به دنبال انتشار گزارش سازمان ملل متحد در مورد شکنجۀ سیستماتیک در بازداشت‌گاه‌های افغانستان، رییس‌جمهور کرزی دستور تحقیق را در این مورد صادر کرده است.
در گزارش سازمان ملل که اخیراً منتشر شد، گفته شده است که در شمار زیادی از بازداشتگاه‌‌های افغانستان شکنجه جریان دارد. بر اساس این گزارش، ۴۳ درصد زندانیانی ‌که مورد تحقیق قرار گرفته‌اند، گفته‌اند که در بازداشت‌گاه‌ها بدرفتاری معمول است.
آیساف نیز این گزارش سازمان ملل را تأیید کرده و گفته است که به دلیل همین مساله، روند واگذاری زندانیان به حکومت افغانستان را به حالت تعلیق درآورده‌اند.
اما ریاست‌جمهوری افغانستان به‌شدت ادعای شکنجه در زندان‌های افغانستان را رد کرده، می‌گوید که آیساف پیوسته از زندان‌‎های افغانستان بازدید می‌کند و چنین اظهاراتی غیرمسوولانه است.
ایمل فیضی سخنگوی رییس‌جمهور کرزی به روزنامۀ ماندگار گفت که اسناد و شواهد موثق در اختیار داریم که هیأت آیساف، صلیب سرخ و نهادهای حقوق بشری به صورت پیوسته از زندان‌های افغانستان بازدید کرده‌اند و چشم‌دیدهای خود را به نهادهای مربوطهشان ارایه نموده‌اند.
او گفت، آیساف پیش از گزارش سازمان ملل، هیچ اشاره‌یی به شکنجه در زندان‌ها نداشت، اما بلافاصله پس از انتشار این گزارش، آن را به صورت غیرمسوولانه و سوال‌برانگیز تأیید کردند؛ حال آن‌که آن‌ها در بررسی زندان‌ها شریک هستند و نقش دارند.
او با انتقاد تند از آیساف گفت: «در صورتی که در زندان‌های افغانستان شکنجه وجود دارد و پالیسی حکومت و نیروهای امنیتی هم چنین نیست و قانون نیز اجازۀ شکنجه را نمی‌دهد؛ مسوولیت شما (آیساف) چه بوده و نظارت شما چه سودی داشته است؟»
سخنگوی رییس‌جمهور کرزی گفت که ما ادعا نداریم که در زندان‌های ما مشکلاتی وجود ندارد؛ اما هیچ‌گاهی شکنجۀ سیستماتیک در زندان‌ها موجود نیست.
در همین حال، مقامات امنیتی به‌شدت این گزارش سازمان ملل متحد را رد کرده و گفته‌اند که ادعای شکنجه در زندان‌ها، جنگ روانی و استخباراتی است.
جنرال عبدالرحمان رحمان، معین ارشد امنیتی وزارت داخله روز گذشته در کابل به خبرنگاران گفت: «ما هر نوع شکنجه‌یی را که در این گزارش (ملل متحد) ذکر شده است، رد می‌کنیم. وزارت داخله حاضر است تا ارزیابی مشترکی را با دفتر ملل متحد انجام دهد».
او می‌گوید که ادعای زندانیان مبنی بر شکنجۀ شان توسط ماموران امنیتی، دسیسۀ سازمان‌های استخبارات بیگانه است.
آقای رحمان گفت که زندانیان، براساس این دسیسه‌ها، تلاش داشته اند تا ارگان‌های امنیتی افغانستان را فاقد معیارها و ظرفیت‌های لازم نشان دهند.
در این حال، حسام الدین حسام، سرپرست ریاست امنیت ملی افغانستان نیز گفته است: «این یک جنگ استخباراتی و روانی است. وقتی که نهادهای ملی و بین‌المللی شما را مورد سوال قرار می‌دهند، هر جنگجو موظف است نیروهای امنیتی داخلی را متهم سازد».
او می‌گوید که در ۱۰ ماه اخیر، نهادهای ملی و بین‌المللی از نظارت خانه‌های افغانستان به شکل مستمر باز دید کرده و هیچ نوع شکنجه‌یی از سوی ارگان‌های امنیتی صورت نگرفته است.
آقای حسام تأکید کرد که نهاد امنیت ملی، تمامی گزارش‌ها در مورد شکنجۀ زندانیان را به شدت رد می‌کند.

دستور تحقیق
ریاست‌جمهوری روز گذشته با نشر خبرنامه‌یی گفته است: «رییس جمهور کرزی هیأتی را وظیفه داده است تا یافته‌ها و ادعاهای گزارش منتشر شده توسط ملل متحد در قسمت شکنجه، تعدی و تجاوز و بدرفتاری در زندان‌ها را مورد تحقیق قرار دهد که توسط وزارت داخله و ریاست امنیت ملی اداره می‌شوند».
در این خبرنامه گفته شده است که تیم حقیقت یاب وظیفه دارد در مورد همه ادعاهای شکنجه، بدرفتاری، تهدید به مرگ و تجاوز جنسی در زندان‌ها و همچنان هرگونه عبب و نقص و سوء اجراآتی را که در جریان بازجویی و محاکمه زندانیان وجود داشته باشد، تحقیق نماید.
به بازجویان همچنان دستور داده شده است که هرگونه خلاف رفتاری را برملا سازند.
سخنگوی رییس‌جمهور نیز می‌گوید که هیأت موظف به صورت جدی این موضوع را بررسی خواهد کرد و روشن خواهد ساخت که در پشت چنین ادعاهایی چه اهدافی نهفته است.
گزارش سازمان ملل متحد در زمانی نشر شده است که حکومت افغانستان در حال به عهده‌گیری مسوولیت زندانیان از نیروهای امریکایی است. حکومت افغانستان بارها تاکید کرده است که ایالات متحده امریکا برای احترام به حق حاکمیت ملی افغانستان، همه زندانیان را به نهادهای افغانستان واگذار نماید.