یکی از موضوعات مهم و جنجال‌برانگیز، هویت تباری، زبانی و روابط متقابل طالبان با پشتون‌ها می‌باشد. هرچند هیچگاه طالبان خود را یک گروه پشتون‌تبار معرفی نکرده‌اند؛ اما اکثریت قریب به اتفاق شورای رهبری و همچنین جنگجویان وقوماندانان طالب پشتون می‌باشند. زبان پشتو تنها زبان اداری طالبان هم در زمان قدرت آن‌ها و هم بعد از سقوط آن‌ها می‌باشد. انتخاب قندهار به عنوان مقر حاکمیت طالبان نشانۀ دیگری است از تمایلات تباری این گروه به یک قوم خاص.
اما مهم‌تر از تعریف و رفتار تباری طالبان، برداشت و تصور دیگران از این گروه است. دیدگاه‌های مختلف و متضاد در مورد هویت تباری و زبانی طالبان وجود دارد. عده‌یی از تحلیل‌گران و سیاست‌مداران غرب طالبان را یک جریان پشتونی تلقی می‌کنند. بهترین نماینده این تحلیل‌گران ریچارد هالبروک، نمایندۀ خاص پیشین امریکا برای افغانستان و پاکستان بود که با اظهارات جنجالی ادعا کرد که در خانۀ هر پشتون یک طالب وجود دارد. عده‌یی دیگر از تحلیل‌گران غربی طالبان را بیشتر یک جریان و گروه غلجایی می‌دانند که در برابر رقیب تاریخی خود یعنی درانی ها قیام کرده‌اند. از دیدگاه این گروه، منازعۀ افغانستان بیشتر بازنمایانندۀ یک جنگ داخلی (درون قبیله‌‌یی) بین پشتون‌ها می‌باشد. اما مهمترین مبلغ و مدعی پشتون بودن طالبان پاکستان می‌باشد. پیام و سیاست اصلی پاکستان به خصوص به جامعه جهانی، منزوی شدن پشتون‌ها از قدرت اس. و اما تلاش طالبان برای احیای حق پشتون‌ها می‌باشد. براساس این فرضیه، در سال‌های اخیر، ما شاهد تغییرات چشم‌گیری در ساختار اداری و نیروهای امنیتی کشور می‌باشیم که پشتون‌ها به صورت فزاینده‌ای جذب شده‌اند. اما این تغییرات نیز نتیجه بخش نبوده است.
برخلاف اظهارات صریح و علنی تحلیل‌گران و سیاست‌مداران خارجی، فعالان سیاسی افغان در بیشتر موارد سکوت اختیار کرده‌اند و بنا به دلایل متعدد از تایید یا تکذیب علنی تباری‌محور بودن طالبان خودداری می‌کنند. هنگامی که نویسندۀ این مطلب به صورت اعتراضی و انتقادی ادعای هولبروک را در یک ملاقات غیررسمی به چالش گرفت؛ نامبرده این اعتراض را با یک سوال زیرکانه پاسخ داد که عبارت بود: «چرا جریان سیاسی فعال ضدطالب در بین پشتون‌ها شکل نگرفته است؟»
رابطۀ فعالان سیاسی پشتون و برخورد آن‌ها با طالبان یک موضوع مهم اما حساسیت برانگیز است که تحقیق و بررسی بیشتر می‌طلبد. در زمان ظهور طالبان و حاکمیت این رژیم، بخشی از فعالان سیاسی پشتون از جمله چپی‌های سابق و تکنوکرات‌های مقیم غرب، به صورت علنی و عملی از طالبان حمایت کردند و عده‌یی از آنها از جمله بعضی از وزرای کابینه، والیان، قوماندانان نظامی در نظام حاکم از آن‌ها حمایت کرده و می‌کننند.
اما آن‌چه که غیر قابل انکار است، تاثیرات منفی و مخرب طالبان بر مناطق پشتون‌نشین بوده است. نزدیک به ۱۰۰۰ مکتب در این مناطق یا ویران شده و یا بسته شده‌اند.صدها کلینیک، پل، و تاسیسات عمومی به صورت سیستماتیک توسط طالبان تخریب شده‌اند. نزدیک به ۲۰۰۰ متنفذ قومی و دینی پشتون توسط طالبان کشته شده‌اند. اضافه براین خسارات مادی و جانی طالبان تاثیرات عمیق منفی بر هویت سیاسی و نظام اجتماعی پشتون‌ها و همچنین نگاه دیگران به این قوم گذاشته‌اند. حریم های مقدس چون حرمت ریش سفیدان، مسجد، زنان، طفل، مکتب، دستار و مهمان‌نوازی و خیلی از جنبه های مثبت نظام پشتونوالی تضعیف و یا نقض شده‌اند.
اعمال منفی طالبان تصویر منفی را از پشتون‌ها در اذهان افکار عمومی بوجود آورده‌است. به عبارت دیگر پشتون‌ها بزرگترین قربانیان طالبان می‌باشند. باتوجه به فضای موجود در میان سایر گروه‌های اجتماعی افغانستان و هم‌چنین حلقات خارجی، از نخبه‌گان پشتون توقع می‌رود تا به تلطیف این فضا کمک و نادرستی این فرضیه را اثبات و در این راستا، تلاش کنند.