جنگ در افغانستان مانع می‌گردد تا تلاش‌ها در راستای محافظت کودکان در برابر فلج اطفال ناکام بماند. این امر می‌تواند منجر به افزایش رقم مبتلایان به این بیماری گردد و برنامه‌های محو فلج اطفال در جهان را در معرض خطر قرار دهد.
تلاش‌ها در مبارزه با فلج اطفال در افغانستان با شکست مواجه شده است. طالبان کمپاین واکسیناسیون را در بخش‌هایی از ولایت قندهار متوقف کرده اند. هدایت الله استانکزی یکی از کارمندان کمپاین ملی مبارزه با فلج اطفال روز جمعه گفت که این امر در بخش‌های قندهار که تحت کنترول حکومت نیست، یعنی در چهار ولسوالی این ولایت متوقف گردانیده شده است. به قول او بعضا این توقف حتی سه ماه دوام پیدا می کند.
در قندهار روز پنجشنبه پنجمین مورد از فلج اطفال در افغانستان در سال روان میلادی شناسایی گردید. یک دختر ۱۸ ماهه به این بیماری مبتلا شده است. این کودک در منطقه ای زندگی می کند که در آنجا برنامه واکسیناسیون متوقف ساخته شده است. دلیل این ممنوعیت ظاهراَ بی اعتمادی به گروه های سیار واکسیناسیون است که در مناطق زیر کنترول خانه به خانه می گردند. استانکزی گفته است که طالبان این کارمندان را به عنوان جاسوس می بیند و آنها می خواهند افراد خود را شامل این پروسه گردانند.
نجیب الله صافی، رییس کمپاین مبارزه با فلج اطفال در افغانستان با تایید این خبر روز جمعه به خبرگزاری آلمان گفت که در حال حاضر در قندهار مذاکرات جریان دارد. صافی در ادامه گفته است که از قبل طالبان افراد خود را در تیم واکسیناسیون فرستاده بودند، «اما ما آنها را طالبان خطاب نمی کنیم بلکه امداد رسانان محلی نام گذاشتیم.» او همچنین می گوید که “این افراد کسانی اند که به مردم دسترسی دارند که ما به این نوع دسترسی نیاز داریم.” به گفته اردوی ایالات متحده امریکا
در حال حاضر حدود ۱۱ درصد افغانستان تحت کنترول طالبان قرار دارد و در ۳۰ درصد این کشور درگیری ها جریان دارند.
پس از چندین کمپاین بزرگ واکسیناسیون، موارد جدید ابتلا به این بیماری در افغانستان کاهش پیدا کرده است. در سال ۲۰۱۵، ۲۰ مورد ثبت شده و در سال ۲۰۱۶، ۱۳ مورد ثبت گردیده بود. صافی گفته است که در سال ۲۰۱۷ نیز به مقایسه اواسط سال ۲۰۱۶ موارد کمتر ثبت گردیده است.
افغانستان در پهلوی پاکستان و نایجریا سومین کشوری است که هنوز هم موارد جدید این بیماری ویروسی که قابلیت سرایت شدید را دارد، گزارش می شود. فلج اطفال بیشتر نوزادان را تهدید می کند. بر اساس گزارش سازمان صحی جهان، از ۲۰۰ فردی که مبتلا به این بیماری می شود، یکی از آنها را فلج دایمی تهدید می کند. بنابراین تا ۱۰ درصد کودکان فلج شده جان خود را از دست می دهند. برای معالجه این بیماری، ادویه ای تا حال وجود ندارد و تنها واکسین می تواند در برابر این بیماری وقایه کند.