دخالت ریاست جمهوری در کار وزرا تا اندازه‌یی‌ست که حتا از تعیین برخی ماموران‌شان در مرکز و و ولایات خبر نمی‌شوند و برخی‌های‌شان صلاحیت تعیین رییس‌ دفتر و مأموران دفتر خود را ندارند.
برخی آگاهان بابیان این مطلب، ریاست جمهوری را متهم به بر دخالت آشکار در کار برخی وزارتخانه‌ها کرده، می‌گویند: نگاه تمرکزگرایانه، برخورد ‌سلیقه‌یی و دخالت فرا قانونی ریاست جمهوری در کار وزرا، باعث عدم کارایی و ضعف حکومت وحدت ملی در ارایه خدمات عامه و رسیده‌گی به مشکلات مردم شده است.
آنان می‌گویند: گرفتن صلاحیت برخی از وزرا به معنای نادیده گرفتن توازن قدرت است.
آصف اشنا آگاه مسایل سیاسی در مصاحبه با روزنامۀ ماندگار می‌گوید: یکی از دلایل عدم کارایی و ضعف حکومت وحدت ملی در ارایه خدمات‌عامه و رسیده‌گی به امور دولت داری خوب، نوع نگاه تمرکز گرایانۀ ریاست جمهوری به ادارهای دولتی است.
آقای آشنا افزود: تفاوت دیدگاه رییس جمهور اشرف غنی نسبت به دیده آقای کرزی رییس پیشین دولت در قبال مدیریت نهادهای دولتی این است که آقای غنی خود را به عنوان یک « عقل کُل» و دانای تمام امور فرض کرده و در امور کاری اداره‌های دولتی دخالت‌ غیر قانونی می‌کند.
به‌گفتۀ او، وقتی وزرا از پارلمان رای تأیید می‌گیرند، صلاحیت و کار آن‌ها مربوط قوانین می‌شود؛ اما متأسفأنه وقتی وزرا در مرحله اجرا و عمل قرار می‌گیرند، صلاحیت قانونی‌ شان از طرف ریاست جمهوری گرفته می‌شود و مجبور می‌شوند که مطابق خواست و سلیقه رییس جمهور عمل کنند.
این آگاه مسایل سیاسی تصریح کرد: دخالت ریاست جمهوری در کار وزرا به حدی بالا گرفته که حتا از تعیین برخی ماموران‌شان در مرکز و لایات خبر نمی‌شوند و برخی دیگرشان صلاحیت تعیین رییس دفتر خود را ندارند. این اعمال‌سلیقه‌یی و دخالت‌های فرا قانونی ریاست جمهوری در امور کاری اداره‌ها باعث عقیب‌مانی کار این ادارها شده است.
آقای آشنا خاطر نشان کرد: در حال حاضر صدها پُست خالی در برخی وزارتخانه‌ها و نهادهای دولتی وجود دارد؛ اما وزرا به اساس دخالت رییس‌جمهور صلاحیت معرفی کردن و مقرری افراد را در آن پُست‌ها ندارند.
آقای آشنا می‌افزاید: نگاه تمرکزگرایانۀ رییس جمهور غنی، گویا این‌که دولت از مرکز باید اداره شود، جمع و فشرده کردن تمام صلاحیت‌ها در نهادی به نام ریاست جمهوری است و این تمرکز گرایی بیش از حد سبب شده که کار در اداره‌ها عقب بماند و ارایه خدمات به مردم صورت نگیرد.
آقای آشنا با بیان این‌که تبعیض گرایی آقای غنی در مورد وزرا، تمام شهروندان کشور را نگران ساخته است و به این نگرانی شخص رییس‌جمهور باید جواب دهد.
او می‌گوید: حکومت وحدت ملی از آغاز سال تا حال نتوانسته به کار خانه‌گی خود که در توافق‌نامۀ سیاسی تسجیل شده است، رسیده‌گی کند. به گفته او، تخطی از توافق‌نامه سیاسی از طرف ریاست جمهوری، اساس بروز اختلاف میان ریاست اجرایی و ریاست جمهوری شده است.
او گفت: ذهنیتی که منجر به تخطی از توافق‌نامه سیاسی شده، ذهنیت تمامیت خواهانه آقای اشرف غنی است.
آقای آشنا تصریح کرد: بر علاوه مشکل بی‌صلاحیت بودن وزارتخانه‌ها تا چند روز پیش سه نهاد مهم امنیتی از طرف سرپرست‌ها اداره می‌شدند و در حال حاضر اختلاف شدید برسر تعیین افراد در وزارت دفاع و ریاست امنیت ملی، میان ریاست جمهوری و ریاست اجرایی بالا گرفته است.
از سوی دیگر، اشراق حسینی استاد دانشگاه می‌گوید: تشکیل دولت وحدت ملی برخواسته از اراده مردم افغانستان نبوده، بلکه بیرون شده از بستر بحرانی بود که در حاضر در تمام ابعادش شعله‌ور شده است.
آقای حسینی اذعان داشت: حکومت وحدت ملی به عنوان یک راه‌حل دراز مدت نه بلکه کوتاه مدت قابل قبول شده، صلاحیت ندادن و معرفی کردن برخی از وزرا در محور یک بازی است و افرادی که به این بازی تن داده اند، باید پیامدهای آن را تحمل کنند.
به گفتۀ او، راه حل این است که به قانون اساسی و قراردادهای و توافق‌های سیاسی که در میان این افراد وجود دارد عمل شود، در غیر آن صورت ادامه روند به هیچ شهروند این کشور قابل قبول نیست.
این استاد دانشگاه بیان داشت: دادن و گرفتن صلاحیت از برخی وزرا برمی‌خورد به برخورد سلیقه‌یی رییس جمهور غنی. در حکومت وحدت ملی فردی خود را کاملاً دارای صلاحیت تام می‌داند و دیگری را دارای صلاحیت جز که این اختلاف نیست، بلکه عدم توازن قدرت است و افراد پشنهادی برخی وزرا به تعیین ریاست دفتر و … را نمی‌پذیرند، خود را صاحب این پروژه می‌دانند.
این درحالی ست که برخی از منابع می‌گویند که اشرف غنی افراد پشنهاد شد به عنوان رییس دفتر، مشاور و… از طرف برخی از وزرای کابینه را تا هنوز تأیید نکرده است.