بستۀ پیشنهادی کمیسیون ویژۀ اصلاح نظام انتخاباتی به میزانی که باعث ایجاد خوش‌بینی‌ها در سطح جامعه و کشور شده، به همان میزان نگرانی‌هایی را نیز برانگیخته است. از خوش‌بینی‌هایی که در این زمینه ابراز می‌شود، چنین برمی‌آید که برخی‌ها اندک تغییر و دگرگونی در نظام انتخاباتی را گامی به جلو فرض می‌کنند که بدون تردید غیر از این نیز چیزی بوده نمی‌تواند.
اما نظام انتخاباتی افغانستان به خانه‌تکانیِ شدید و همه‌جانبه نیاز دارد و این نیاز با گذشتِ هر سال فزونی می‌یابد. دوره‌های مختلفِ انتخابات در افغانستان نشان داد که مشکل بنیادی و اساسی انتخاباتِ افغانستان، در نوع نظام و گزینش افراد و عاملان اصلیِ این روند نهفته است. بازنگری در نظام انتخاباتی کشور مستلزم تعهد، تخصص و تجربه است؛ چیزی که فکر می‌شود در بخشی از اعضای کمیسیون ویژۀ اصلاح نظام انتخاباتی وجود دارد. به همین دلیل بستۀ پیشنهادی این کمیسیون باعث ایجاد چنین خوش‌بینی‌هایی در سطح جامعه شده است.
ولی از سوی دیگر، دو طیف از نهادهای موجود و فعال در عرصۀ انتخابات، نسبت به بستۀ پیشنهادی نگرانی‌هایی را از خود بروز داده‌اند. کمیسیون برگزاری انتخابات در واکنش به بستۀ پیشنهادی، آن را خیلی مهم ندانست و گفت که در این بسته مسایلی مطرح نشده که پیش از آن کمیسیون انتخابات روی آن کار نکرده باشد. این به معنای آن است که کمیسیون انتخابات، نگرانی‌هایی را نسبت به بستۀ پیشنهادی دارد و به گونه‌های مختلف می‌خواهد نسبت به آن موضع‌گیری کند.
در گذشته، کمیسیون انتخابات تغییر در گزینش اعضای کمیسیون‌های انتخاباتی را فراتر از صلاحیت‌های کمیسیون ویژۀ اصلاح نظام انتخاباتی اعلام کرده و گفته بود که اگر در خصوصِ وظایف اعضای کمیسیون‌های انتخاباتی تغییراتی وارد شود، مورد حمایت این کمیسیون قرار نخواهد گرفت و آن را اقدامی غیرقانونی می‌داند. این موضع‌گیری ضمن این‌که از ترس درونیِ اعضای کمیسیون‌های انتخاباتی پرده برمی‌دارد، همچنین نشان می‌دهد که کمیسیون‌های انتخاباتی، به‌ساده‌گی حاضر به پذیریش تغییرات در کمیسیون‌ها نخواهند بود؛ در حالی که توقع جامعه از دولت تنها تغییر در گزینش اعضای کمیسیون‌های انتخاباتی نیست و آن‌ها در انتظار برملا شدنِ مشکلات انتخابات سال گذشته و به دادگاه کشاندن عاملانِ تقلب و بحران انتخابات استند. کمیسیون انتخابات از حالا می‌خواهد به سبوتاژ بستۀ پیشنهادی بپردازد و آن را چیزی معمولی معرفی کند.
