ظهور جریان فلسفۀ دینی 
یکی از دلایل اصلی علاقه‌مند شدن بنده به ژیلسون این بود که با فلسفه‌یی آشنا شده بودم که هم دینی است و هم جایگاهی برای عقل قایل است. این فلسفه به نوعی به فلسفۀ صدرایی، بسیار نزدیک است.
نکتۀ مهم این است که چه‌طور در قرن بیستم یک تفکر می‌تواند هم به عقل ارسطویی (نه دکارتی) پای‌بند باشد و هم بر تفکری دینی مبتنی باشد. ژیلسون در اقتدا به توماس آکوینی، در پیِ این تفکر تلاش می‌کرده است.
بیش از ۱۰۰ سال قبل، پاپ لئوی سیزدهم که یکی از رهبران انقلابی کاتولیک‌ها بوده است، دست به تعیین شورایی برای بررسی عالمِ مدرن زده بود که قرار بود دربارۀ وضعیت عالم مدرن و نسبت آن با کلیسا به تحقیق بپردازند.
کاتولیک‌ها بسیار دیر عالم مدرن را پذیرفتند و پس از شروع این کار جدی علمی، فعالیت‌شان به طرح یک سری مباحثِ دقیق دربارۀ وضعیتِ مسیحیت در عالم مدرن انجامید. این فعالیت نشان می‌داد که چه چیزهایی مسیحیت را تهدید می‌کند و چه کارهایی باید انجام شود. یکی از نتایج این بحث‌ها این بود که گفته شد باید به فلسفه‌یی بازگشت که بتواند حق دین و عقل را ادا کند. این فلسفه نیز فلسفۀ تومایی دانسته شد و توماس آکوینی به عنوان کسی که هم می‌تواند حق دین را ادا کند و هم حق عقل را، معرفی شد. این‌گونه بود که پس از پاپ لئو، جریانی فلسفی زیر عنوان «فلسفۀ نو تومایی» شکل گرفت که در پی احیای فلسفۀ مدرسی بود. از سردمداران و بزرگان این جریان، دو نفر هستند که در تاریخ فلسفۀ فرانسه اهمیت دارند: ژاک مارتین و اتین ژیلسون.
اصرار بر وجود فلسفۀ مسیحی
بنابراین مسأله برای ژیلسون دارای دو جهت است؛ یکی این‌که درصدد بنا نهادن و برساختن جریانی فلسفی است که بتواند وضعیت بحرانیِ تفکر دینی را در عالمِ مدرن جبران کند و دیگر این‌که در دهۀ ۱۹۳۰ او بر آن بود تا نشان دهد که در قرون وسطا، فلسفۀ مسیحی وجود دارد. کسانی نیز در این دوره معتقد بودند چیزی در قرون وسطا به عنوان فلسفه رخ نداده و قرون وسطا، ادامۀ مسیر فلسفۀ یونان است. این بحث را امیل بریه که همکار ژیلسون در دانشگاه سوربن است، آغاز کرد و چند سخنرانی در بلژیک انجام داد که موضوع سخنرانیِ او «نسبت میان مسیحیت و آن‌چه فلسفۀ مسیحی گفته می‌شود» بوده است. او می‌پرسد که آیا فلسفۀ مسیحی دارای هویت است و ماهیت و وجودِ آن کدام است؟ بریه به دو دلیل نمی‌تواند فلسفۀ مسیحی را بپذیرد. نخست این‌که او راسیونالیست (= عقل‌گرا) است و هیچ راسیونالیستی نمی‌تواند وجود فلسفۀ دینی را بپذیرد.
