مسوولان در کمیسیون مستقل حقوق بشر می‌گویند، یافته‌های آنان نشان می‌دهد که انتخابات ریاست‌جمهوری با مشکلات چون حضور کمرنگ افراد دارای معلولیت، رای‌دهنده‌گان به‌ویژه زنان، رویدادهای امنیتی، تأخیر در آغاز رأی‌دهی، نبود کارمندان کمیسیون در زمان تعیین‌شده و مشکلات تکنیکی همراه بوده است.
کمیسیون مستقل حقوق بشر گفته است که یافته‌های این نهاد نشان می‌دهد مشکلات در بخش‌های مختلف روند رأی‌دهی وجود داشته است.
این کمیسیون افزوده است، یکی از معضل‌های جدی این انتخابات، تهدیدهای امنیتی بوده که ولایت‌های قندز، ننگرهار، بدخشان، فاریاب، بغلان، بامیان، کابل و قندهار شاهد انفجارها و رخدادهای امنیتی بوده است.
کمیسیون حقوق بشر خاطرنشان کرده که تلفات غرنظامیان شامل دو کودک در کنر، یک کشته و یک زخمی در پکتیکا و ۱۰ کشته و زخمی در قندهار بوده که مجموع تلفات غیرنظامیان تاکنون به ۱۴ تن رسیده است.
کمیسیون حقوق بشر خاطرنشان کرده است که همکاران این کمیسیون در ولایت فاریاب از خشونت میان تیم‌های انتخاباتی خبر داده که در نتیجه آن روند رأی‌دهی در لیسه پسرانه «تورپاختو» در محل رأدهی زنان (شهر میمنه) متوقف شده و دلیل خلق خشونت، تشویق زنان این محل رأی‌دهی به نفع ‌تیمی خاص بوده است که مخالفت تیم دیگر را برانگیخته است.
این کمیسیون تأخیر در بازگشایی مراکز رأی‌دهی را از چالش دیگر این انتخابات خوانده و گفته است که علت تاخیر در این مراکز، حضور دیرهنگام کارمندان کمیسیون انتخابات بوده و کارمندان ای کمیسیون در ولایت‌های مختلف رأس ساعت ۷ صبح در محلات رأی‌دهی حضور نداشته‌اند.
کمیسیون حقوق بشر یکی دیگر از مشکلات این انتخابات را خرابی دستگاه بایومتریک گفته که درست عیار نشده بوده است و نیز کارمندان کمیسیون با دستگاه بایومتریک آشنایی ‌نداشته‌اند.
به گفتۀ این کمیسیون، در برخی از ولایت‌ها مواد انتخاباتی دیر رسیده و نیز فهرست نام‌های شهروندان با فهرست رأی‌دهندگان، هم‌چنین با حافظه دستگاه بایومتریک در بسیاری ولایت‌ها مطابقت نداشته است.
در گزارش کمیسیون حقوق بشر همچنان آمده است که حضور شهروندان در مراکز رأی‌دهی کمرنگ بوده، حضور زنان در این روند ناچیز بوده و کمیسیون مستقل انتخابات برای افراد دارای معلولیت هیچ‌گونه سهولتی در نظر نگرفته بوده است.
در کنار این، کمیسیون مستقل حقوق بشر اعلام کرده است که زندانیان در ولایاتی چون کابل، بامیان و فاریاب از حق رأی محروم شده‌اند.
این کمیسیون گفته است که در زندان ولایت بامیان انتخابات برگزار نشده است.
به گفته مدیر عمومی این زندان، از مجموع زندانیان مرد و زن، تنها تذکره سه تن استیکر دارد و با وجود این، سایر زندانیان واجد شرایط نیستند.
کمیسیون حقوق بشر افزوده است که برای حدود ۵۰۰ متهم و زندانی در ولایت فاریاب نیز برنامه نصب استیکر در تذکره عملی نشده و مرکز رأهی‌دهی نیز اختصاص داده نشده است.
این کمیسیون اضافه کرده است که در زندان پلچرخی که نزدیک به ۱۱ هزار زندانی نگهداری می‌شوند نیز مواد انتخاباتی منتقل نشده و انتخابات برگزار نشده است.
به گفته کمیسیون حقوق بشر، در زندان و توقیف‌خانه زنانه کابل نیز انتخابات برگزار نشده است. در این محل نزدیک به ۲۵۰ زندانی زن نگهداری می‌شوند.