شماری از ورزشکاران کشور می‌گویند، مخالفت‌ها میان ریاست تربیت‌بدنی و کمیته ملی المپیک باعث کندی پیشرفت ورزش در افغانستان شده است.
این ورزشکاران به این باورند که مخالفت میان این دو رهبری باعث شده که ورزش در کشور به دو سته تقسیم شود و تعداد ورزشکاران به ریاست تربیت‌بدنی بپیوندند و برخی هم به کمیتۀ ملی المپیک.
بیشتر این ورزشکاران می‌گویند که بعضی از فدراسیون‌های ورزشی هستند که دارای دو رهبری‌اند، یکی آن مربوط ریاست تربیت‌بدنی و دیگر آن مربوط کمیته ملی می‌شود.
ملکه یوسفی و محمود حیدری دو تن از ورزشکاران تیم‌های ملی تکواندو و بایسکل‌رانی دختران به رادیو آزادی گفتند که حکومت باید جلو دو دسته‌گی فدراسیون‌های ورزشی و مخالفت‌ها در ورزش را بگیرد: «دو فدراسیون بایسکل‌رانی وجود دارد که بسیار مشکلات را ایجاد کرده است، باید اختلافات به‌زودی حل شود تا ما به ورزش خود ادامه داده بتوانیم.»
این در حالی‌ست که چندی قبل کمیتۀ ملی المپیک به رهبری ظاهر اغبر بر علیه حکم رییس‌جمهور مبنی بر ایجاد اصلاحات در حل مشکلات در فدراسیون‌های ورزشی و صلاحیت بخشیدن بیشتر به ریاست تربیت‌بدنی، تظاهرات را براه انداخت.
در این حال، ظاهر اغبر رییس کمیتۀ ملی المپیک افغانستان می‌گوید، هیچ نوع اختلافات میان دو رهبری ورزش وجود ندارد، اما او می‌گوید، فدراسیون‌های که مربوط کمیتۀ المپیک افغانستان می‌شوند، مستقل بوده و ریاست تربیت‌بدنی صلاحیت تطبیق حکم را بالای آن‌ها ندارد. آقای اغیر گفت: «من فکر می‌کنم که چنین فدراسیون‌ها در تربیت‌بدنی وجود ندارد، چون سمت‌وسو دهندۀ فدراسیون‌ها ادارات تربیت‌بدنی نیست، بلکه کمک کننده است، من امیدوار هستم که قوانین بین‌المللی رعایت شود و فدراسیون‌های که به دو پارچه‌گی تبدیل شدند، مشکلات‌شان حل شده و یک تعداد افرادی‌که خود را به عنوان فدراسیون کاندید می‌کنند، در سازمان جهانی و پیش ما رسمیت ندارد، بلکه کار شخصی خودشان است.»
در این حال روزنامۀ نیویارک تایمز در گزارشی به ۴۵۰هزار دالر کمک سفارت امریکا در کابل به تیم کرکت زنان اشاره می‌کند که مقام‌های امریکایی این پول را بعد از آن پس گرفتند که پی بردند که اصلاً تیمی به این مشخصات وجود ندارد.
از سویی دیگر، عارف پیمان سخنگوی ریاست تربیت‌بدنی نیز می‌گوید که اختلافات میان این دو رهبری ورزش وجود ندارد، اما می‌گوید که این ریاست هیچ‌گونه فدراسیون که دارای دو رهبری باشد را نمی‌پذیرد.
آقای عارف اظهار داشت: «برای فعلاً به صراحت می‌گویم که میان ورزشکاران کشور هیچ نوع اختلافاتی وجود ندارد، حکم رییس‌جمهور، ریاست تربیت‌بدنی و سپورت را مکلف ساخته تا فعالیت فدراسیون‌های را که موجه هستند در حالت تعلیق قرار بدهیم، این حکم بر تمام فدراسیون‌ها ابلاغ شده و ریاست تربیت‌بدنی و سپورت هیچ فدراسیون موازی را نمی‌پذیرد.»
در عین حال، ریاست جمهوری از ابراز نظر در این مورد خود داری کرد.
این در حالی‌ست که ورزشکاران، شهروندان و نهادهای ورزشی در کشور همواره از وجود فساد و مخالفت‌ها در بخش‌های ورزشی کشور شکایت کرده‌اند، اما سوالی که تا به حال از سوی حکومت به آن پاسخ ارایه نشده است این است که چرا ریاست جمهوری در قبال این مخالفت‌ها خاموش است و اقدام جدی و عملی انجام نمی‌دهد؟