رمان مسخ از آن‌جایی آغاز می‌شود که گره‌گوار سامسا از خواب آشفته‌یی می‌پرد و خود را در حالتی می‌یابد که به حشره‌یی تمام‌عیار تبدیل شده است. گره‌گوار آشفته و پریشان از ظاهر وحشت‌ناکِ خود به اطراف نگاه می‌کند تا از حقیقت داشتن آن‌چه که رخ داده، اطمینان کسب کند. او در حالی که به علت جثۀ سنگینش به‌سختی می‌توانست تکان بخورد، به شغل اجباری‌اش می‌اندیشد. به این‌که هر روز می‌بایست به علت قرض سنگین خانواده‌اش کار بکند و زنده‌گی‌شان را بچرخاند. این کار سنگین همیشه مانع از آن می‌شد که گره‌گوار بتواند دوستی داشته باشد و او را بیش از پیش در انزوا می‌کشید. «اگر پای بند خویشانم نبودم، مدت‌ها بود که استعفای خودم را داده بودم.»
مادر گره‌گوار به او یادآوری می‌کند که می‌بایست هر چه سریع‌تر سر کار برود. او همین که سعی می‌کند پاسخ مادرش را بدهد، متوجه می‌شود که صدایش تغییر کرده. با زحمت بسیار می‌کوشد که از روی تخت پایین بیاید. در همین حال، معاون گره‌گوار از راه می‌رسد تا علت تأخیر او را جویا شود. «چرا باید محکوم به خدمت در تجارت‌خانه‌یی باشد که در آن‌جا کوچک‌ترین غفلت کارمند، موجب بدترین سوءظن دربارۀ او می‌شود؟ آیا همۀ کارمندان بی‌استثنا دغل بودند؟»
گره‌گوار در را به سختی باز می‌کند و با دیدن او، همه وحشت‌زده هر یک به سمتی می‌گریزند. پدرش سعی می‌کند گره‌گوار را وادار کند که به اتاقش بازگردد و با این کار باعث می‌شود که گره‌گوار قدری زخمی شود. گره‌گوار در حالی که بسیار خسته بود، به خواب می‌رود.
هنگامی که از خواب برمی‌خیزد، متوجه می‌شود که در گوشۀ اتاق کاسه‌یی شیر و تکه‌یی نان قرار گرفته است. او می‌فهمد که به هیچ‌وجه از مزۀ شیر خوشش نمی‌آید در حالی که در گذشته یکی از غذاهای مورد علاقه‌اش بود. روز بعد خواهرش، گرت، به آرامی وارد اتاق می‌شود و شیر دست نخورده را با آشغال سبزیجات گندیده جابه‌جا می‌کند. این بار گره‌گوار با اشتهای زیاد همه را می‌خورد! گرت نسبت به دیگر اعضای خانواده با ظاهر وحشتناک گره‌گوار راحت‌تر کنار آمده است. پس از این اتفاق تنها گرت است که وظیفۀ غذا دادن به گره‌گوار را پذیرفته.
بعد از مدتی گره‌گوار بیش از پیش با اندام تغییریافته‌اش احساس راحتی می‌کند. بالا رفتن از دیوار و سقف یکی از تفریحات ویژۀ او می‌شود و ترجیح می‌دهد که ساعت‌ها زیر مبل قرار بگیرد و از روشنایی فرار کند. گرت که متوجه این تغییر روحیه در گره‌گوار شده، از مادرش می‌خواهد که با کمک یک‌دیگر وسایل داخل اتاق را بیرون ببرند. این کار باعث عصبانی شدن گره‌گوار می‌شود و او خود را دیوانه‌وار به قاب عکس روی دیوار آویزان می‌کند و از اتاق بیرون می‌جهد. در همین حال پدر که به علت شرایط مادی مجبور به کار کردن بود، خسته از سر کار باز می‌گردد و چشمش به گره‌گوار می‌افتد که دیوانه‌وار در سالن می‌چرخید. شروع می‌کند به پرتاب کردن سیب به سمت گره‌گوار تا او را وادار کند که به سمت اتاقش برود. سیبی در پشت گره گوار فرو رفته و او از درد به اتاقش پناه می‌برد.
