ملا برادر معاون ملا محمد عمر، در ماه دلو ۱۳۸۸ در کراچی پاکستان به دست نیروهای پاکستانی و در حضور افراد دستگاه استخباراتی امریکا (سیا) دستگیر گردید.
از آن به بعد اطلاعات بسیار اندکی در مورد سرنوشت وی در زندان پاکستان در رسانه‌ها منعکس گردیده است. اکنون یکی از افراد نزدیک به طالبان به خبرگزاری بست باستان گفته است که آن‌ها در مورد سرنوشت وی سخت نگران اند. به گفتۀ این منبع، از حدود پنج ماه بدینسو هیچ اطلاعی از سرنوشت وی در دست نیست و مقامات زندان کراچی از دادن هرگونه اطلاع در مورد سرنوشت وی به اعضای خانواده‌اش نیز خودداری می‌کنند.
این منبع گفت که تا چندماه قبل با دادن پول به بعضی از محافظلت زندان و افراد متنفذ در دستگاه پولیس کراچی، لااقل می‌توانستند از زنده بودن وی اطمینان حاصل کنند، اما از چند ماه به این طرف هیچکس اطلاع موثقی در مورد سرنوشت وی نمی‌دهد و این مساله موجب این نگرانی شده است که شاید وی دیگر زنده نباشد.
حکومت افغانستان چندین بار از پاکستان تقاضای آزادی ملابرادر را نمود که از جانب دولت پاکستان رد گردید. چندی قبل یک دیپلومات پاکستانی در اروپا در واکنش به این خواست حکومت افغانستان گفته بود که پاکستان نمی‌تواند ملابرادر را زنده کند.
دولت افغانستان به این باور است که آزادی ملابرادر می‌تواند به روند صلح در افغانستان کمک کند. چندی قبل شایعاتی هم منتشر شد که هیأتی از جانب حکومت افغانستان با ملابرادر در زندان پاکستان ملاقات کرده است اما بعدا این شایعات رد شد.
اگر خبر کشته شدن ملابرادر تائید گردد، او سومین شخص مهم در تحریک طالبان است که در زندان پاکستان به قتل می‌رسد. قبل از وی ملا عبیدالله وزیر دفاع طالبان و استاد یاسر مسوول کمیتۀ دعوت طالبان نیز در زندان پاکستان به قتل رسیده بودند.