تا سحرگاه ششم جدی ۱۳۵۸(۲۷دسمبر۱۹۷۹) بهوسیلۀ صدها پرواز هوایی پنج هزارتن از نیروهای فرقۀ ۱۰۳کماندوی ارتش سرخ اتحاد شوروی، وارد فروگاه کابل و بگرام شدند. تا ظهر این روز نیروهای زرهی فرقۀ ۱۰۸ که روز ۲۵ دسمبر باعبور از فراز آمو راه کابل را در پیش گرفته بودند، وارد حومۀ پایتخت شدند و با نیروهای کماندویی فرقه۱۰۳ ارتباط برقرار ساختند.
مشاورین شوروی در قطعات ارتش افغانستان ورود این نیروها را انجام تمرینات نظامی وانمود می‌کردند. امین ظهر آن روز در کاخ تپۀ تاج‌بیگ میزبان اعضای دفتر سیاسی حزب دموکراتیک خلق بود. امین به اعضای بیروی سیاسی گفت: «سفیر شوروی به نمایندهگی از رهبری دولت شوروی به او اطمینان محکم داده است که دولت شوروی به قدر ویتنام به افغانستان مساعدت تخنیکی، نظامی و مالی می‌رساند و کشور ما را در مقابل دخالت و مداخلۀ پاکستان و دیگر کشورهای منطقه تنها نمی‌گذارد».
حفیظ‌الله امین در حالی به اعضای دفتر سیاسی حزب دموکراتیک خلق از کمک‌های نظامی و مالی شوروی اطمینان می‌داد که آشپز روسی‌اش در آشپزخانه مصروف زهرآلود ساختن غذای او بود و نیروهای شوروی در بیرون از کاخ، خود را برای انجام یک عملیات نظامی غرض سرنگونی حکومت موصوف آماده می‌کردند. طرح مسمومیت امین توسط دیپارتمنت هشت کی.جی.بی تحت رهبری شخص اندروپوف اتخاذ گردیده بود. این دیپارتمنت یکی ازاعضای کی.جی.بی را بهنام تالیبوف به عنوان آشپز وارد قصر امین ساخت. امین ظهر روز ۲۷دسمبر۱۹۷۹(۶جدی۱۳۵۸) مسموم شد و پس از صرف نهار در بی‌هوشی و کوما رفت. خبر مسمومیت امین و اعضای دفتر سیاسی حزب از سوی جانداد قوماندان گارد قصر به اطلاع ژنرال ولایت رییس شفاخانۀ چهارصد بستر ارتش رسید. ژنرال مذکور به عجله بهسوی محل اقامت امین شتافت و سرطبیب شفاخانه چهارصد بستر را غرض انتقال پزشکان شوروی موظف ساخت. سرطبیب، دگروال ویکتور کزنیچنکف متخصص امراض داخلی را با یک متخصص بیماری‌های میکروبی و دگروال اناتولی الکسی‌یف سرطبیب گروه دکتوران نظامی شوروی را در شفاخانۀ چهارصد بستر به کاخ تپۀ تاج‌بیگ آورد. ژنرل لیخافسکی می‌نویسید: «پزشکان از پلکان بالا آمدند. امین در یکی از اتاق‌ها با بدن نیمه برهنه به روی زمین افتاده بود. فک و چانه‌اش آویزان شده بود و چشمانش بی‌نور و سفید چیزی را نمی‌دیدند. نشانه‌یی از هوش در وجودش دیده نمی‌شد. سرهنگ کوزنیچنکف و سرهنگ الکسی یف بانجات «رهبر کشور دوست» طرح‌های کی.جی.بی را برهم می‌زنند. امین تا ساعت شش شام به خودآمد و با شگفت‌زدهگی پرسید: چرا در خانه ما چنین چیزی رخ داده است؟ چه کسی این کار را کرده است؟ تصادفی است یاکدام توطئه؟
یورش ۳۳۳
حفیظ‌الله امین زمانی به هوش آمد که عملیات نظامی نیروهای شوروی برای قتل او آغاز یافته بود. قوای مهاجم بعد از ظهر ششم جدی(۲۷دسمبر)در سه قطار بهسوی مرکز شهر، تپۀ تاج‌بیگ و پلچرخی حرکت کردند. آنها نخست مرکز مخابرات را در شهر منفجر ساختند و بهسوی قصر اقامت امین یورش بردند. این نیروها موظف بودند تا واحدهای ویژۀ کی.جی.بی را که قبلاً در کاخ تپۀ تاج‌بیگ، دارالامان و سفارت شوروی جابهجا شده بودند کمک کنند: «این جزوتام‌ها(یگان‌ها و واحدها) هیچ تفاوتی با یک جز وتام افغانی نداشتند. افراد آن که ملبس با یونیفورم افغانی بودند، اطراف قصر را مین‌گذاری کردند. آنها سازمان‌دهی و چگونگی تبدیل پهره‌داری قصر امین را می‌دانستند.
محافظان امین را به چهره می‌شناختند. از خصوصیات سیستم مخابروی و تجهیزات محاربوی‌شان نیز آگاه بودند. در پهلوی آن، ساختمان داخلی قصر و نقشۀ اتاق‌های داخل قصر را نیز می‌دانستند. قطعات مهاجم «الفا» را نیکولای بریلیف و زینت را بویا رنیف از افسران کی.جی.بی فرماندهی می‌کردند. این قطعات چند عراده ماشین محاربوی و دستگاه شلیکا در اختیار داشتند.
