یکی از رایج‌ترین انتقاداتی که همواره به فمینیسم وارد شده، این است که این جریان در مقابل علم قرار دارد. پیش‌فرضِ موجود در این انتقاد این است که جنسیت مبنایی علمی دارد و به پرسش کشیدنِ آن در واقع قرار گرفتن در مقابل علم است. سایت‌ها و منابع علمی پُر از گزارش‌ها و مطالعاتی اند که نشان‌دهندۀ وجود تفاوت‌هایی در روند تکاملی زنان و مردان هستند. بسیاری از مجلات که برخی از آنان عناوین علمی و اکادمیک را به همراه دارند در مورد این‌که مردان در ریاضی موفق‌ترند، زنان احساساتی‌تر هستند، تفاوت‌های مغزی و کارکردیِ مغز در زنان و مردان وجود دارد… مطلب می‌نویسند.
بدیهی‌ست برای یک خواننده که خارج از یکی از دو حوزۀ علوم اجتماعی و علوم زیستی باشد، چنین مباحثی عموماً به شکل موجهی علمی و قانع‌کننده جلوه می‌کند؛ اما جالب این‌جاست که هر اندازه بیشتر در علوم زیستی وارد شوید و در ارتباط با عصب‌شناسی شناختی و تفاوت‌های جنسی در آن مطالعه کنید، بیشتر به نبود تفاوت‌های جنسیتی باور پیدا خواهید کرد.
برخی از یافته‌هایی که نشان می‌دهند علم بیش از آن‌که طرفدار ذات‌گرایی باشد، تقویت‌کنندۀ پیش‌فرض‌های برابری‌گرایانه است عبارت اند از:
۱٫ تنها دو جنسِ زیستی در گونۀ انسان وجود ندارد؛ هم جنس و هم جنسیت را نمی‌توان به لحاظ زیستی یا به اصطلاح علمی در یک چهارچوب دوتایی قرار داد. درحالی‌که بیشتر نظریه‌های به ‌اصطلاح علمی ادعا می‌کنند که تعیین‌کننده‌ترین عامل در تشخیص جنس کروموزوم‌هاست (اگر دو ایکس داشته باشید، زن و اگر یک ایکس و یک ایگرگ داشته باشید، مرد محسوب می‌شوید). میان‌جنسی‌ها به شکل قاطعانه‌یی نفی‌کنندۀ وجود یک دوتایی در جنس هستند. تصور پیوستاری از جنس نشان می‌دهد که نه تنها کروموزوم، بلکه اندام‌های جنسی، هورمون‌ها و سایر مشخصه‌های فیزیکی می‌توانند در کنار هم تعیین‌کنندۀ جایگاه افراد در این پیوستار باشند.
آن‌چه به عنوان اساس مردانه‌گی و زنانه‌گی و تفاوت‌های این دو در نظر گرفته می‌شود، در واقع تصوری غلط از جنس است. فاوستو استرلینگ (استاد دانشگاه براون) در مقاله‌یی تحت عنوان «پنج جنس» به این مسأله اشاره می‌کند که جنس به شکل پیوستاری وجود دارد و پدیدۀ میان‌جنسی در واقع در ۴ درصد تولدها مشاهده می‌شود. یعنی یک نفر از بیست‌وپنج نفر به شکل مشخصی دارای مشخصه‌های جنسی زنانه یا مردانه نیستند. این عدد به شکل غافلگیرکننده‌یی بالاست. علت این امر آن است که میان‌جنسی‌ها عموماً از طریق مداخلات جسمانی یا روانی از دید ما خارج می‌شوند.
۲٫ محیط بیش از آن‌که تصور می‌شود، در تمام مراحل زنده‌گی در تمام سطوح از جمله سطح سلولی بر انسان تأثیرگذار است. این‌که فردی کروموزم‌های ایکس یا ایکس-ایگرگ داشته باشد، تعیین‌کنندۀ رفتارهای اجتماعی نیست. در واقع میزان تعیین‌کننده‌گی ژن‌ها به اندازه‌یی که پیش از این تصور می‌شد، نیست. راه رسیدن از ژن به رفتار راهی بسیار طولانی است و این ادعا که ژن تعیین‌کنندۀ رفتار است، بسیار ساده‌انگارانه است. در واقع ژن تنها یک سنگ از بنایی‌ست که قرار است با هزاران سنگ ساخته شود.
