نهادهای ناظر انتخاباتی با نگرانی از آنچه تناقض‌‌گویی مسوولان کمیسیون انتخابات و کُندی روند وارد کردن آرا به مرکز اطلاعات می‌خوانند، انتقاد می‌کنند و می‌گویند نتیجۀ ابتدایی انتخابات در زمان تعین شده اعلام نخواهد شد.
آنان در مصاحبه با روزنامۀ ماندگار با ابراز نگرانی از وجود روابط سیاسی برخی‌ها در دبیرخانۀ کمیسیون انتخابات همچنان گفتند که اگر جلو این ارتباطات گرفته نشود، عدالت انتخاباتی تأمین نخواهد شد.
یوسف رشید، رییس اجرایی بنیاد انتخابات آزاد و عادلانۀ افغانستان (فیفا) می‌گوید که موقف کمیسیون انتخابات در رابطه به آرای بایومتریک و بدون بایومتریک متناقض است.
آقای رشید می‌افزاید: کمیسیون انتخابات یکبار اعلام می‌کند که رأی بایومتریک برای‌شان قابل اعتبار است، اما بار دیگر اعلام می‌کنند که آرای که از یک محل به مرکز انتقال یافته، برای‌شان قابل اعتبار است که این موقف‌گیری دوگانه نگرانی را در میان مردم و تکت‌های انتخاباتی و نهاد ناظر انتخاباتی ایجاد کرده است.
به گفتۀ او، موقف‌گیری‌های متناقض و ارایۀ آمارها و اطلاعات چندگونه و بدون هماهنگی، روی اعلام نتیجۀ ابتدایی انتخاباتی تأثیر منفی می‌گذارد و تکت‌های انتخاباتی را وادار به بهره‌جویی از این موضع می‌کند.
این اظهارات در حالی بیان می‌شود که کمیسیون انتخابات میزان اشتراک‌کننده‌گان در روز انتخابات را بیش از دونیم میلیون اعلام کرده است، اما تکت‌های انتخاباتی میزان رأی‌دهنده‌گان را در ششم میزان کمتر از یک میلیون می‌دانند. یافته‌های شورای نامزدان انتخاباتی ریاست جمهوری هم نشان می‌دهد که میزان رأی‌دهنده‌گان انتخابات ریاست جمهوری کمتر از یک میلیون بوده است.
در عین حال، عزیز رفیعی، رییس مجتمع جامعۀ مدنی افغانستان می‌گوید که رویکردهای ارتباطات سیاسی در دبیرخانۀ کمیسیون انتخابات نگرانی جدی را ایجاد کرده است و سرنوشت انتخابات را دچار چالش خواهد کرد.
آقای رفیعی می‌افزاید: دشواری‌های کمیسیون فعلی انتخابات نسبت به گذشته، اندک است؛ زیرا در این دور آمار رأی‌دهند‌ه‌گان به مراتب کمتر از گذشته است و کمیسیون با کارشیوه‌های دست‌داشتۀ‌ خود می‌تواند به چالش‌های این روند رسیده‌گی کند، زیرا سیستم ایجاد شده توسط کمپنی تکنالوژی «درمالوگ» ظرفیت رسیده‌گی و محاسبه و شمارش آرا را سهل ساخته است. اما این سهولت‌ها با چالش سیاسی در داخل کمیسیون انتخابات مواجه است، آمار اندک رأی‌دهندگان و وجود رأی‌های بدون بایومتریک از چالش‌های هستند که کمیسیون انتخابات با آن مواجه است؛ زیرا نزد کمیسیون انتخابات رأی‌ها بدون بایومتریک اعتبار ندارد و تنها به رأی‌های اعتبار داده می‌شود که بایومتریک شده باشد.
او اظهار می‌دارد که براساس قانون انتخابات، تنها رأی‌ها بایومتریک شده اعتبار دارند، اما کمیسیون باید در رابطه به رأی‌های بدون بایومتریک نیز تصمیم جدی و نهایی بگیرد. رییس مجتمع جامعۀ مدنی افغانستان، از وجود ارتباطات سیاسی بیرونی در دبیرخانۀ کمیسیون انتخابات ابراز نگرانی کرد و گفت: «اگر برخوردها و ارتباطات در دبیرخانۀ کمیسیون انتخابات وجود داشته باشد، سرنوشت کمیشنران کمیسیون انتخابات زجرناک و ‌دردآور است؛ زیرا آنان نمی‌توانند عدالت انتخاباتی را تأمین کنند».
از سویی هم، مسوولان در بنیاد انتخابات و شفافیت (ایتوا) به این باور است که کُندی روند کار در کمیسیون انتخابات و وجود مشکلات تخنیکی در این نهاد، نگرانی شهروندان را افزایش داده است.
حبیب‌الله شینواری، رییس برنامه‌های ایتوا می‌گوید که کُند بودن کار در کمیسیون انتخابات سبب تأخیر در روند اعلام نتیجۀ ابتدایی انتخابات شده است و اگر انتخابات به دور دو برود، دچار چالش می‌گردد و ممکن یک سال زمان ببرد.
اقای شینواری می‌گوید که چالش‌ها و تناقض‌گویی‌های زیاد در وسایل بایومتریک و برگه‌های رأی وجود دارد. به گفتۀ او: در یک تعداد دستگاه‌های بایومتریک، ۲۲۰ تن ثبت شده، اما در صندوق ۳۰۰ رأی وجود دارد؛ یا در یک محل رأی‌دهی از فورم‌های رأی استفاده شده، اما در دستگاه بایومتریک یک تن هم ثبت نشده است.
مشکلات تخنیکی در سرور مرکزی و دیتابیس و برگه‌های رای‌دهی موارد است که به عنوان چالش‌های در انتخابات گفته شده است. به گفتۀ آقای شینواری، کمیسیون انتخاباتی نمی‌تواند نتیجۀ انتخابات را در زمان از پیش تعین شده (۲۷ میزان) اعلام کند، اما در اعلام یک نتیجۀ مطلوب و قابل قبول نیز نگرانی جدی وجود دارد. او گفت که پیش‌داوری نامزدان انتخابات ریاست جمهوری، کار کمیسیون را با چالش مواجه ساخته است.
آقای شینواری می‌گوید که مسوولان ارشد کمیسیون‌های انتخاباتی به ویژه دبیرخانۀ کمیسیون باید قرنطین شوند و ارتباطات‌شان با بیرون قطع گردد. به گفتۀ او: یک نشست مشورتی با حضور نماینده‌گان نامزدان و نهادهای ناظر راه‌اندازی شود، چالش‌های موجود در روز انتخابات را ارایه گردد تا تصمیم نهایی گرفته شود و نتیجه بعداً اعلام شود. رییس برنامه‌های بنیاد انتخابات و شفافیت بیان داشت، نتیجه‌یی که مورد قبول همه طرف‌ها نباشد، افغانستان را به بحران خواهد برد.
این اظهارات در حالی بیان می‌شود که پیش از این، کمیسیون انتخابات گفته است که نتیجۀ ابتدایی انتخابات را در ۲۷ میزان اعلام می‌کند. مولانا عبدالله، کمیشنر کمیسیون انتخابات در ۱۵ میزان در یک نشست خبری گفت که نتیجۀ ابتدایی در تاریخ تعین شده اعلام می‌گردد. گفتنی است که انتخابات ریاست جمهوری در ششم میزان میان ۱۳ نامزد انتخابات ریاست جمهوری برگزار گردید.