مقامات افغانستان در اعتراض به گزارش سازمان ملل اعلام کردند، چند مورد رفتار توهین‌آمیز در بازداشتگاه‌های تحت نظارت افغان‌ها علیه زندانیان وجود داشته است، اما شکنجه‌ سیستماتیک حقیقت ندارد.
به گزارش روزنامه نیویورک تایمز، گزارش سازمان ملل در خصوص شکنجه و بدرفتاری در زندان‌های تحت نظارت افغان‌ها که به تایید آیساف رسیده بود، بار دیگر باعث تفرقه میان نیروهای افغان و نیروهای امریکایی شده است.
پس از گذشت سه روز از انتشار این گزارش، حامد کرزی، رییس جمهوری افغانستان هیاتی را تعیین کرد تا به یافته‌های این گزارش رسیده‌گی کنند. ادارۀ امنیت ملی افغانستان که از سوی این گزارش به شدت مورد انتقاد قرار گرفته است، از خبرنگاران تلویزیون افغانستان دعوت کرد تا از برخی زندان‌ها دیدن کرده و با بازداشت شده‌گان مصاحبه و گفت‌وگو کنند.
سخنگوی رییس جمهوری افغانستان گفت، دولت این کشور به ویژه به دلیل تایید این گزارش از سوی نیروهای ایساف بسیار نگران شد چرا که این نیروها از سال گذشته برنامه‌یی برای بررسی بازداشتگاه‌های افغانستان داشته‌اند.
وی افزود: اگر مساله نگران کننده‌یی وجود داشت، نیروهای ایساف باید آن را خیلی زودتر مطرح می‌کردند.
ایمل فیضی، سخنگوی کرزی همچنین تصریح کرد: ایساف به طور منظم از زندان‌های افغان که تحت نظارت وزارت داخله و اداره امنیت ملی هستند، بازدید می‌کند. آن‌ها به طور هفتگی این کار را انجام می‌دهند و پس از هر بازدید یافته‌های خود را یادداشت می‌کردند. اگر مشکلی وجود دارد چرا موقعی که از زندان‌ها بازدید می‌کنند آن‌ها را مطرح نمی‌کنند؟ این امر این سوال را مطرح می‌سازد که چرا آن‌ها حالا به صدا آمده و مشکلات را مطرح می‌کنند؟
یکی از سخنگویان ایساف نیز در پاسخ به نامه نوشته شده از سوی جنرال جان آلن، فرمانده نیروهای ایساف که به گزارش سازمان ملل ضمیمه شده بود، اشاره کرد. جنرال جان آلن در این نامه اعلام کرد که وی و معاونش حدود ۸۰ مورد بدرفتاری را به وزیران دولت افغانستان گزارش کرده و حتی تقاضا کرده‌اند تا بازداشت شده‌گان انفرادی را که گرفتار این بدرفتاری‌ها بوده‌اند، منتقل کنند. اما تنها یکی از بازداشت شده‌گان منتقل شده بود.
در همین راستا، سخنگوی ریاست جمهوری افغانستان گفت که از این نامه‌ها بی‌اطلاع بوده است.
گزارش سازمان ملل بر اساس مصاحبه‌های انجام شده با ۶۳۵ تن از بازداشت شده‌گان در زندان‌های سراسر افغانستان نوشته شده بود و نشان می‌داد که حدود نیمی از آن‌ها تجربه شکنجه یا بدرفتاری را داشتند و بیشتر این بدرفتاری‌ها در زندان‌های تحت نظارت پولیس یا امنیت ملی افغانستان اتفاق افتاده است. در تعدادی از زندان‌ها، شکنجه آنقدر زیاد بوده که گزارش سازمان ملل آن‌ها را به عنوان «شکنجه‌های نظام‌مند» توصیف کرده است.
سخنگوی ریاست جمهوری افغانستان گفت: دولت به استفاده از کلمه نظام‌مند اعتراض دارد. این سیاست دولت افغانستان نیست تا زندانیان را شکنجه کند و البته این امر نظام‌مند نیست. این اقدامات به اندازه‌یی که این گزارش بیان می‌کند، وجود نداشته است.
شفیق الله طاهری، سخنگوی امنیت ملی افغانستان از مدیریت زندان‌ها دفاع کرده و گفت، سازمان‌های حقوق بشر بین‌المللی و افغانستان و دیگر ناظران از این زندان‌ها بازدید کرده و هیچ مساله نگران کننده‌یی را مطرح نکرده بودند.
جان سیفتون، از مقام‌های دیده‌بان حقوق بشر گفت: بارها اتهاماتی اعلام شده اما جدی گرفته نشده است. افغان‌ها مسوول هستند تا بدانند که در زندان‌های کشورشان چه اتفاقاتی رخ می‌دهد. این امر وظیفه آن‌هاست اما آن‌ها از این رویدادها بی‌اطلاع بودند و هیچ اقدامی در خصوص آن انجام نداده و این عدم توجه آن‌ها را نشان می‌دهد.
وی افزود، بهترین راه حل این بود که به کمیسیون‌ حقوق بشر اجازه دهند تا مسوولیت این بی‌توجهی را برعهده گرفته و نقش بازرس ویژه را برای بازداشت شده‌گان ایفا کند.