فعالیت‌های گروهای مخالف مسلح دولت در دانشگاه ننگرهار افزایش یافته است.
شماری از دانشجویان این دانشگاه با ابراز نگرانی گفته‎اند که حلقاتی که بیشتر با طالبان مسلح ارتباط دارند، محیط تحصیلی را برای آنان تنگ ساخته است.
یک تن از دانشجویان دانشگاه ننگرهار که خواست نامش فاش نشود به رادیوی آزادی گفت، اکثر دانشجویان این دانشگاه از وضعیت حاکم سیاسی فعلی رنج می‌برند و این حالت بر روحیه تحصیلی‌شان تاثیرات منفی گذاشته است.
او گفت: دانشگاه ننگرهار از سال‌های قبل از مشکلات زیادی رنج می‌برد. دولت مرکزی به این دانشگاه بی‌توجه است.
در این حال، شماری از دانشجویان بدون ذکر نام‎شان گفته اند که شماری زیادی از گروه‌ها به دانشگاه‌ها راه پیدا کرده اند و برای به‌دست آوردن اهداف خود فعالیت‌های پنهانی را آغاز کرده اند.
در دانشگاه ننگرهار حدود پانزده هزار محصل در سیزده رشته تحصیل می‌کنند.
اما انتقادهایی وجود دارد که برخی از این دانشجویان به اشاره طالبان مسلح و شماری از حلقات دیگر بعضاً با راه اندازی مظاهره‌ها بزرگ‎راه کابل- ننگرهار را مسدود میکنند.
این انتقادها و نگرانی‌ها زمانی بیشتر گردید که حدود یک ماه قبل دانشجویان همین دانشگاه با بیرق‌های سفید، سیاه و سبز تظاهرات کردند و دانشجویان دیگر را نیز مجبور ساختند تا آنان را همراهی کنند.
طاهر عنایت سرپرست دانشگاه ننگرهار می‌گوید هرچند تلاش شده است تا جلو فعالیت همچو گروها گرفته شود، اما هنوز هم به گفته او برخی از گروه‌ها وجود دارد که در دانشگاه ننگرهار برضد منافع کشور فعالیت می‌کنند.
او گفت: «قبل مشکلات بین اداره و دانشجویان وجود داشت که اداره چندان توجهی به دانشجویان نمی‌کرد و فعلاً من اطمینان میدهم که فضای دانشگاه به مراتب بهتر شده و دانشجویانی که در سابق به خاطر فعالیت در یکی از تنظیم‌ها و یا سازمان‌ها دست به تظاهرات می‌زدند و راه‌ها را مسدود می‌کردند که سبب آزار و ازیت مردم می‌شدند، فعلاً کار تربیوی برای‌شان جریان دارد و در آینده های بسیار نزدیک این فرهنگ کهنه به کلی از بین برود. «
از سوی دیگر، مقامات وزارت تحصیلات عالی افغانستان می‌گویند که در این زمینه شکایاتی به آنان نرسیده که نشان دهنده فعالیت‌هایی بر ضد منافع کشور باشد.
عبدالعظیم نوربخش سخنگوی این وزارت گفت، وزارت تحصیلات عالی به هیچ گروه و فردی اجازه همچو فعالیت‌ها را در دانشگاه‌ها نخواهد داد.
هرچند برغیر سیاسی ساختن دانشگاه‌ها از سوی حکومت افغانستان تاکید صورت گرفته اما گفته می‌شود که در افغانستان قبل از این نیز فعالیت‌های گروه‌های سیاسی اکثراً از مراکزعلمی آغاز شده است.
چندی قبل زمانیکه معاون والی قندهار از سوی افراد نا معلوم در دانشگاه آن ولایت کشته شد، نگرانی‌ها بیشتر گردید که مخالفین مسلح حتی می‌توانند که در دانشگاه‌ها فعالیت نمایند.
با در نظرداشت وضعیت دانشگاه ننگرهار اکثر کارشناسان و کارمندان رسانه‌ها ابراز نگرانی کرده اند که اگر وضعیت در دانشگاه ننگرهار و شماری از دانشگاه‌های دیگر افغانستان همین‌گونه ادامه یابد، ممکن این مساله به یک چالش عمده دیگر دراین کشور مبدل گردد.