود. تصور کنید، درحالی‌که تهران با کابل رابطه دوستانه داشت اما ایران و امریکا با یکدیگر رقابت و البته خصومت داشتند و در این مدت، هر یک به شدت سعی می‌کرد نفوذ دیگری را در افغانستان کاهش دهد. با این‌وجود، روابط ایران و افغانستان در دورۀ حامد کرزی در سطح قابل قبولی قرار داشت و هر دو طرف کوشیدند تنش‌ها را جدی نگیرند. البته تهران روابط دوستانه با کابل را مرهون راهبرد حامد کرزی با ایران بود، زیرا از همان ابتدا وقتی حامد کرزی متوجه شد تهران با دولت او رفتار خصمانه ندارد، روابط خارجی خود را طوری با ایران تنظیم کرد که تنش‌های احتمالی نتواند این راهبرد را خدشه‌دار کند. موضوع آب، اخراج مهاجرین، اعدام زندانیان افغانستانی در ارتباط با قاچاق مواد مخدر، مسالۀ ترانزیت و تماس تهران با طالبان، هرکدام به تنهایی می‌توانست رابطۀ دولت حامد کرزی را با ایران به هم بزند اما با سیاستی که کرزی در پیش گرفته بود، روابط تهران و کابل، دوستانه باقی ماند.
یکی از آزمون‌های مهم در برابر روابط ایران و افغانستان، خروج گستردۀ مهاجران افغانستان از ایران در سال ۱۳۸۶ بود. در این سال، تجمع مهاجران افغانستان در ولایت‌های مرزی با ایران، به اندازه‌یی بود که دولت حامد کرزی نتوانست بحران را مدیریت کند. لذا پارلمان افغانستان در ۱۹ ثور ۱۳۸۶ «اکبر اکبر» وزیر سابق امور مهاجرین و «رنگین دادفر اسپنتا» وزیر وقتِ خارجه را استیضاح کرد. اکبر سلب صلاحیت گردید اما موضوع سلب صلاحیت اسپنتا جنجالی شد و حامد کرزی آن را به دادگاه عالی ارجاع داد. چند روز بعد دادگاه عالی نیز اعلام کرد که اسپنتا در سِمَت خود باقی بماند. این بحران که رابطۀ پارلمان افغانستان را با کرزی به هم زد، باعث نشد تأثیر منفی بر روابط تهران و کابل بگذارد.
در سال ۱۳۸۹ در دورۀ ریاست‌جمهوری احمدی‌نژاد، بار دیگر امتحان سختی در برابر روابط تهران و کابل به‌وجود آمد. در روزهای سرد آخر ماه قوس همین سال، ده‌ها و بلکه صدها تانکر سوخت تجار افغانستان، روزها در مرز ایران متوقف شدند. کار به جایی رسید که دولت کرزی هشدار داد اگر ایران این تانکرها را آزاد نکند، در تجارت و ترانزیت خود با ایران تجدیدنظر خواهد کرد. در آن زمان، ایران مشکوک شده بود که سوخت این تانکرها در اختیار نیروهای امریکایی و ناتو در افغانستان قرار می‌گیرد. به‌رغم جدی بودن تصمیم ایران برای توقف طولانی‌مدت ترانزیت سوخت به افغانستان، سیاست نرم کرزی در قبال ایران، باعث شد که ایران از تصمیمِ خود صرف‌نظر کند و در پنجم جدی ۱۳۸۹ به تانکرهای سوخت افغانستان اجازۀ عبور دهد. در همین ایام، بارها رسانه‌های غربی و برخی مسوولان امنیتی افغانستان از کمک مالی و تسلیحاتی ایران به طالبان و تصمیم طالبان برای تخریب پروژۀ سد «سلما» خبر دادند اما هیچ‌گاه دولت کرزی آن را جدی نگرفت. در ماه اسد سال ۱۳۹۲، خبرگزاری‌های ایران گزارش دادند که هیأتی از طالبان به ریاست طیب‌آغا رییس سابق دفتر طالبان در قطر، با مقامات ایران در تهران دیدار کرده است. این گزارش در حالی منتشر شد که حامد کرزی به هرگونه رابطۀ کشورهای خارجی با طالبان حسّاس بود اما این سبب نشد که کرزی به دیدار هیأت طالبان و مقامات ایران، واکنش نشان دهد.