هجوم به کاخ امین بهنام یورش ۳۳۳ در شامگاه ۲۷دسمبر۱۹۷۹ (ششم جدی۱۳۵۸) ساعت ۶ و ۲۵دقیقه آغاز یافت.
به نوشتۀ مولف توفان در افغانستان: «برای افراد و پرسونل کندک مسلمانان توضیح داده بودند که امین به انقلاب ثور خیانت کرده و به زدوبند با «سیا»CIA پرداخته است. راستش این توضیحات را کمتر کسی از سربازان و افسران می‌توانستند بپذیرند و از خود می‌پرسند پس چرا امین سپاهیان ما را دعوت کرده است نه سپاهیان امریکایی را؟»
هنوز پزشکان شوروی امین را ترک نکرده بودند که آتش نیروهای شوروی کاخ را به لرزه آورد. در حالی که امین و خانواده‌اش در اتاق‌های داخل کاخ نمی‌دانستند که مهاجمین چه کسانی هستند، نیروهای گارد محافظ او در محوطه و اطراف قصر با قوای شوروی به نبرد پرداختند. مقاومت نظامیان گارد امین به‌زودی درهم شکست و مهاجمین داخل ساختمان اصلی کاخ گردیدند.

قتل امین
یکی از نکات شگفت‌انگیز در داستان قتل حفیظ‌الله امین توسط نیروهای شوروی، باور و اعتماد عمیق امین در آخرین دقایق عمرش به شوروی بود. در حالی که محل اقامت و کار امین در کاخ تپۀ تاج‌بیگ مورد هجوم و آتش نیروهای شوروی قرار گرفت، حفیظ‌الله امین اطلاع جانداد قوماندان گارد محافظ قصر خود را که آتش‌باری از طرف روس‌ها است، نپذیرفت. خانم امین سال‌ها بعد در مصاحبه با رادیو بی.بی.سی گفت: «امین صاحب به جانداد قوماندان گارد گفت ببین که فیر(شلیک)می‌کند؟ جانداد معلومات گرفت و آمد به امین صاحب گفت: این طور معلوم می‌شود که فیر از طرف روس‌ها باشد. اما امین صاحب گفت: نه!»
امین حتا تا آخرین لحظات حیاتش سخنی از بی‌اعتمادی و سوءظن در مورد شوروی به خانوادۀ خود نگفته بود. زیرا خانم امین و فرزندانش نیز باور نداشتند که حمله در آن شام‌گاه ۲۷ دسمبر به کاخ اقامت امین از سوی نیروهای شوروی باشد. آنها گمان می‌کردند که نیروهای شوروی در دفاع از امین با کسانی می‌جنگند که به قصر یورش آورده‌اند. از این رو، دختر امین به نظامیان شوروی که وارد اتاقی شدند که او با پدر و اعضای خانواده‌اش به سر می‌برد، گفت چرا شلیک می‌کنید، امین این جا است. او به این تصور بود که شلیک نیروهای شوروی در داخل کاخ که وظیفۀ حمایت و حفاظت از جان پدرش را بهدوش دارند، به امین صدمه می‌رساند. دختر حفیظ‌الله امین نمی‌دانست که نیروهای شوروی موظف هستند تا پدرش را بکشند. همسر امین می‌گوید: «تا وقتی که مهمات داشتیم، هیچ‌کس نتوانست وارد کاخ شود. عده زیادی از مهاجمین کشته شدند. ما نمی‌دانستیم که روس‌ها هستند. وقتی مهمات ما تمام شد، آنها داخل کاخ شدند. به محض داخل شدن با ماشین‌دار یا مسلسل به چهار طرف شلیک کردند. در اثر این شلیک‌ها به دخترانم ملالی و گلالی و پسرم خوازک گلوله اصابت کرد. در حالی که آنها عکس امین را بهدست داشتند، بهسوی دخترم غتی رفتند. غتی به آنها گفت چرا شلیک می‌کنید، امین صاحب این جا است. گفتند که امین کجاست؟ در این حال متوجه شدند که امین آنجا نشسته است. بر او شلیک کردند. بعد از آن پسران و دخترانم زخمی شدند و وقتی دیدند کس دیگری باقی نمانده، خاموش شدند».
حفیظ‌الله امین در حالی با آتش نیروهای شوروی کشته شد که نه تنها حمله از سوی آنها را به محل اقامتش نپذیرفت، بلکه آن نیروها را به دفاع از جانش فراخواند. داکتر الکسی یف داکتر روسی معالج او که شاهد قتل امین در شامگاه ۲۷دسمبر۱۹۷۹ بود می‌گوید: «امین به یاورخود دستور داد به مشاورین نظامی شوروی زنگ بزندو آنان را خبر کند که به کاخ حمله شده است. و آنگاه گفت که شوروی‌ها کمک می‌کنند. یاور به امین گفت این شوروی‌ها اند که آتش باری می‌کنند. این سخنان، دبیرکل (امین) را از خود بی‌خود ساخت خاکستردانی سیگار را گرفته به سوی یاور پراند و به خشم فریاد زد: «دروغ می‌گویی این امکان ندارد.» پس خود کوشید، با رییس ستادکل و فرمانده قوای چهارم زرهدار تماس بگیرد. مگر ارتباطات قطع بود پس از آن به آهستگی غرید: «دیگر دانستم درست است»».
نیروهای شوروی جسد امین را در قالینی پیچانیده در زمین‌های بیرون از کاخ زیرخاک کردند. در برخی منابع روسی از جمله فیلم مستند روسی «تلک افغانستان» گفته می‌شود که حفیظ‌الله امین توسط یکی از طرف‌داران تره‌کی به قتل رسید.