دیگر این‌که او یک جهت تاریخیِ بسیار قوی دارد و معمولاً مورخان کمتر می‌توانند برای یک دورۀ تاریخی، هویت فلسفی قایل باشند؛ زیرا بیش از آن‌که به کل بنگرند، به اجزا توجه دارند. اما ژیلسون در مقام دفاع برمی‌آید. هم به دلیل جریان نوتومیستی‌ که ایجاد شده است و هم می‌خواهد نشان دهد در قرون وسطا و نیز بیرون آن، فلسفۀ دیگری وجود دارد که نه فلسفۀ یونانی و نه فلسفۀ مدرن، بلکه فلسفۀ مسیحی است. به این دلیل او اقدام به نوشتن چند کتاب می‌کند که یکی روح فلسفۀ قرون وسطا است که به فارسی نیز ترجمه شده است. دیگری همین کتاب فلسفۀ مسیحی در قرن وسطا بوده و کتاب دیگرش، مبانی فلسفۀ مسیحی است. اما به همین نیز اکتفا نمی‌کند و دو کتاب دیگر به نام فلسفۀ مسیحی اگوستین و فلسفۀ مسیحی توماس آکوینی را نیز با اصرار بر ذکر فلسفۀ مسیحی در عنوان به رشتۀ تحریر در می‌آورد. او به فلسفه‌یی مسیحی قایل است که اوج ظهور آن در قرون وسطا است و استمرار پیدا کرده و هم‌اکنون نیز وجود دارد. اگر به عنوان کتاب تاریخ فلسفۀ مسیحی در قرون وسطا دقت کنید، نشان می‌دهد فلسفه‌های دیگری نیز احتمالاً در قرون وسطا وجود داشته‌اند، اما ژیلسون به فلسفۀ مسیحی پرداخته است.
چیستی فلسفۀ مسیحی
او دربارۀ هویت فلسفۀ مسیحی در کتاب روح قرون وسطا بحث می‌کند و به این پاسخ می‌دهد که فلسفۀ مسیحی چیست؟ باید توجه داشت که شبیه این مباحث را نیز می‌توان دربارۀ فلسفۀ اسلامی مطرح کرد. یکی از کتاب‌های دکتر داوری نیز تقریباً همین مسیر را پیموده و به این پرداخته که وقتی از فلسفۀ اسلامی نام برده می‌شود، منظور چیست. دیگر این‌که آیا چیزی به نام فلسفۀ اسلامی وجود دارد یا این‌که هر چه هست، کلام اسلامی است. در مورد فلسفۀ مسیحی، بیشتر می‌توان گفت کلام مسیحی؛ زیرا در مسیحیت «کلام» قدرت بسیاری دارد؛ در صورتی که در اسلام این‌گونه نیست، بنابراین در مسیحیت بیشتر می‌توان گفت که توماس آکوینی متکلم بوده است، اما ژیلسون بر آن است که او فیلسوف است.
او در بیان دلیل گفته است که باید پذیرفت که فلسفۀ یونان در دوره‌یی متحول شده و مفاهیمی در این فلسفه هم‌چون «خلق از عدم» و «مفهوم خدای واحد خالق» و «علیت» تحت تأثیر مسیحیت وارد شده که پیش از این در آن نبوده است. همین نشان می‌دهد که مسیحیت این استعداد را داشته است که باعثِ ظهور مفاهیم جدید فلسفی شود. او این فلسفه را فلسفۀ مسیحی می‌داند که البته می‌توان به او خرده گرفت که در قرون وسطا، فلسفۀ اسلامی یا یهودی نیز وجود داشته است. اما ژیلسون، ابن سینا و ابن رشد را در ذیل فلسفۀ یونانی می‌داند که در قرون وسطا ادامه یافته است و در آن دست به تفسیر دینی زده‌اند. او به این دلیل برای فلسفۀ اسلامی، هویت مستقل قایل نیست، چون برای اسلام به عنوان دین هویتی قایل نیست و این از عقاید کاتولیکیِ او برمی‌خیزد. اگر او ابن سینا را فیلسوف اسلامی بداند، باید تفکر او را نیز برخاسته از اسلام بداند. در صورتی که او به اسلام باور ندارد. همان‌گونه که او فلسفۀ مسیحی را تنها زادۀ تفکر فیلسوفان مسیحی ندانسته و آن را برخاسته از ذات مسیحیت برمی‌شمرد، اما از نظر بریه، کتاب مقدس حاوی تعالیم مربوط به زنده‌گی و سعادت اخروی است و مباحث نظری از آن به وجود نمی‌آید.