بحث بر سرِ آرایی که از جانب کمیسیون شکایت‌های انتخاباتی در برخی از ولایت‌ها باطل اعلام شده، به یک اختلاف و نزاعِ جدی در میان اعضای رهبری و کمیشنرانِ کمیسیون شکایت‌های انتخاباتی منجر شده است. این نزاع در ردِ سخنان عزیزالله آریافر یکی از کمیشنرانِ کمیسیون شکایات انتخاباتی توسط سخن‌گوی این کمیسیون و بعد هم در واکنشِ آقای آریافر نسبت به آن اظهارات، به‌شدت هویدا شد و همه دیدند که اعضای این کمیسیون در برخی موارد با هم اختلافِ اساسی دارند.
پس از آن‎که عزیزالله آریافر از باطل شدنِ یک‌هزار صندوقِ رای در ولایت هرات انتقاد کرد و گفت که کمیسیون شکایات حق ندارد که این صندوق‌ها را باطل کند و افزود که برخی از کمیشنران این کمیسیون در ولایت هرات، موافق باطل شدنِ یک‌هزار صندوق رای‌ نیستند؛ رسانه‌ها و مردم متوجه شدند که کسانی در این کمیسیون بر بنیاد ملحوظات سیاسی و سلیقه‌یی، می‌خواهند کار را به جاهای خطرناک و بحرانی بکشانند و به نفع نامزد خاصی و یا هم به هدف ویران کردنِ پروسۀ انتخابات کار کنند.
در همین حال، اختلاف نظرهایی که میان اعضای کمیسیون مستقل انتخابات در مورد باطل شدن یا نشدنِ برخی از آرای مربوط به نامزدانی مشخص وجود داشت نیز نشان می‌داد که کار در این دو کمیسیون یک‌دست نیست و نیز این‌که اعضای این کمیسیون‌ها در مورد عمل‌کرد یک‌دیگرشان مشکوک‌اند.
این وضعیت، هم می‌تواند وجه مثبت داشته باشد و هم وجه منفی. وجه مثبت به این ترتیب که اگر اعضای این کمیسیون‌ها به نظارت و نقدِ کاردکرد یک‌دیگرشان بپردازند و برای شفافیتِ هرچه بیشترِ این پروسه تلاش کنند، اختلاف نظرهای آن‌ها می‌تواند جلوِ تقلب و کم کردنِ رای یک نامزد به نفع نامزد دیگر را بگیرد و به مردم اطمینان بدهد که کسانی در این کمیسیون‌ها هستند که از آرای مردم و زحماتِ آن‌ها پاسبانی می‌کنند و با تمام توان می‌خواهند جلو مهندسیِ انتخابات را بگیرند. اما وجه منفیِ قضیه هم این است که این اختلاف‌ها می‌تواند مردم را نسبت به کارکرد کمیسیون‌ها مشکوک سازد و آن‌ها را به این نتیجه برساند که کمیسیون‌های انتخاباتی به‌شدت در تلاش‌اند تا انتخابات را به نفع نامزد خاصی مهندسی کنند. چنان‌که برخی از کارکردهای کمیسیون‌ها چنین نگرانی‌یی را به نمایش گذاشته است، از جمله این‌که کمیسیون شکایاتِ برخی ولایت‌ها زمانی که شکایت از یک محل را به مرکز فرستاده و خواستار باطل شدنِ آرای این محل شده است، کمیسیون شکایات در کابل در مجموع آرای آن مرکز را باطل کرده است. این نشان می‌دهد که برخی‌ها در کمیسیون شکایت‌های انتخاباتی، برای باطل کردنِ آرای یک منطقۀ خاص، پشت کوچک‌ترین شکایت و بهانه می‌گردند و این‌ طرز برخورد، کار را به خرابی می‌کشاند.
به هر صورت، حالا همۀ چشم‌ها به کار کمیسیون شکایت‌های انتخاباتی دوخته شده است و مردم به این کمیسیون هنوز هم نگاهِ امیدوارانه دارند. از جانب دیگر، اعضای این کمیسیون در پیشگاه خداوند و مردم افغانستان سوگند خورده‌اند که از آرای ملت حراست و پشتیبانی خواهند کرد. اما باید دیده شود که واقعاً این افراد که امروز مهم‌ترین شخصیت‌های تصمیم‌گیرنده در افغانستان پنداشته می‌شوند، چه‌قدر به تعهدشان وفادار اند و چه‌قدر می‌خواهند کشور را به سمتِ ثبات و سعادت حرکت دهند. این افراد باید بدانند که یک رسالتِ بزرگِ تاریخی در برابرِ آن‌ها قرار گرفته و هر نوع کم‌کاری، بی‌توجهی و یا خدای نکرده خیانت‌کاری آن‌ها، می‌تواند افغانستان را سراسر به آشوب و بحران بکشاند.