وزارت معارف و اعضای مجلس، اتهام تروریست‌پروری مکاتب افغان- ترک را بی‌اساس خوانده و گفته‎‌اند که نباید این مکاتب قربانی مصلحت‌های سیاسی شود.
پس از کودتای نافرجام در ترکیه، دولت این کشور همراه با پاک‌سازی گسترده در ادارات ترکیه به مسدود ساختن ۹۰۰ مکتب و بیش از ۳۰ دانشگاه منسوب به جنبش فتح الله گولن در کشورهای مختلف جهان اقدام نمود.
دولت ترکیه، آقای گولن و نهادهای منسوب به وی را تروریست پرور خطاب کرده از حکومت افغانستان نیز خواسته است که به دلیل آنچه تروریست پروری درسلسله مکاتب افغان- ترکِ منسوب به فتح الله گولن در افغانستان خوانده می‌شود اداره این مکاتب را به حکومت ترکیه واگذار کند.
در پیوند به این مساله «بنیاد وقف» نهادی نزدیک به حکومت ترکیه نیز متعهد شده بود که درصورت واگذاری اداره سلسله مکاتب افغان- ترک به این بنیاد، تعداد این مکاتب را از ۱۶ باب به ۳۲ باب افزایش داده، حدود۵ میلیون دالر برای توسعه آنها هزینه کرده و در فیس پرداختی شاگردان نیز تخفیف ۲۰ در صدی اعمال خواهد کرد.
بر همین اساس رییس جمهور افغانستان حکمی را صادر نمود که بر مبنای آن کمیته ای، چگونگی واگذاری اداره مکاتب افغان- ترک به حکومت ترکیه را مورد بررسی قرار دهد.
اما صدور این حکم از سوی رییس جمهور با واکنش‌های گسترده اعضای مجلس نماینده‌گان افغانستان مواجه شد، طوری‌که برخی آن ‌را مطابق به منافع ملی خوانده و برخی دیگر واگذاری اداره مکاتب افغان- ترک به دولت ترکیه را اقدام غیر قانونی و جفایی در حق دانش آموزان این مکاتب عنوان نمودند.
در همین حال، شماری از نمایندگان مجلس، شورای سراسری والدین این مکاتب و برخی از چهره‌های سیاسی افغانستان واگذاری مدیریت این مکاتب به حکومت ترکیه را اقدامی خلاف منافع ملی افغانستان دانسته خواستار عدم واگذاری مدیریت آنها به حکومت این کشورشده اند.
کمال ناصر اصولی رییس کمیسیون معارف مجلس نمایندگان روز دوشنبه (۲۷ سنبله) در مراسم تقدیر از ۱۷۱ تن دانش آموزان مدال آور این مکاتب از المپیادهای بین المللی در کابل گفت که مخالفت با مکاتب افغان- ترک بازی با سرنوشت دانش آموزان این مکاتب بوده و جفایی بزرگی در حق آنان و ملت افغانستان محسوب می‌شود. وی از سیاسیون افغانستان خواست که سلسله مکاتب افغان- ترک را قربانی مصلحت‌ها و اهداف سیاسی شان نکرده و از واگذاری مدیریت این مکاتب به حکومت ترکیه بپرهیزند.
امان الله پیمان عضو دیگر مجلس نمایندگان نیز بیان داشت که کسانی که با فعالیت این مکاتب مخالفت می‌کنند افرادی اند که سرمایه‌های مردم را به غارت برده و در کشور ترکیه جابجا کرده اند.
وی افزود که حکومت افغانستان باید با پایدار نگه داشتن فعالیت این مکاتب سرنوشت بیش از ۸ هزار دانش آموز را تضمین نمایند.
از سوی دیگر، محمد یوسف پشتون مشاور رییس جمهور و رییس شورای سراسری والدین مکاتب افغان-ترک در این مراسم بیان داشت که اتهام تروریست پرور خواندن مکاتب افغان- ترک یک اتهام بی اساس بوده وکوچکترین سندی در این باره وجود ندارد.
چندی پیش آژانس توسعه و همکاری جهان ترک (تیکا) «نهادی نزدیک به دولت ترکیه» نیز فعالیت مکاتب افغان- ترک را دارای ماهیت تروریستی خوانده خواستار بسته شدن این مکاتب از سوی حکومت افغانستان شده بود.
اما رییس شورای سراسری والدین این مکاتب تاکید می‌کند که تاکنون هیچ تخلفی از فعالیت این مکاتب به ثبت نرسیده وادعاها مبنی تروریست پرور خواندن مکاتب افغان- ترک جفای بزرگی در حق دانش آموزان و آموزگاران این مکاتب شمرده می‌شود.
آقای پشتون از روئسای حکومت و سیاسیون خواست که از دانش آموزان سلسله مکاتب افغان – ترک در کشور حمایت نموده و از هر گونه خلل احتمالی در نحوه فعالیت آنها جلوگیری کنند.
رییس شورای سراسری والدین مکاتب افغان- ترک تصریح نمود که تاکنون حدود یک میلیون امضا به حمایت از سر پا نگه داشتن این مکاتب از سراسر کشور جمع آوری شده که بر این اساس سلسله مکاتب افغان – ترک همچنان سرپا نگه داشته خواهد شد.
از سوی دیگر داکتر شفیق صمیم معین وزارت معارف در این مراسم بیان داشت که مکاتب افغان- ترک، جزئی از مکاتب برتر افغانستان محسوب می‌شوند که تاکنون هیچ گونه خلل و تخلفی از آنها به ثبت نرسیده است.
وی تروریست پرور خوانده شدن این مکاتب را ادعای بی‌اساس خوانده واز رهبران حکومت نیز خواست که از هرگونه خلل احتمالی در فعالیت این مکاتب جلوگیری کنند.