وزارت‌خانه‎های تحصیلات عالی، آموزش و پرورش، کار و امور اجتماعی، ترانسپورت و هوانوردی، مخابرات و تکنالوژی معلوماتی، فواید عامه، امور خارجه، سرحدات و قبایل و معادن توسط سرپرستان اداره می‌شود.
شماری از وزرا ظاهراً به دلیل مصرف‌نکردن بودجه توسعه‌یی وزرات‌خانه‎های مربوط‌ از سمت‌های شان برکنار شدند و شمار دیگر، به دلایل نامعلوم از سمت‌های‌شان کنار رفته‌اند.
هم‌چنان، برخی از اداره‎های مستقل دولتی نیز توسط سرپرستان اداره می‌شود. کمیسیون مستقل اصلاحات اداری و خدمات ملکی، اداره مستقل ارگان‌های محلی و شهرداری کابل نیز از ماه‌ها بدین‌سو توسط سرپرستان اداره می‌شود.
در سطوح متوسط مدیریتی نیز ده‌ها و صدها تن سرپرست هستند. بخش عمده‌یی از ریاست‌ها و معینیت‌ها توسط سرپرستان اداره می‌شود و یا پُست‌ها خالی می‌باشد.
مجلس نماینده‌گان هُشدار داده است که تا وزیران جدید معرفی نگردد، رابطه حکومت و مجلس بهبود نخواهد یافت.
نماینده‌گان مجلس هم‌چنان هُشدار داده‌اند که تا نامزد وزیران به مجلس معرفی نگردند، بودجه سال مالی ۱۳۹۶ را پاس نخواهند کرد. مجلس تخصیص بودجه را به اداره‌ها و ولایت‌های کشور نامتوازن و غیر عادلانه خوانده است.
حکومت افغانستان مسأله رد صلاحیت‌شدن وزیران را از سوی مجلس به دادگاه عالی محول کرده است. رهبری حکومت دلایل رد صلاحیت این وزرا را ناموجه خوانده است؛ اما مجلس مدعی است که وزیران به دلیل کم‌کاری و غفلت در بودجه توسعه‌ای‌ از سمت‌های‌شان عزل گردیدند.
حکومت این مسأله را غرض تفسیر به دادگاه عالی فرستاده است. اما روزهاست از دادگاه عالی در این خصوص صدایی نمی‌برآید. هرچند در روزهای پسین گزارش‌هایی منتشر شد که حکومت پرونده وزرای سلب صلاحیت شده را اصلاً به دادگاه عالی نفرستاده است.
برخی ناظران معتقد هستند که دادگاه عالی از استقلالیت لازم برخوردار نیست؛ رییس و اعضای دادگاه عالی زیر تأثیر رییس‌جمهوری قرار دارند و بنابراین، هر تصمیمی‌که رییس‌جمهوری در این زمینه داشته باشد، مورد قبول اعضای دادگاه قرار می‌گیرد. سکوت دادگاه علی در این مورد نیز پرسش برانگیز است.
با این حال، دیده می‌شود که یک بدنه کلان و تأثیرگذار نهادهای مهم حکومتی از سوی سرپرستان اداره می‌شود. تداوم مدیریت نهادها توسط سرپرست وزیران چند پیامد می‌تواند داشته باشد:
نخست: نهادهایی‌که توسط سرپرستان اداره و مدیریت می‌شود، در بلاتکلیفی محض قرار دارند. سرپرستان بر بنیاد قانون اجازه عزل و نصب و تصمیم‌گیری در مسایل اساسی و کلان نهادها را ندارند.
دوم: سرپرستان به دلیل این‌که کارشان مؤقتی است و مصونیت کاری ندارند، در برابر مردم و دولت احساس مسوولیت و تکلیف نمی‌کنند.
سوم: در اداره‌هایی‌که توسط سرپرست هدایت می‌شود، سوء استفاده‌های مالی و اداری افزایش می‌یابد. از خود سرپرستان گرفته تا پایین‌ترین مأموران به دنبال استفاده از خلاء به وجود می‌برایند و بنابراین، فساد به‌گونه قابل توجهی افزایش می‌یابد.
چهارم: اداره‌ها در راستای اهداف و وظایف خویش به‌گونه شاید و باید نمی‌توانند عمل کنند.
پنجم: با وجود سرپرستان، میزان بازدهی، کارآیی و موثریت اداره‌ها به‌گونه قابل توجهی کاهش می‌یابد.
به رغم چالش‌های ذکر شده حکومت در معرفی نامزد وزیران با چالش‌های بزرگی روبرو است.
از یک‌سو با گذشت دو و نیم سال از عمر حکومت وحدت ملی، رهبران حکومت هنوزهم بر سر تقسیم کرسی‌های دولتی کنار نیامده‌اند. عمده‌ترین عامل معرفی ‌نشدن وزیران تازه اختلافات بنیادین عبدالله و غنی می‌باشد. رییس‌جمهوری و رییس اجرایی در کنار مشکلات بیرون‌تیمی، در درون تیم خویش نیز با دشواری‌هایی مواجه هستند. در هر دو تیم اصلاحات و همگرایی و تحول و تداوم چهره‌ها و گروه‌هایی قرار دارند که به افزون‌طلبی شهره هستند. این چهره‌ها و گروه‌ها تلاش می‌ورزند بیشترین سهم را از نهادهای دولتی داشته باشند. رهبران حکومت به‌دلیل پایگاه قوی اجتماعی- اقتصادی این مهره‌ها، نمی‌توانند از کنار آنان به ساده‌گی بگذرند.
با توجه به موارد ذکره شده حکومت افغانستان باید هرچه زودتر پیش از آن‌که نهادهای حکومتی بیشتر از پیش با تشتت و پراکندگی مواجه شوند- به انتخاب و معرفی نامزد وزیران تازه به مجلس بپردازد.
لازم است در معرفی نامزد وزیران اصل شایسته‌گی، تخصص، تعهد و تجربه مقدم‌تر از مسایل قومی، زبانی، منطقه‌یی و سیاسی قرار گیرد.
افغانستان ظرفیت‌ها و کادرهایی دارد که به دلیل نبودن در یکی از صفوف قومی، زبانی، سمتی، منطقه‌یی و مذهبی از رسیدن به کرسی‌های حکومتی باز مانده‌اند.