البته گذشت و اغماض حامد کرزی در برابر ایران، یک‌طرفه نبود بلکه تهران نیز هوای حامد کرزی را داشت که این حمایت از همان ابتدا در کنفرانس بُن اول آشکار بود. طبق نقل‌قول «زلمی خلیل‌زاد» در کتاب «فرستاده»، تلاش محمدجواد ظریف باعث شد «یونس قانونی» نمایندۀ جبهۀ مقاومت از زیاده‌خواهی و مطالباتش که خواهان یک ثلث کرسی‌های دولت آینده بود، به نفع جناح حامد کرزی بگذرد. به‌هرحال، در اکتبر سال ۲۰۱۰ روزنامۀ نیویورک‌تایمز گزارش داد که ایران پول نقد به دفتر حامد کرزی کمک می‌کند. این موضوع، روزهای متوالی به سرخط اخبار رسانه‌های داخلی و خارجی تبدیل شد. در آن ایام، همه بی‌صبرانه منتظر بودند تا حامد کرزی به گزارش این روزنامۀ امریکایی واکنش نشان دهد و آن را رد کند اما رییس‌جمهور سابق افغانستان ناباورانه در دوم عقرب سال ۱۳۸۹ در یک کنفرانس خبری مشترک با «امام علی رحمان» رییس‌جمهور تاجیکستان در کابل، پذیرفت که ایران به دفتر او پول نقد کمک می‌کند و این پول را «عمر داوودزی» رییس دفترش تحویل می‌گیرد. گویا این دادوستد باعث شد که سیاست تهران و موضع حامد کرزی در قبال امضای پیمان امنیتی کابل- واشنگتن در راستای هم قرار بگیرد و صدای واحدی از تهران و کابل مبنی بر عدم امضای این پیمان شنیده شود. در فرجام، پس از جرح‌وبحث های زیادی در لویه جرگۀ مشورتی، حامد کرزی از امضای توافقنامۀ امنیتی کابل- واشنگتن، سر باز زد و با این کار، تهران نفس راحتی کشید.
از سوی دیگر، سفرهای حامد کرزی به ایران، رکورد بیشترین سفرِ یک مقام عالی‌رتبۀ افغانستان به ایران را ثبت کرده است. کرزی در زمان ریاست جمهوری خود، بارها و بارها به مناسبت‌های مختلف به ایران سفر کرد و مورد استقبال گرم مقامات ایران قرار گرفت تا جایی که او یک‌بار در سفر به ایران، به یاد مادرش افتاد. در نیمۀ اسد سال ۱۳۸۹ نشستی با حضور سران ایران، افغانستان و تاجیکستان در تهران برگزار شد. در حاشیۀ این نشست در یک جمع صمیمانه از حامد کرزی با شربت «خاکشیر» پذیرایی شد. رییس‌جمهور سابق افغانستان به‌خاطر این رفتار دوستانۀ مقامات ایران، از محمود احمدی‌نژاد همتای ایرانی خود تشکر کرد که او را به خاطرات دوران کودکی برگردانده و یاد مادرش را زنده کرده است. اشارۀ کرزی به یک روش درمانی سنتی در افغانستان بود که اکنون نیز مادران افغانستانی برای رفع بیماری کودکان خود، از نبات و خاکشیر استفاده می‌کنند. البته زمانی که اشرف‌غنی در آوریل ۲۰۱۵ به تهران رفت، دیگر از شربت خاکشیر خبری نبود تا وی را نیز به خاطرات دوران کودکی برگرداند و یاد مادرش را زنده کند.
حامد کرزی همواره یار روزهای سخت تهران بوده تا جایی که به نظر می‌رسد، نزدیکی بیش از حد کرزی به تهران، یکی از عوامل دوری او از امریکا و سیاست‌های واشنگتن بوده است. شاید این سخن کرزی در جوزای سال جاری با «پارس تودی»، تأییدی بر این سخن باشد. رییس‌جمهور سابق افغانستان در گفت‌وگو با این خبرگزاری ایرانی بیان داشت: «ما خود را مدیون دولت و مردم ایران می‌دانیم و امریکا به مردم افغانستان و منطقه خیانت کرده و قابل اعتماد نیست.» همین دیدگاه مثبتِ کرزی به تهران و دید منفی او به امریکا بود که رییس‌جمهور سابق افغانستان را دو روز پیش در سی‌ودومین «کنفرانس وحدت اسلامی» در تهران، صدرنشین کرد و در جمع هیأت‌رییسه قرار داد. با توجه به اهمیت و جایگاه حامد کرزی در سیاست خارجی ایران، چنین به نظر می‌رسد که اگر او وارد کارزارهای انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۹۸ افغانستان شود، تهران کرزی را در روزهای تنهایی، تنها نخواهد گذاشت و رفیق و همدمِ او خواهد بود.