مقامات پاکستانی مدت‌های طولانی با گروه‌های شبه نظامی داخلی ارتباط داشته‌اند که به پیشرفت منافع سیاست خارجی این کشور با افغانستان و هند کمک کرده‌اند. از زمانی که اسلام‌آباد به عنوان یکی از متحدان جنگ علیه تروریسم پس از حملات ۱۱ سپتمبر ۲۰۰۱ میلادی به واشنگتن پیوست، تحلیلگران سرویس‌های اطلاعاتی و امنیتی پاکستان را به ایفای بازی دوگانه متهم کرده‌اند، بدین معنا که اگر نمی‌توان علنا به گروه‌های شبه نظامی که نیروهای ناتو در افغانستان را می‌کشند، کمک کرد، پس آن‌ها را نادیده گرفت. پاکستان این اتهامات را رد می‌کند.

می ۲۰۱۱ میلادی که کماندوهای امریکایی اسامه بن لادن، مغز متفکر و رهبر سابق شبه نظامیان القاعده را در یک مجتمع ساختمانی در نزدیکی اسلام‌آباد کشتند، نگرانی‌ها نسبت به تعهد پاکستان در زمینه مقابله با تروریسم افزایش یافت. عناصر رهبری القاعده و شبه نظامیان طالبان افغاستان، مناطق قبیله‌نشین نیمه خودمختار پاکستان را پایگاه خود قرار دادند، جایی که در آن اغلب با انواع گروه‌های شبه نظامی از جمله «شبکه حقانی» همکاری می‌کنند. برخی گروه‌ها از پاکستان به عنوان محل اجرای حمله به افغانستان استفاده کرده‌ و برخی دیگر از این کشور برای تعقیب اهداف داخلی از جمله مدارس، عبادتگاه‌ها و همچنین سازمان‌های دولتی استفاده کرده‌اند.
گروه‌های تروریستی
گروه‌های تروریستی متعدد که در پاکستان فعالیت دارند، در یکی از تقسیم‌بندی‌هایی که اشلی جی. تلیس، یکی از مشاوران ارشد در موسسه کارنگی برای صلح بین‌المللی در جلسه شهادت کنگره امریکا در جنوری ۲۰۰۸ میلادی مطرح کرد، گنجانده می‌شوند:
فرقه‌یی: گروه‌هایی با انگیزه مذهبی همچون گروه‌های سنی از جمله سپاه صحابه و لشکر جنگوی و گروه‌های شیعه از جمله تحریک جعفری که در پاکستان به ایجاد درگیری و خشونت می‌پردازند.
ضد هندی‌ها: گروه‌های متمرکز بر منطقه مورد مناقشه کشمیر که ادعا شده با حمایت ارتش و آژانس سرویس‌های اطلاعات داخلی پاکستان دست به عملیات می‌زنند، از جمله، لشکر طیبه، سپاه محمد و حرکت المجاهدین.
طالبان افغان: جنبش اصلی طالبان و به ویژه رهبر قندهاری‌اش که حول ملا محمد عمر متمرکز شده و گمان می‌رود که در کویته مستقر باشد.
القاعده و شاخه‌هایش: سازمان جهانی تروریستی که توسط اسامه بن لادن تاسیس شد و توسط ایمن الظواهری رهبری می‌شود.
طالبان پاکستان: ائتلاف گروه‌های افراطگرا در مناطق قبیله‌یی که به صورت فدرالی اداره می‌شود (فتا) و ملا فضل الله رهبری آن را بر عهده دارد.
دیگر گروه‌های شبه نظامی که خارج از چارچوب تلیس قرار دارند شامل گروه‌های جدایی طلب از جمله ارتش آزادی‌بخش بلوچستان در جنوب غرب پاکستان است.
