حکومت برخورد دوگانه با کمیسیون‌های داشته و باور دارد که کمیسیون شکایات انتخاباتی در مسایل انتخابات نقش کلیدی ندارد و بیشترین تمرکز و توجه را نسبت به کمیسیون مستقل انتخابات دارد.
شماری از نهادهای مدنی و نهادهای ناظر بر انتخابات می‌گویند: حکومت نسبت به کمیسیون شکایات انتخاباتی کمترین توجه را دارد، در حالی‌که این کمیسیون آخرین مرجع برای رسیده‌گی به تخلفات انتخاباتی و حل منازعات انتخاباتی می‌باشد.
به باور آنان: اگر این بار انتخابات با تقلب و تخلف صدمه ببیند، بدون شک افغانستان به طرف سیستم‌های کهنه و قبیله‌گرایانه خواهد رفت که در این صورت مهار بحران بسیار مشکل و غیرممکن خواهد بود.
این واکنش‌ها در پی اظهارات اخیر رییس کمیسیون شکایات انتخاباتی ابراز می‌شود.
رییس کمیسیون شکایت‌های انتخاباتی اعلام کرد که در صورت برکنارنشدن عاملان تقلب و عدم تحقق اصلاحات در کمیسیون انتخابات تا ماه آینده از سمت خود کناره‌گیری خواهد کرد.
عبدالعزیز آریایی رییس کمیسیون شکایت‌های انتخاباتی گفته که با وجود گذشت زمان هنوز هم کسانی که در تقلب انتخابات گذشته دست داشتند به کار در کمیسون‌های انتخاباتی ادامه می‌دهند.
وی به حکومت وحدت ملی هشدار داد که در صورت عدم تحقق اصلاحات در کمیسیون‌های انتخاباتی افغانستان از سمتش کناره گیری خواهد کرد.
رییس کمیسیون شکایت‌های انتخاباتی با اشاره به عدم برکناری عاملان تقلب انتخابات گذشته افغانستان گفت: اگر این موضوع را با دولت افغانستان تا ماه آینده حل و فصل نکنم به ضعف مدیریتی خود اعتراف کرده و از سمت خود استعفا خواهم کرد.
یوسف رشید رییس فیفا یا بنیاد انتخابات آزاد و عادلانه افغانستان می‌گوید: اظهارات اخیر رییس کمیسیون شکایات انتخاباتی نشان می‌دهد که حکومت مانند گذشته توجه چندانی به کمیسیون شکایات ندارد.
رشید تاکید دارد که در گذشته نیز توجه لازم نسبت به کمیسیون شکایات وجود داشت و این کمیسیون به عنوان یک کمیسیون کلیدی مطرح نبود و متاسفانه اکنون هم این کمیسیون به عنوان یک نهاد کلیدی برای رسیده‌گی به شکایات انتخاباتی مطرح نیست.
وی افزود: بیشترین تمرکز و توجه نسبت به کمیسیون مستقل انتخابات است؛ اما متاسفانه کمترین توجه نسبت به کمیسیون شکایات انتخاباتی صورت می‌گیرد، در حالی‌که این کمیسیون آخرین مرجع برای رسیده‌گی به تخلفات انتخاباتی و حل منازعات انتخاباتی می‌باشد.
به گفته رشید: حکومت برخورد دوگانه با کمیسیون شکایات انتخاباتی دارد که متاسفانه این برخورد دوگانه در گذشته نیز وجود داشت، زیرا این کمیسیون در مسایل شفافیت انتخابات نقش کلیدی دارد.
اما او باور دارد که دادن صلاحیت شناسایی جرایم انتخاباتی از جمله موارد بسیار مهم است که به این کمیسیون داده شد؛ بنابراین وضعیت کمیسیون شکایات نسبت به گذشته بهتر شود و مسوولان این کمیسیون باید از این فرصت استفاده خوبی کنند.
وی گفت: اما اگر مسوولان این کمیسیون از این فرصت خوب استفاده درست نتوانند، بدون شک نشان‌دهنده ضعف، ناتوانایی و عدم مدیریت آنان خواهد بود.
با این حال، عزیز رفیعی رییس مجتمع جامعه مدنی افغانستان می‌گوید: متاسفانه هردو کمیسیون ضعف‌ها و چالش‌های فراوان دارد و اگر این وضعیت دوام پیدا کند و مشکلات کمیسیون‌های انتخاباتی حل نشود، حکومت مشروعیت خود را از دست خواهد داد.
رفیعی تاکید دارد که حکومت افغانستان و کمیسیون‌های انتخاباتی باید متوجه وضعیت بحرانی کشور باشند که اگر این بار دموکراسی مشروعیت خود را از دست بدهد، ما در یک بن بست بسیار خطرناک قرار خواهیم گرفت.
به گفته او: اگر این بار دموکراسی و انتخابات با تقلب و تخلف صدمه ببیند، بدون شک افغانستان به طرف سیستم‌های کهنه و قبیله‌گرایانه خواهد رفت که در این صورت مهار بحران بسیار مشکل و غیر ممکن خواهد بود.
وی افزود: اگر انتخابات و دموکراسی صدمه ببیند، ما نظام متمدن را از دست خواهیم داد و به سمت یک رژیم دیکتاتوری قبلیه‌گرایانه و فرسوده خواهیم رفت.
رفیعی می‌گوید: بدون شک مشکلاتی که در درون هردو کمیسیون وجود دارد، قانون اساسی، نظام فعلی و دموکراسی در افغانستان را تهدید می‌کند؛ بنابراین حکومت باید این مشکلات را جدی گرفته و به آن توجه کند.
این در حالی است که اخیرا احزاب سیاسی، نمایندگان مجلس و نهادهای ناظر بر انتخابات افغانستان نیز نسبت به عمل‌کرد کمیسیون انتخابات، مداخله حکومت و نبود عزم جدی برای برگزاری انتخابات پارلمانی و شورای ولسوالی‎ها ابراز نگرانی‌ کرده‌اند.
از سوی دیگر به تازگی، احزاب منتقد حکومت وحدت ملی با تشکیل شورایی تحت عنوان «شورای تفاهم جریان‌های سیاسی» افغانستان خواستار تحقق اصلاحات اساسی و یا منحل شدن کمیسیون انتخابات افغانستان شده‌اند.
با وجود اینکه یکی از تعهدات اساسی حکومت وحدت ملی تحقق اصلاحات در کمیسیون انتخابات و نظام انتخاباتی در این کشور است؛ اما با گذشت سه سال از تشکیل این حکومت افرادی که به تقلب متهم هستند در کمیسیون شکایت‌های انتخاباتی به کار خود ادامه می‌دهند.