از زمان روی کار آمدن حکومت وحدت ملی، پروندۀ بیش از ۱۶۰۰ متهم به دادگاه‎ها فرستاده شده که از این میان در مورد بیش از ۶۰۰ متهم حکم دادگاه صادر شده است.
محمد اشرف غنی، رییس‌جمهور افغانستان فقط چند روز پس از مراسم تحلیف به زندان پلچرخی رفت و وعده سپرد که پروندۀ زندانیان و وضعیت زندان‌های کشور را بررسی خواهد کرد.
عدم رسیده‌گی به موقع به پرونده‌های متهمین، مشکلات در تطبیق فرامین رییس جمهور در مورد تخفیف مجازات زندانیان و قاچاق لوازم غیرقانونی به داخل زندان‌ها از جمله مشکلات عمدۀ زندانیان شمرده می‌شود.
نجلا راحل، عضو شورای رهبری انجمن مستقل وکلای مدافع افغانستان می‌گوید که قانون اجراآت جزایی موقت افغانستان حکم می‌کند تا پروندۀ یک متهم ظرف نه ماه از محاکم سه گانه کشور طی مراحل گردد.
اما او گفت که افرادی استند که با سپری کردن حتی ۱۰ سال بدون نهایی‌شدن پرونده‌های شان در زندان بسر می‌برند.
خانم راحل شمار بلند پرونده‌های جرمی را یکی از دلایل اصلی عدم رسیده‌گی به مشکلات متهمین دانسته می‌گوید: «میزان جرایم در افغانستان زیاد می‌باشد که در نتیجه سبب تراکم پرونده‌های جرمی در محاکم شده و بدین ترتیب محاکم نمی‌توانند مطابق معیاد که در قانون پیش بینی شده است، پرونده‌ها را فیصله کنند.»
فساد اداری در زندان‌ها
موجودیت فساد اداری در نهادهای عدلی و قضایی افغانستان یکی از نگرانی‌های عمده شهروندان کشور به شمار می‌رود.
گزارش‌هایی وجود دارد که مردم در برخی مناطق افغانستان به خاطر حل به موقع مشکلات شان به محاکم صحرایی طالبان رجوع می کنند.
خانم راحل نیز نه تنها موجودیت فساد در دستگاه عدلی و قضایی افغانستان را رد نمی‌کند بلکه آن را یکی از عوامل دیگر عدم توجه به پرونده متهمین به ویژه افراد «نادار» می‌خواند.
در گزارش ریاست عمومی محابس و توقیف خانه‌ها آمده است که در اثر تلاشی شماری از زندان‌های افغانستان حدود پنج صد قبضه چاقو، بیش از دو هزار گرام مواد مخدر و زیادتر از ۸۵۰ تیلیفون همراه از نزد زندانیان به دست آمده است.
کشف اشیای غیر قانونی از نزد زندانیان در حالی گزارش داده می‌ شود که بیشتر زندان‌های افغانستان با تدابیر شدید امنیتی کنترل می‌گردد.
قاچاق لوازم به زندان‌ها
محمد جعفر کوهستانی، استاد حقوق دانشگاه کابل به این باور است که برخی مسوولین امنیتی در قاچاق لوازم غیر قانونی به زندان ها دست دارند.
به گفتۀ آقای کوهستانی، «نمی‌توان ادعا کرد که نهادهای امنیتی صد در صد عاری از فساد است. یک تعداد افراد نفوذی در میان پولیس، اردو و به ویژه بخش های محافظت از زندان‌ها وجود دارند و آنان افرادی استند که با مقامات بلند رتبه ارتباط داشته و همچو کار ها را انجام می دهند.»
مسوولیت محافظت و ادارۀ شمار زیاد زندان ها در افغانستان به دوش ریاست عمومی محابس و توقیف خانه‌ها بوده و اکنون این نهاد در چوکات وزارت داخله فعالیت دارد.
به اساس این گزارش، در طول ۱۰۰ روز نخست کاری حکومت جدید در افغانستان به تعداد ۲۵۰۰ نفر از تخفیف مجازات مستفید شدند.
اما نجلا راحل، عضو شورای رهبری انجمن مستقل وکلای مدافع افغانستان می‌گوید که در بسیاری موارد فقط مجرمین «واسطه دار» از مزایای فرامین تخفیف مجازات استفاده می‌کنند.
کارشناسان حقوقی به این باورند که ایجاد هماهنگی بیشتر بین پولیس، دادستانی و دادگاه‎ها و آوردن اصلاحات در قوانین می‌تواند در رسیده‌گی به موقع به پرونده‌های متهمین ممد واقع شده و جلو بی سرنوشتی بسیاری از زندانیان را بگیرد.