کارشناسان می‌گویند اما با وجود همکاری بیشتر میان گروه‌ها، روابط تیره و تار شده است. شبکه حقانی، یکی از شاخه‌های نیمه خودمختار شبه نظامیان طالبان و یک سازمان تروریستی خارجی معرفی شده از سوی امریکا، نشان‌دهنده روابط پیچیده میان گروه‌های شبه نظامی در پاکستان و افغانستان است. یکی از گزارش‌های «مرکز مبارزه با تروریسم» که به سال ۲۰۱۱ میلادی مربوط می‌شود، این گروه را به عنوان یک «بازیگر واسط» توصیف می‌کند که با آژانس سرویس‌های اطلاعات داخلی پاکستان، القاعده و شبه نظامیان ازبک و دیگر گروه‌های تروریستی ارتباط دارد. مرکز مبارزه با تروریسم یک موسسه تحقیقاتی مستقل مستقر در دانشکده ارتش امریکا در وست پوینت است. دان راسلر و وحید بروان در گزارشی می‌نویسند: شبکه حقانی در سه دهه اخیر به عنوان تامین‌کننده دیگر گروه‌ها و همچنین منبع شبه نظامی‌گری محلی، منطقه‌یی و جهانی فعالیت کرده است. نصیرالدین حقانی، سرمایه‌دار ارشد و قاصد این گروه در نوامبر سال ۲۰۱۳ میلادی و در شرایطی نامشخص در نزدیکی اسلام‌آباد کشده شد. سه تن دیگر از رهبران ارشد شبکه حقانی نیز در سال ۲۰۱۱ میلادی در حملات پهپادی امریکا کشته شدند. سراج الدین حقانی برادر بزرگتر نصیرالدین این گروه را رهبری می‌کند.
طالبان پاکستان
حامیان طالبان افغان که به دنبال پناهگاهی در مناطق قبیله‌یی پاکستان بودند پس از حمله اولیه ارتش پاکستان به مناطق نیمه خودمختار در سال ۲۰۰۲ میلادی ماهیت خود را تغییر دادند.
در دسمبر سال ۲۰۰۷ میلادی حدود ۱۳ گروه مختف شبه نظامی زیر چتر شبه نظامیان تحریک طالبان پاکستان به هم پیوستند. این گروه به شبه نظامیان طالبان پاکستان تحت رهبری بیت‌الله محسود از وزیرستان جنوبی مشهور هستند. مقامات پاکستان بیت‌الله محسود را به رهبری ترور بی‌ظیر بوتو، نخست‌وزیر پیشین این کشور در دسامبر ۲۰۰۷ میلادی متهم کردند.
تحلیلگران می‌گویند، آتش‌بس‌های کوتاه مدت سال‌های ۲۰۰۸ و ۲۰۰۹ میلادی امضا شده با اسلام‌آباد، فرصت‌هایی را برای طالبان پاکستان فراهم کرد تا تجدید سازمان کرده و دستیابی‌های منطقه‌ای به دست آورند.
پس از کشته شدن بیت‌الله محسود در اگست سال ۲۰۰۹ میلادی توسط حمله پهپادی امریکا، حکیم‌الله محسود، معاون و پسر کاکای وی رهبری شبه نظامیان تحریک طالبان پاکستان را به دست گرفت. گزارش شده هنگامی که حکیم‌الله محسود به همراه یکی از معاونان ارشد در نوامبر سال جاری میلادی در حمله پهپادی امریکا کشته شد، آماده شرکت در مذاکرات صلح قریب الوقوع با اسلام‌آباد بود. اما تحلیلگران معتقدند دورنماهای این مذاکرات صلح مبهم و نامشخص بود. حکیم‌الله محسود که علیه پاکستان اعلام جنگ کرده بود در اکتبر سال ۲۰۱۳ میلادی گفت: سیستم پاکستان غیراسلامی است و ما می‌خواهیم یک سیستم اسلامی را جایگزین آن کنیم، این خواسته و تمایل حتی پس از خروج نیروهای امریکایی از افغانستان پس از سال ۲۰۱۴ میلادی ادامه خواهد یافت. استفان تنکل، کارشناسی در موسسه کارنگی برای صلح بین‌المللی تاکید می‌کند: چنانچه اجازه دهیم مذاکرات با شکست مواجه شود افکار عمومی پاکستان به طور قاطعانه با طالبان به جای امریکا دشمنی می‌کنند. واشنگتن هم اکنون به دلیل بازگشت فعالیت شبه‌نظامی‌گری در پاکستان سرزنش شده است.