ژن‌ها بیش از آن‌که نقش تعیین‌کننده داشته باشند، نقش هدایت‌کننده دارند و محیط در تمام این فرایند حضور دارد. به دلیل وجود همین پیچیده‌گی‌هاست که بسیاری از اندیشمندان به جای نظریۀ زیستی، از نظریۀ نظام دینامیک استفاده می‌کنند که در واقع به پویایی فرایند شکل‌گیری اشاره کرده و پویایی‌های موجود در نظام‌های محیطی که در شکل‌گیری شخصیت تأثیر دارند را در نظر می‌گیرد. برای نمونه معمولاً این ادعا مطرح می‌شود که پسران به شکل فعال‌تری نسبت به دختران فعالیت می‌کنند. این در حالی‌ست که تحقیقات نشان می‌دهد که مسأله بیش از این‌که الگوهای فعالیت فرزندان باشد، این است که بسیاری از پدران و مادران به شکل فعال‌تری با پسران خود بازی می‌کنند، ضمن این‌که وسیله‌های استفاده شده در بازی‌های پسران نیز از بازی‌های دختران متفاوت است.
برخی ممکن است در پاسخ به این مسأله بگویند که در بسیاری از مطالعاتی که در میان انواع پستانداران دیگر انجام شده است، جواب‌های گرفته شده نشان می‌دهند که مردان فعال‌تر از زنان هستند. واقعیت این است که در این حوزه نیز یافته‌های موجود قطعیت و اجماع ندارد و نشان از این دارد که می‌توان الگوهای فعالیت را در پستانداران غیرانسان نیز در طول دوران زنده‌گی تغییر داد.
۳٫ برخلاف تغییرات زیستی، یادگیری اجتماعی فرایندی است که محسوس نیست. تحقیقات نشان داده که هماهنگ شدن با الگوهای یادگیری اجتماعی به اندازۀ خیلی زیادی الزام‌آور است. اگرچه تحقیقات زیستی ـ شناختی تاکنون نتوانسته است شواهد کافی برای وجود تفاوت در زنان و مردان در یادگیری ریاضی و رشته‌های علمی دیگر که به‌اصطلاح مردانه شناخته شده‌اند پیدا کند، تحقیقات اجتماعی توانسته شواهد زیادی را برای تبیین این مسأله که چرا زنان در این رشته‌ها حضور کمتری داشته‌اند پیدا کند.
در بسیاری از جوامع هنوز ساختارهای تثبیت شده‌یی وجود دارد که حضور زنان در برخی رشته‌های خاص را کاهش می‌دهد. هر اندازه تبعیض‌های اجتماعی بین زنان و مردان کاهش یابد، میزان مشارکت زنان در رشته‌های علمی یاد شده نیز کاهش می‌یابد. مطالعات روان‌عصبی نشان می‌دهد که در شرایطی که جنسیت افراد به زنان یادآوری می‌شود، آن‌ها فشار مضاعفی را متحمل می‌شوند و این مسأله در کارکردشان تأثیر می‌گذارد.
۴٫ واقعیت این است که مطالعاتی وجود دارد که تفاوت‌های جنسیتی در رفتار را نشان می‌دهد و تأیید می‌کند، اما این تحقیقات عموماً به شکلی نیست که قابلیت تعمیم‌دهی و نتیجه‌گیری قطعی داشته باشد. این تفاوت‌ها عموما به این شکل است که برخی رفتارها از نظر آماری بین زنان و مردان به شکل معناداری متفاوت است؛ اما با این وجود، می‌توان مثال های نقض زیادی برای آن پیدا کرد. این مسأله میزان تعمیم‌پذیری این مشخصه‌ها را زیر سوال می‌برد.
۵٫ یک منبع بسیار خوب که غیرقابل انکار است، یافته‌هایی‌ست که انسان‌شناسان از فرهنگ‌های مختلف گزارش کرده‌اند. اگرچه تعداد این جوامع که الگوهای جنسیتی متفاوتی دارند، به شکل فاحشی در دورۀ معاصر کاهش یافته است، شواهد در طول قرن‌ها فعالیت انسان‌شناسان به قدری زیاد است که برای اثبات ذاتی نبودن تفاوت‌های جنسیتی کفایت می‌کند. در واقع این مسأله که دی‌ان‌ایِ همۀ این افراد یک‌سان است اما تفاوت‌های فرهنگی فاحشی در بین جوامع وجود دارد، نشان‌دهندۀ این است که فرهنگ عامل تعیین‌کننده‌تری نسبت به زیست‌شناسی است وقابلیت هدایت کردن آن را دارد.