رییس‌جمهور کرزی با صدور فرمانی از نیروهای امنیتی و کارمندان حکومت خواسته است تا در انتخابات دور دوم بی‌طرف بمانند و از برگزاری یک انتخابات شفاف و سراسری حمایت کنند.
آقای کرزی در فرمان جداگانه‌یی به مقام‌ها و کارمندان دولتی نیز توصیه کرده تا در انتخابات بی‌طرف بمانند و از برگزاری انتخابات شفاف حمایت نمایند.
در دور اول انتخابات، شکایت‌هایی از ورود غیرقانونی افراد مسلح به داخل مراکز انتخاباتی و پر کردن صندوق‌های رای به نفع نامزدان دلخواه‌شان به کمیسیون شکایات انتخابات ثبت شده بود.

رییس جمهور کرزی در این فرمان که روز دوشنبه ۱۲ جوزای ۱۳۹۳ صادر شد، دستور داده تا امنیت مراکز رای دهی، کارمندان کمیسیون انتخابات و رای دهنده‌گان را تامین نماید.
در این فرمان از وزارت‌های دفاع، داخله و امنیت ملی خواسته شده است تا براساس تقاضای کمیسیون‌های انتخاباتی، در انتقال مواد انتخاباتی و تامین امنیت آن اقدام نمایند. کرزی گفته است وزارت داخله باید کارمندان کافی زن را در مراکز رای دهی زنان به منظور بازرسی بدنی توظیف کند.
انتقال مواد حساس انتخاباتی
کمیسیون مستقل انتخابات افغانستان می‌گوید انتقال مواد حساس انتخاباتی به ولسوالی‌ها آغاز شده است. مسوولان این کمیسیون می‌گویند مواد انتخاباتی در ولسوالی‌های ناامن توسط هلیکوپترها انتقال داده می‌شوند.
قرار است انتخابات دور دوم ریاست جمهوری تا ۱۱ روز دیگر برگزار شود. کمیسیون انتخابات می‌گوید همه آمادگی‌ها گرفته شده و انتقال مواد انتخاباتی بدون مشکل به ولایات منتقل شده است.
نور محمد نور سخنگوی کمیسیون انتخابات گفت: «خوشبختانه امروز انتقالات مواد حساس در ولایت بدخشان از طریق هوا آغاز شده و کمیسیون توانسته تا به چهار ولسوالی بدخشان از طریق هوا مواد را انتقال دهد».
انتقال مواد حساس انتخاباتی که شامل ورق‌های رای دهی، رنگ و فورم‌های نتایج است، که انتقال این مواد در بیش از ۵۰ ولسوالی توسط هلیکوپتر صورت می‌گیرد. مواد انتخاباتی توسط هلیکوپترهای اردوی ملی به ولسوالی‌‌‌‌های نا امن انتقال داده می‌‌‌شود و در صورت نیاز، نیروهای آیساف نیز ابراز آماده‌گی برای همکاری کرده است.
کمیسیون انتخابات می‌گوید بیش از ۵۰۰۰ کارمند کمیسیون انتخابات جدیدا استخدام شده و آموزش داده شده اند.
با وجود افزایش حملات طالبان در روزهای اخیر، کمیسیون انتخابات می‌گویند آماده‌گی‌ها برای برگزاری دور دوم انتخابات به صورت عادی به پیش می‌‌رود و این کمیسیون تاکنون با مشکلی روبرو نشده است.
کمیسیون انتخابات گفت نامزدان و هواداران آن‌ها تلاش نکنند تا با استفاده از زور و پول کارمندان کمیسیون را وادار به تقلب کنند. سخنگوی این کمیسیون گفت: «هیچ کس حق ندارد که به کدام کارمند یا بیرون از کمیسیون پول بپردازد تا به هدف برسد. این مسائل مردود است و هرکسی که در این رابطه اقدام کند باید مجازات شود».