داستان غم‌انگیز زنده‌گی گره‌گوار سامسا حاکی از این بیگانه‌گی با هنجارهاست. گویی او خود می‌خواهد که بین تابعیت محض از اجتماع و مسخ شدن، مسخ شدن را برگزیند. در نتیجه می‌توان گفت که مسخ شدن گره‌گوار، نوعی فرار از واقعیت حاکم است.
خانوادۀ گره‌گوار پس از مدتی در اتاق او را نیمه‌باز می‌گذاشتند تا او بتواند آن‌ها را ببیند. شرایط خانواده پس از مدتی به شدت تغییر می‌کند و این تغییرات را گره‌گوار بهتر از هر کس دیگری می‌تواند درک کند. گرت کمتر به گره‌گوار سر می‌زند و به ظاهر او را فراموش کرده است. خانوادۀ گره‌گوار برای چیره شدن بر فقر خود مجبور می‌شوند که سه اتاق از خانه‌شان را به مستأجر بدهند. یک بار که اتفاقاً در اتاق باز مانده بود و گرت در حال نواختن ویالون برای مستأجران بود، گره‌گوار متوجه علاقۀ بیش از حدش به موسیقی می‌شد. به طوری که به یاد نداشت که پیش از این تا این حد به صدای موسیقی واکنش نشان دهد. «حس می‌کرد که راه تازه‌یی جلویش باز شده و او را به سوی خوراک ناشناسی که به شدت آرزویش را داشت، راهنمایی می‌نمود.» در حالی که هنوز در اتاق گره‌گوار باز بود، گرت خطاب به پدر و مادرش می‌گوید که می‌بایست از دست گره‌گوار راحت شوند یا این‌که از بین خواهند رفت. گره‌گوار هنگامی که متوجه می‌شود که در آن خانه تنها سرباری‌ست برای دیگران و از طرفی به خاطر این‌که مدتی بود که نتوانسته بود غذایی بخورد، از غم و غصه همان شب می‌میرد.
داستان مسخ کافکا نشان تنهایی انسان معاصر است. انسانی که نخواهد تابع بی‌چون‌و‌چرای جامعه و هنجارهای حاکم بر فرهنگ باشد، برچسب کجروی بر او می‌زنند. داستان غم‌انگیز زنده‌گی گره‌گوار سامسا حاکی از این بیگانه‌گی با هنجارهاست. گویی او خود می‌خواهد که بین تابعیت محض از اجتماع و مسخ شدن، مسخ شدن را برگزیند. در نتیجه می‌توان گفت که مسخ شدن گره‌گوار نوعی فرار از واقعیت حاکم است. سرانجام همان‌طور که علاقۀ بیش از حد گره‌گوار به موسیقی و به‌طور عام هنر نشان می‌دهد، او کاملاً خود را از جهان مادی خلاص کرده است. گره‌گوار تنها زمانی توانست از شنیدن موسیقی لذت ببرد و نفس واقعی خود را دریابد که از اجتماع و قراردادهای آن گریخت و به معنای دیگر مسخ شد.
در یکی از صحنه‌ها که پدر گره‌گوار به سمتش سیب پرت می‌کند تا او را به اتاق خود براند را، می‌توان کنایه‌یی از گناه حضرت آدم و رانده شدن او از بهشت دانست. گره‌گوار هنجارشکنی کرده بود و می‌بایست از بهشت اجتماع رانده شود.
از طرفی می‌توان گفت مسخ شدن گره‌گوار باعث شد که تنها ظاهر او تغییر کند، ولی شیوۀ تفکر او بدون تغییر باقی ماند. هرچند او پس از مدتی شروع به بالا رفتن از دیوار می‌کند و بیشتر سعی می‌کند که در تاریکی باشد تا روشنایی، اما هنگامی که مادر و خواهرش می‌کوشند که وسایل اتاقش را بیرون ببرند، با مقاومت شدید او رو‌به‌رو می‌شوند. او دیوانه‌وار به تابلوی روی دیوارش چنگ می‌زند و سعی می‌کند که وسایلی که مربوط به گذشتۀ انسان بودنش است را حفظ کند. این تعارض تا آخر داستان باقی می‌ماند.
ولادیمیر ناباکوف در مورد این داستان گفته است: «اگر کسی”مسخ” کافکا را چیزی بیش از یک خیال‌پردازیِ حشره‌شناسانه بداند، به او تبریک می‌گویم، چون به صف خواننده‌گان خوب و بزرگ پیوسته است.»