کمی پس از کشته شدن حکیم‌الله محسود، مجلس شورا ملا فضل‌الله تندرو را به عنوان جانشین وی انتخاب کرد. فضل‌الله که به دلیل دستور ترور ملاله یوسف‌زی، فعال و نوجوان پاکستانی بدنام و رسوا شده مذاکره با دولت اسلام‌آباد را رد کرد. این سوال برای تحلیلگران پیش آمده که آیا فضل‌الله می‌تواند به عنوان نخستین فرمانده شبه نظامیان تحریک طالبان پاکستان خارج از قبیله محسود پیوند این گروه را حفظ کند یا خیر؟
گروه شبه نظامی تحریک طالبان پاکستان علیه پاکستان اعلام جهاد کرده و به دنبال کنترل مناطق، تقویت شریعت و مبارزه با نیروهای ناتو در افغانستان است. عصمت‌الله شاهین، رییس مجلس شورا که ملا فضل‌الله را انتخاب کرد به خبرگزاری رویترز می‌گوید: ما نیروهای امنیتی، دستگاه‌های دولتی، رهبران سیاسی و نیروهای پولیس را هدف قرار می‌دهیم. ما غیرنظامیان، بازارها و یا مناطق عمومی را هدف قرار نمی‌دهیم. مردم نباید نگران باشند.
ارزیابی پراکندگی طالبان پاکستان امری دشوار است. راسلر از مرکز مبارزه با تروریسم می‌گوید: به دلیل چالش‌هایی که مرتبط است با تعریف مرزهای این گروه و ماهیت پراکندگی آنها که چگونه در مرزهای منطقه‌ای یا قبیله‌ای سازماندهی شده‌اند، برآوردهای معتبری از میزان پراکندگی تحریک طالبان پاکستان وجود ندارد.
تحریک طالبان پاکستان نیروهای امنیتی و غیرنظامیان را هدف قرار داده است. از میان شرم‌آور‌ترین حملات این گروه می‌توان به بمب‌گذاری هتل «مریوت» اسلام‌آباد در سپتامبر سال ۲۰۰۸ میلادی که دستکم ۶۰ تن در آن کشته شدند و همچنین بمب‌گذاری هتل «مروارید کونتیننتال» پیشاور در جون ۲۰۰۹ میلادی که ۱۷ تن در آن کشته شدند اشاره کرد. تحریک طالبان پاکستان هنگامی که مسئولیت بمب‌گذاری ناکام ماه می ۲۰۱۰ میلادی در میدان تایمز نیویورک را به عهده گرفت جاه طلبی‌های فراملیتی خود را ابراز کرد.
شبه نظامیان «طالبان پنجابی»، گروهی جدا از گروه‌های شبه نظامی ایالت پنجاب پس از حملات گسترده سال‌های ۲۰۰۸ و ۲۰۰۹ میلادی در شهرهای لاهور، اسلام‌آباد و راوالپیندی مشهور شدند. این شبکه اهداف کشمیر محور و فرقه‌گرایی دارد. گروه بازنگری اطلاعاتی «جین» اواخر اگست سال جاری میلادی در گزارشی می‌نویسد: گروه طالبان پنجابی از رهبری مرکزی طالبان پاکستان عصبانی شده‌اند اما به طور خارق‌العاده‌یی قادر به انجام عملیات‌های پیچیده در محیط‌های شهری به ویژه در پنجاب هستند. ایالت پنجاب مهمترین و معروف‌ترین ایالت پاکستان از نظر سیاسی است.
شبکه حقانی که عملیات‌هایش را در مرز پرنفوذ افغانستان- پاکستان مشهور به «خط دیورند» انجام می‌دهد، در برخی از این فعالیت‌ها متحد ارزشمندی برای طالبان پاکستان از آب درآمده است. شبکه حقانی تنها در کنار شبه نظامیان تحریک طالبان پاکستان و طالبان افغانستان در کابل مبارزه نکرده بلکه به عنوان میانجی‌گر پرنفوذی بین شبه نظامیان تحریک طالبان پاکستان و اسلام‌آباد فعالیت داشته است. به گفته مرکز مبارزه با تروریسم، پاکستان مدت‌های طولانی حامی و ذی‌نفع شبکه حقانی بوده است. شبکه حقانی به اسلام‌آباد در مدیریت گروه‌های شبه نظامی در مناطق قبیله‌یی که به صورت فدرالی اداره می‌شوند، کمک کرده و علیه هند در مناقشات بر سر کشمیر اعمال فشار کرده است. پاکستان گروه طالبان را که جزو خطرناک‌ترین گروه‌ها برای نیروهای ناتو در افغانستان بوده است به عنوان منبع بالقوه فشار و قدرت پس از خروج برنامه‌ریزی شده نیروهای ائتلافی در پایان سال ۲۰۱۴ میلادی از افغانستان می‌بیند.