طیفِ دیگری که نسبت به بستۀ پیشنهادی نگرانی‌هایی از خود تبارز می‌دهد، نهادهای ذی‌دخل در مسایلِ انتخابات و جامعۀ مدنی افغانستان است. این نهادها ضمن وارد کردنِ برخی انتقادها به بستۀ پیشنهادی که عمدتاً انتقادهای تخصصی و کارشناسانه است، هنوز مطمین نیستند که در فرصتِ موجود بتوان پیشنهادهای مطروحه را جامۀ عمل پوشاند. به نظر این نهادها در بستۀ پیشنهادی، نکات ارزشمندی گنجانده شده که به صورت حداقلی می‌تواند باعث تغییرات در نظام انتخاباتی کشور شود. این نهادها با توجه به تیوری مهندسیِ گام به گام به این نظرند که اصلاحات در نظام انتخاباتی کشور از یک جایی باید آغاز می‌شد و اگر پیشنهادهای کمیسیون ویژۀ اصلاح نظام انتخاباتی در شرایط فعلی تحمیل شود، نمی‌تواند زمینۀ اصلاحاتِ فراگیر در آینده را میسر سازد. به نظر این نهادها ایجاد تغییراتِ فراگیر در وضعیت فعلی اگر امری ناممکن و غیرقابل اجرا نباشد ولی به‌شدت چالش‌زا و دشوار خواهد بود.
نگرانی بخشی از جامعۀ مدنی کشور که مسایل انتخابات را دنبال می‌کنند، در پذیرش پیشنهادهای کمیسیون ویژۀ اصلاح نظام انتخاباتی از سوی رییس جمهوری است. کمیسیون ویژۀ اصلاح نظام انتخاباتی، یک کمیسیونِ مشوره‌دهنده است و این ویژه‌گی، خطر عدم پذیرش و یا تعدیل پیشنهادهای آن را به وجود می‌آورد.
آن‌گونه که دیده می‌شود، اراده نسبت به تغییرات در نظام انتخاباتی در میان ریاست جمهوری و ریاست اجرایی یک‌سان و واحد نیست و این موضوع می‌تواند در آینده باعث تأخیر و حتا کُنـدی روند کارِ کمیسیون اصلاح نظام انتخاباتی شود. تجربۀ گذشته نشان می‌دهد که ارگ ریاست جمهوری به‌ساده‌گی می‌تواند به مانعِ اجرای اصلاحات در نظام انتخاباتی تبدیل شود.
فراموش نباید کرد که کمیسون فعلی به ساده‌گی به وجود نیامد که انتظار داشت پیشنهادهای آن به‌آسانی پذیرفته و به مرحلۀ اجرا گذاشته شود. همان‌گونه که در ایجاد کمیسیون ویژۀ اصلاح نظام انتخاباتی کارشکنی‌ها و موانع به وجود آمد، به همان شکل می‌تواند در پذیرش و اجرایی کردنِ پیشنهادهای آن هم مشکل‌تراشی و کارشکنی صورت گیرد. مانع اصلی البته در این روند به باور اکثر آگاهان، کمیسیون‌های انتخاباتی می‌تواند باشد که از حمایت حلقاتِ مشخصی در ارگ ریاست جمهوری برخوردار است. کمیسیون‌های انتخاباتی با پشت‌گرمی همین حمایت‌ها چنین صریح و روشن از تقلب‌هایی که صورت داده اند، دفاع می‌کنند و حتا خود را محق می‌دانند که در مورد وضعیت انتخابات کشور ابراز نظر کنند. این پشت‌گرمی از هر جایی که باشد، بدون تردید اثرات ناگواری بر بستۀ پیشنهادی به جا می‌گذارد و حتا سبب خواهد شد که کمیسیون‌های انتخاباتی عملاً در موضع رویارویی با کمیسیون اصلاح نظام انتخاباتی قرار گیرند.
البته یک نگرانی دیگر، هم به عنوان پاشنۀ آشیلِ کمیسیون اصلاحِ نظام انتخاباتی و هم به عنوان یک تهدید بالقوه می‌تواند وجود داشته باشد و آن کناره‌گیری و یا در تقابل قرار گرفتنِ برخی اعضای کمیسیون ویژۀ نظام انتخاباتی در برابرِ پیشنهادها و خواست‌های دیگر اعضای آن است. این مورد یک بار تجربه شده و با وجود آن‌که پیـامدهای ملموسی نداشته، اما به عنوان یک نگرانی همچنان می‌تواند مطرح باشد.