بر سر راه سیاست بین‌الملل، مشکلات علمی و عملی موجود است و آن را می‌توان به صورت زیر بررسی و خلاصه کرد:
۱٫ عدم یک‌سان بودن جامعۀ بین‌الملل
جامعه بین‌المللی دارای ترکیبی است ناهمگون که در آن واحدهای سیاسی متعـدد با ساختارهای متفاوت اقتصادی، اجتماعی، فرهنگی و سیاسی موجود اند. منافع دیدگاه‌ها و برداشت‌ها این واحدها لزوماً یک‌سان باید باشد. واحدهای یادشده تحت تأثیر انگیزه‌های گوناگون و جهت‌گیری‌های متفاوت به سیاست خارجی می‌انجامد. حتا اگر دولت‌هایی را که در یک منطقه معیین جغرافیایی قرار دارد. سیاست خارجی آنها را مورد مطالعه قرار دهیم؛ دیده می‌شود که با وجود اینکه دارای ساختارهای مشترک اعتقادی، زبانی، تاریخی و غیره میان آنان برقرار می‌باشد ـ بازهم هر یک از دولت‌ها منافع خاص خودشان را دنبال می‌کنند که بعضاً با منافع دول دیگر در تعارض قرار می‌گیرد.

۲٫ تعدد متحول‌ها
آگاهان سیاست بین‌الملل کوشش می‌کنند تا تحولات گستردۀ سیاست بین‌الملل را مطالعه و شناسایی نمایند. چگونه‌گی همبستگی و یا عدم همبستگی را مشخص نمایند تا بدین طرق بــه توضیح نظریات مختلف قادر باشند. وجود گزینه‌های متعدد در سیاست بین‌الملل و ارتباط بسیار پیچیده میان آنها و نیز مشکلات تفکیک در بین انگیزه‌ها ـ بالاخره مشکلات تشخیص علت‌العلل معلول‌ها، از مسایلی هستند که محقق را در ترتیب روابط میان واحدهای سیاسی به چالش‌ها مواجه می‌سازد.

۳٫ وجود بازیگران غیرحکومتی
گرچه در مطالعه ابعاد گوناگون سیاست بین‌الملل عمدتاً بر نقش واحدهای رسمی حکومتی تأکید می‌شود و به هیچ وجه نمی‌توان نقش و اهمیت جنبش‌های استقلال‌طلبانه، سازمان‌ها و گروه‌های انقلابی، اتحادیه‌ها و انجمن‌های بین‌المللی، شرکت‌های چندین ملیتی و غیره را نا دیده گرفت. در بعضی موارد امکان دارد رفتار بازیگران غیرحکومتی در روابط بین‌الملل بیشتر از رفتار بازیگران رسمی حکومتی باشد.
به طور مثال: پس از تشکیل دولت سوسیالیستی اتحاد جماهیر شوروی پیشین، دولت‌ها، سرمایه‌های خود را در مقابل بازیگران مشاهده می‌کردند که دارای مرزهای جغرافیایی معیین بود و در چارچوب یک واحد سیاسی مشخص از منافع، کارشیوه و سیاست خارجی خاصی پیروی می‌کرد. به همین دلیل دولت‌های متخاصم قادر به بهره‌گیری از شیوه‌ها و ابزارهای گوناگون اقتصادی، سیاسی، فرهنگی و نظامی علیه آن قرار گرفتند. بدین ترتیب، رفتار بازیگران غیرحکومتی در صحنۀ روابط بین‌الملل و سیاست بین‌الملل، مشکلات را برای محقق شدن روابط بین‌الملل برمبنای پیش‌بینی عمل‌ها و عکس‌العمل‌ها به‌وجود آورد.
۴٫ دگرگونی در شرایط و مقتضیات بین‌المللی
مطالعات سیاست بین‌الملل با وجود اینکه شرایط و عوامل محیطی را ثابت فرض کرده نمی‌تواند؛ زیرا فضای بین‌الملل تحـت تأثیر عوامل گوناگون دست‌خوش تغییر و تحولات می‌شود و دولت‌ها در اثر نیازهای داخلی، فشارهای بین‌المللی و تهدیدات خارجی در رفتارهای اقتصادی، سیاسی، فرهنگی و نظامی خود تجدید نظر می‌کنند که این امر مشکلات بسیاری را در پیش‌بینی جهت‌گیری‌های سیاست خارجی دولت‌ها به‌وجود می‌آورد.

۵٫ کمیت ناپذیری عوامل کیفی
بسیاری از اجزای سیاست بین‌المللی مانند قدرت و به طور کُلی منافع ملی، کمیت ناپذیر اند و کمیت آنها را به ساده‌گی نمی‌توان به صورت اعداد نشان داد و نباید انتظار داشت که در تمامی موارد روش‌های آماری توضیح دهندۀ رفتارها و سیاست‌های دول باشند.
برای مثال: قدرت که یک کُل تجزیه ناپذیر به شمار می‌رود از تعدادی عناصر کیفی (رهبری، مشروعیت، ایدیولوژی و…) و کمی (تعداد افراد نظامی، اوضاع اقتصادی و…) تشکیل شده است؛ به گونه‌یی که حتا اگر کارشناس سیاست بین‌الملل ارزیابی درستی از عناصر کمی در چارچوب روش‌های شمارش به عمل آورد در تجزیه و تحلیل مولفه‌های کیفی آن با مشکلات مواجه خواهد شد. برای نمونه به ساده‌گی نمی‌تواند پژوهشگر، ویژه‌گی‌های فرهنگی و ارزشی یک جامعه را با شاخص‌های کمی تبدیل کند.
۶٫ در اختیار نداشتن معلومات محرمانه
بسیاری از اطلاعات، آمار، ارقام و فکتورهایی که کارشناسان سیاست بین‌الملل برای مطالعه، تجزیه، تحلیل به آنها نیازمند اند. در جمع اسناد محرمانه و طبقه‌بندی شده به حساب می‌روند. کارشناس سیاست بین‌الملل نمی‌تواند به آسانی آن اسناد را در اختیار خود قرار دهد و باید برای این کار، مدت‌ها زیادی انتظار بکشد. این شکیبایی طولانی، خودش یک نوع مشکل بر سر راه تحقیق می‌باشد. امکان دارد نظر به پیشرفت تکنالوژی در زمان بعد از انتظار اطلاعات و معلومات جدیدتری را دریافت نمایند و به تجزیه و تحلیل مسایل روز پرداخته و رفتارهای واحدهای سیاسی را پیش‌بینی و پیشکش دارند.