تغییر چهره تروریسم
به ویژه از سال ۲۰۰۷ میلادی که گروه‌های تروریستی رهبران سیاسی، نظامی، پولیس و قبیله‌یی، اقلیت شیعه و مدارس را در پاکستان هدف قرار داده‌اند، خشونت در این کشور افزایش یافته است. کارشناسان می‌گویند: اما در اصل در یک دهه گذشته، بمب‌گذاری‌های انتحاری در سال‌های اخیر به طور باورنکردنی فراگیر شده که نشانگر نفوذ القاعده است. به گزارش «پورتال تروریسم جنوب آسیا» مستقر در دهلی‌نو، سه بمب‌گذاری انتحاری در سال‌های ۲۰۰۲ و ۲۰۰۳ میلادی صورت گرفته و با سیری صعودی در سال ۲۰۰۹ میلادی ۷۶ حمله انتحاری و ۳۷ حمله در ۱۰ ماه نخست سال جاری میلادی ثبت شده است.
القاعده علاوه بر فراهم کردن کارشناسان فنی و امکانات برای گروه‌های شبه نظامی در پاکستان، آنها را به همکاری بیشتر با یکدیگر نیز ترغیب می‌کند. راسلر از مرکز مبارزه با تروریسم در سال ۲۰۰۹ میلادی می‌نویسد: القاعده با ترغیب اتحاد، میان گروه‌های شبه نظامی که ممکن است مخالف یکدیگر باشند و یا نظرات متناقضی نسبت به حمله به پاکستان داشته باشند، نقش میانجی‌گر و سازنده ائتلاف میان شاخه‌های مختلف گروه‌های شبه نظامی پاکستانی را ایفا می‌کند.
در این میان طالبان همزمان با دستیابی به اهداف مشترک با گروه‌های تروریستی که اقلیت شیعه و پاکستان را هدف می‌گیرند، پیوندها و اقدامات جنایی پرمنفعتی را در کراچی به وجود می‌آورد که این امر باعث شده تا این گروه در پاکستان بیش از پیش مستحکم شده و یک شبکه در سطح کل کشور ایجاد کند. کماندوهای شبه نظامی پاکستان در سپتمبر سال جاری میلادی کمپینی را برای شناسایی گروه‌های تروریستی و جنایی شهر کراچی به راه انداختند و گزارش شده که در یک ماه بیش از ۱۵۰۰ مظنون را دستگیر کردند. تنکل می‌نویسد: در این حین احزاب سیاسی پاکستان مذاکرات با طالبان را به منظور جلوگیری موقت از خشونت‌های شدیدتر در ایالت پنجاب و دیگر مناطق پرجمعیت حمایت کردند. پورتال تروریسم جنوب آسیا در گزارشی اعلام کرد، در ۱۰ ماه نخست سال ۲۰۱۳ میلادی ۲۷۴۵ غیرنظامی و ۶۰۱ نیروی امنیتی در درگیری‌های تروریستی کشته شدند که حدوداً برابر با میزان تلفات دو سال پیش است.
چالش‌های مقابله با تروریسم
با وجود آنکه ارتش و پولیس پاکستان به شدت از سوی گروه‌های شبه نظامی هدف قرار می‌گیرند، بعضی اوقات نیروهای امنیتی پاکستان تلاش کرده تا این ظرفیت را در خود ایجاد کنند و با شبه نظامیان داخلی مواجه شوند. برخی کارشناسان می‌گویند: در سال ۲۰۰۷ میلادی که درگیری خونینی میان نیروهای امنیتی پاکستان و دانشجویان شبه نظامی اسلامی در مسجد سرخ اسلام‌آباد رخ داد، برخی گروه‌ها پیشتر تحت حمایت دولت پاکستان فرار کرده بودند. در اکتبر ۲۰۰۹ میلادی شبه نظامیان به پایگاه‌های ارتش در شهر راولپندی حمله کرده و حدود ۴۰ تن را به مدت بیش از ۲۰ ساعت گروگان گرفتند. تحلیلگران می‌گویند: چنین حملاتی از دوره جدیدی در روابط ارتش و آژانس سرویس‌های اطلاعات داخلی پاکستان با بسیاری از گروه‌های شبه نظامی خبر می‌دهد.
