مسوولان در وزارت تحصیلات عالی می‌گویند که فعالیت دانشگاه اسلامی مربوط به حزب اسلامی شاخۀ غیر رسمی گلبدین حکمتیار غیر قانونی است.
محمد امیر کامه‌وال، رییس دانشگاه‌های خصوصی وزارت تحصیلات عالی به روزنامۀ ماندگار می‌گوید که دانشگاه اسلامی تا هنوز جواز فعالیت خود را از این وزارت نگرفته است.
همزمان با این، مسوولان در «پوهنتون اسلامی» می‌گویند که حکم فعالیت شان را از سوی محمداشرف غنی دریافت کرده اند.
آقای کامه‌وال می‌گوید که فهرست دانشگاه‌های فانونی در تارنمای انترنتی این وزارت موجود است و غیر از این دانشگاه‌ها، هر دانشگاه دیگری اگر فعالیت داشته باشد، غیرقانونی است.
اما مشاهدات روزنامۀ ماندگار نشان می‌دهد که «پوهنتون اسلامی» در فهرست تارنمای انترنتی دانشگاه‌های خصوصی ثبت شده در وزارت تحصیلات عالی وجود ندارد.
آقای کامه‌وال می‌گوید که روند ثبتِ دانشگاه اسلامی در وزارت تحصیلات عالی جریان دارد، اما اجازۀ جذب دانشجو به این دانشگاه داده نشده است.
به گفتۀ این مقام وزارت تحصیلات عالی: «اگر دانشگاه اسلامی دانشجو جذب کند و پیش از به دست آوردن جواز به فعالیت و نشر اشتهارات بپردازد، این کار غیر قانونی است و در آن صورت وزارت تحصیلات عالی روند گرفتن جواز این دانشگاه را به تأخیر خواهد انداخت.»
او می‌افزاید که هیچ دانشگاهی حق ندارد پیش از به دست آوردن جواز رسمی، فعالیت‌اش را آغاز کند. آقای کامه‌وال بیان داشت: وزارت تحصیلات عالی در تفاهم‌نامه‌یی که با مسوولان «پوهنتون اسلامی» امضا کرده اند، به شکل روشن تصریح شده تا زمانی که روند گرفتن جواز فعالیت نهایی نشود، حق جذب دانشجو و پخش و نشر اعلانات را ندارند.
رییس دانشگاه‌های خصوصی همچنان اظهار داشت که شکایت‌هایی از سوی دانشجویان این دانشگاه به وزارت تحصیلات عالی نیز رسیده است.
در عین حال، مسوولان در دانشگاه اسلامی به روزنامۀ ماندگار می‌گویند که این دانشگاه فعال است و در رشته‌های ستوماتولوژی، داروسازی و پزشکی دانشجو دارند.
قدرت الله، مسوول ارتباطات دانشگاه اسلامی می‌گوید که در این سه دانشکده بیش از ۲۴۰۰ تن دانشجو دارند و تا ترمِ پنجم درس نیز خوانده اند.
آقای قدرت الله می‌افزاید که تا هنوز جواز فعالیت نگرفته اند، اما تلاش دارند که «به زودترین فرصت» جواز کارشان را از وزارت تحصیلات عالی به دست آورند.
او می‌گوید که از طرف محمداشرف غنی حکمِ فعالیت دانشگاه اسلامی را گرفته اند و این حکم در سایت دانشگاه‌ هم نشر شده است.
این در حالی است که در قانون وزارت تحصیلات عالی آمده است که تمام دانشگاه‌ها و موسسات تحصیلات عالی تنها از وزارت تحصیلات عالی می‌توانند جواز فعالیت بگیرند.
از سویی هم، برخی از دانشجویان دانشگاه اسلامی به روزنامۀ ماندگار می‌گویند که دانشگاه اسلامی پیش از این‌که جواز فعالیت بگیرد، به فعالیت آغاز کرده است و دانشجو جذب کرده است.
آنان که نمی‌خواهند در این گزارش نام‌شان گرفته شود، می‌گویند که سرنوشت دانشجویان این دانشگاه در حالت سردرگمی قرار دارد و از این بابت نگرانی دارند.
پیش از این، نجیب الله خواجه عمری، وزیر تحصیلات عالی نیز گفته بود که این وزارت جوازی برای دانشگاه اسلامی صادر نکرده و فعالیت این دانشگاه را غیر قانونی دانسته است.
ریاست دانشگاه‌های خصوصی وزارت تحصیلات عالی به تاریخ ۱۱ سنبله نیز با نشر خبرنامه‌یی گفته بود که مدارک دانشگاه اسلامی تنها در نهادهای مسوول تحت مطالعه قرار دارد و هیچگونه اجازه‌نامه‌یی تحت نام «پوهنتون اسلامی» صادر نشده است.
گفتنی است که پیش از این نیز برخی از دانشگاه‌ها و موسسسات تحصیلات عالی بدون دریافت جواز در کابل و برخی از ولایت‌های دیگر به فعالیت پرداخته‌اند. آگاهان باور دارند که در برخی این دانشگاه‌ها، افراد تندرو تربیه می‌شود و از این طریق کارهای استخباراتی برای کشورهای بیرونی صورت می‌گیرد.
در حال حاضر، افزون بر ۳۴ دانشگاه دولتی، ۸۲ موسسه یا دانشگاه خصوصی در کشور به گونۀ قانونی فعالیت دارند. در این نهادها بیش از ۳۵۰ هزار دانشجو مشغول فراگیری آموزش هستند.