تحلیلگران می‌گویند، اگرچه ارتش و آژانس سرویس‌های اطلاعات داخلی پاکستان تمایل بیشتری برای تعقیب شبه نظامیان از خود نشان داده‌اند اما آنها به تشکیل ائتلاف‌هایی با این گروه‌ها از جمله شبکه حقانی ادامه می‌دهند تا بتواند از آنها به عنوان وسیله دفاعی علیه هند و افغانستان استفاده کند. در سپتامبر ۲۰۱۱ میلادی در یک مدرک کنگره‌ای و همچنین در سخنان دریاسالار مایکل مولن، رییس ستاد مشترک ارتش امریکا به شبکه حقانی به عنوان بازوی استراتژیک آژانس سرویس‌های اطلاعات داخلی پاکستان اشاره شده است. دستگاه‌های امنیتی پاکستان این اتهامات را رد کرده‌اند.
در می ۲۰۱۱ میلادی افشای این مسأله که اسامه بن لادن در مجتمعی در داخل منطقه نظامی پاکستان در ابیت‌آباد پنهان شده، سوالات جدیدی را درباره تعهدات آژانس سرویس‌های اطلاعات داخلی این کشور برای مقابله با تروریسم برانگیخت. لئون پانه‌تا، وزیر دفاع پیشین امریکا گفت، این سازمان به دلیل نگرانی نسبت به افشای اطلاعات و سازش پاکستان با طالبان در مورد عملیات دستگیری بن لادن با آژانس سرویس‌های اطلاعات داخلی پاکستان همکاری نکرد. آصف علی زرداری، رییس‌جمهوری وقت به سرعت به دنبال این عملیات می‌نویسد: پناه دادن تروریست‌ها توسط پاکستان گمانه‌زنی‌هایی بی‌پایه و اساس است.
سازمان سیا به منظور ارتقاء تلاش‌های مقابله با تروریسم پاکستان یک کمپین وسیع کشتار هدفمند به ویژه در وزیرستان شمالی و جنوبی به راه انداخت. حملات پهپادی امریکا در حال حاضر از خاک افغانستان صورت می‌گیرد اما مشخص نیست که آیا این اقدام پس از خروج برنامه‌ریزی شده نیروهای امریکا از افغانستان در سال ۲۰۱۴ میلادی ادامه خواهد یافت یا خیر. بروک ریدل، مامور سابق اطلاعات امریکا می‌گوید: اگر برنامه کشتار هدفمند متوقف شود، القاعده به سرعت در پاکستان احیا خواهد شد. متحدانش همچون طالبان و لشکر طیبه نیز به احیای القاعده کمک خواهند کرد و آژانس اطلاعات داخلی پاکستان نیز یا چشم خود را بر این مساله می‌بندد و یا بدتر، به آنها در این راه کمک می‌کند. منتقدان این برنامه‌، توانایی ‌امریکا برای تشخیص شبه نظامیان از غیرنظامیان را زیر سوال برده و می‌گویند، این حملات احتمالا به افراطگرایی در ایالت‌های مرزی کمک می‌کند.
نواز شریف، نخست‌وزیر پاکستان در حالی که با حملات پهپادی امریکا به عنوان بی‌حرمتی به تمامیت ارضی پاکستان مخالف است و از آن انتقاد می‌کند، از برگزاری مذاکره با تحریک طالبان پاکستان حمایت می‌کند. گروه بین‌المللی بحران اشاره می‌کند: اسناد و مدارک فراوانی از رضایت ضمنی و همکاری فعال پاکستان با برنامه پهپادی امریکا وجود دارد. رویه عادی پاکستان این است که دشمنانش را مورد مجازات قرار دهد اما گاهی اوقات عمدا از شبه نظامیان حمایت می‌کند؛ شبه نظامیانی که نیروهای امنیتی با آنها همکاری دارند از جمله شبکه حقانی و شبه نظامیان طالبان.
در این حین، تلاش‌های مقابله با تروریسم پاکستان تحت بررسی دقیق ناظران حقوق بشر قرار گرفته است. عفو بین‌الملل و دیده‌بان حقوق بشر، نیروهای امنیتی را به شکنجه، کشتار غیرقانونی، بازداشت اختیاری ساکنان مناطق قبیله‌یی و ناپدید شدن اجباری روزنامه‌نگاران، فعالان حقوق بشر و اعضای گروه‌های جدایی طلب و ناسیونالیست متهم می‌کنند. مدافعان می‌گویند: یک چارچوب جدید قانونی که هنوز در پارلمان پاکستان به تصویب نرسیده با ایجاد دادگاه‌های جدید فدرال برای رسیدگی به پرونده‌های تروریسم بر یک سیستم قاطع عدالت کیفری تاکید دارد. اما منتقدان هشدار می‌دهند، این قانون توسط پاکستان بازداشت‌های طولانی و بدون ضمانت را تدوین می‌کند.